Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 Tmem132b-201ENSMUST00000031446 7995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col8a1Q00780 Gm43530-201ENSMUST00000195920 274 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
Col8a1Q00780 Gm44210-201ENSMUST00000205253 713 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col8a1Q00780 Zfand3-202ENSMUST00000226208 923 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col8a1Q00780 Sdsl-201ENSMUST00000031594 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col8a1Q00780 Cep68-202ENSMUST00000109596 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col8a1Q00780 Dync1i1-203ENSMUST00000115556 2718 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col8a1Q00780 C1ql2-201ENSMUST00000037286 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col8a1Q00780 Elavl1-201ENSMUST00000098950 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col8a1Q00780 2410022M11Rik-201ENSMUST00000186474 1911 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
Col8a1Q00780 Pex16-201ENSMUST00000028650 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col8a1Q00780 Trim33-202ENSMUST00000106860 5025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col8a1Q00780 Taf11-202ENSMUST00000114848 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col8a1Q00780 Ubtf-213ENSMUST00000178839 4580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col8a1Q00780 Ypel3-204ENSMUST00000106359 469 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col8a1Q00780 Gm12933-201ENSMUST00000120203 872 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
Col8a1Q00780 1810059C17Rik-201ENSMUST00000125173 487 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col8a1Q00780 Nfe2l3-203ENSMUST00000160133 1125 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col8a1Q00780 Sco2-201ENSMUST00000167643 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col8a1Q00780 Llph-202ENSMUST00000130198 1463 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col8a1Q00780 Rab43-203ENSMUST00000078647 4605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col8a1Q00780 Kalrn-208ENSMUST00000114961 6128 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col8a1Q00780 Rell2-212ENSMUST00000177058 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col8a1Q00780 Ube2e3-201ENSMUST00000028398 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col8a1Q00780 Slc17a7-201ENSMUST00000085374 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Pwwp2b-202ENSMUST00000172136 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Ptpn4-203ENSMUST00000163435 2365 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Kif27-203ENSMUST00000225388 5121 ntAPPRIS P1 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Usp21-203ENSMUST00000111306 2185 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Npm3-ps1-201ENSMUST00000119728 528 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Vax2os-202ENSMUST00000150233 595 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Gm10252-201ENSMUST00000209541 832 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Mrps33-201ENSMUST00000031978 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Cmc1-201ENSMUST00000044220 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Vgll2-201ENSMUST00000058347 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Sds-201ENSMUST00000066540 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Npm3-201ENSMUST00000070215 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Rapgef1-201ENSMUST00000091146 6212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Hoxb9-201ENSMUST00000000010 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Wnt5b-204ENSMUST00000178696 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Trp53rka-201ENSMUST00000039007 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Drd4-201ENSMUST00000026569 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Gm11627-201ENSMUST00000107080 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Gm11691-201ENSMUST00000130963 658 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Gm22325-201ENSMUST00000158904 308 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 A230065N10Rik-201ENSMUST00000172178 1028 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Specc1-215ENSMUST00000202744 674 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 A730056A06Rik-202ENSMUST00000206959 526 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Rtl8b-201ENSMUST00000088778 1232 ntAPPRIS P1 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Nsun2-208ENSMUST00000176485 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Msantd3-203ENSMUST00000107704 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Vkorc1l1-201ENSMUST00000051758 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Tm9sf3-201ENSMUST00000025989 6144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 St3gal5-202ENSMUST00000114112 2439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Wdsub1-202ENSMUST00000102751 1526 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Ubac1-201ENSMUST00000036509 1852 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Nectin1-201ENSMUST00000034510 5653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 2310022A10Rik-205ENSMUST00000187960 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Gm4881-201ENSMUST00000206705 1152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Rps2-ps3-201ENSMUST00000213102 832 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Hes3-202ENSMUST00000218045 962 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Tmem53-201ENSMUST00000062824 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Gm9988-201ENSMUST00000069786 435 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Zfp428-201ENSMUST00000071361 1182 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Ccne1-201ENSMUST00000108023 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Msl1-203ENSMUST00000107485 2091 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Luc7l3-203ENSMUST00000107821 2050 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Ly6h-204ENSMUST00000127095 1336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Purg-202ENSMUST00000078058 1795 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Rabgap1l-216ENSMUST00000195442 1877 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Rcc1l-201ENSMUST00000076228 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Ccnh-201ENSMUST00000022030 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Spsb3-202ENSMUST00000068508 2004 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Flot2-201ENSMUST00000072289 2621 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 AW121686-201ENSMUST00000181049 2200 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 N4bp1-201ENSMUST00000034074 6469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Mgll-202ENSMUST00000113581 1308 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Zbtb7a-202ENSMUST00000117956 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Pitx3-201ENSMUST00000026259 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 1700026D11Rik-201ENSMUST00000126910 2033 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Fbxw4-201ENSMUST00000046869 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Dact1-202ENSMUST00000150639 2448 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Tekt5-201ENSMUST00000043415 1803 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Terf2-204ENSMUST00000133925 2666 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Ing1-201ENSMUST00000054399 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Rbks-201ENSMUST00000031018 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Lsm2-201ENSMUST00000007266 873 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Ltbp3-201ENSMUST00000081496 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Mid2-201ENSMUST00000112988 2525 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Klc1-201ENSMUST00000084941 2504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Tmem230-201ENSMUST00000028816 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Bmpr1a-201ENSMUST00000049005 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 4930444P10Rik-202ENSMUST00000145070 1844 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Csf2ra-201ENSMUST00000076046 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Elf2-212ENSMUST00000194641 5919 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Brf1-201ENSMUST00000011302 2615 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Jsrp1-203ENSMUST00000181039 1108 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Myadml2-201ENSMUST00000026134 931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Tceanc2-201ENSMUST00000030362 935 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Col8a1Q00780 Mvb12a-201ENSMUST00000034272 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.7 ms