Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Rpl28-ps1-201ENSMUST00000121497 414 ntBASIC11.69□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm11587-201ENSMUST00000128274 1120 ntTSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm11651-201ENSMUST00000130673 529 ntTSL 3 BASIC11.69□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm15972-201ENSMUST00000132571 418 ntTSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm10051-201ENSMUST00000145209 414 ntBASIC11.69□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm25881-201ENSMUST00000157783 103 ntBASIC11.69□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm7030-202ENSMUST00000172968 899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Trmt112-204ENSMUST00000174786 646 ntTSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm5342-201ENSMUST00000181982 1003 ntBASIC11.69□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gapdh-ps14-201ENSMUST00000183246 1002 ntBASIC11.69□□□□□ -0.54
Usp4P35123 1110008E08Rik-202ENSMUST00000183621 723 ntBASIC11.69□□□□□ -0.54
Usp4P35123 1700008K24Rik-201ENSMUST00000185974 833 ntTSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm37301-201ENSMUST00000195412 568 ntBASIC11.69□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm13522-202ENSMUST00000209682 997 ntTSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm9797-202ENSMUST00000218003 294 ntBASIC11.69□□□□□ -0.54
Usp4P35123 AC153830.1-201ENSMUST00000218522 594 ntTSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm11555-201ENSMUST00000073126 492 ntTSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm10179-201ENSMUST00000086233 688 ntBASIC11.69□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Fcamr-202ENSMUST00000112477 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gtf3c1-204ENSMUST00000205659 6570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Pcdhb17-201ENSMUST00000053856 4660 ntAPPRIS P1 BASIC11.69□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Amz1-202ENSMUST00000120630 4037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
Usp4P35123 CT010480.4-201ENSMUST00000224654 2283 ntBASIC11.69□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Ccdc24-206ENSMUST00000164853 3990 ntTSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Ncdn-201ENSMUST00000030637 3681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Armc8-202ENSMUST00000185524 2820 ntTSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Map3k12-208ENSMUST00000171565 4318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Lrrc8b-201ENSMUST00000112707 6726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Fbrs-201ENSMUST00000048896 2650 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm26684-202ENSMUST00000228229 8257 ntBASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Ccar2-201ENSMUST00000035612 3725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Rtn4ip1-202ENSMUST00000105492 2059 ntTSL 3 BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Myo1h-210ENSMUST00000202006 4631 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Qtrt2-201ENSMUST00000023387 2838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Rfesd-201ENSMUST00000050997 2807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Nfic-201ENSMUST00000020461 3348 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Mamdc2-201ENSMUST00000036069 3338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm24891-201ENSMUST00000104391 136 ntBASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Skap1-206ENSMUST00000107663 742 ntTSL 3 BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Ccl27a-206ENSMUST00000108037 590 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Tcf7l2-206ENSMUST00000111652 1041 ntTSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm53-203ENSMUST00000143887 757 ntTSL 3 BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm16036-201ENSMUST00000150385 1112 ntTSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Smim5-203ENSMUST00000152171 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm23085-201ENSMUST00000157849 293 ntBASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Smpd4-223ENSMUST00000172182 516 ntTSL 3 BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm8705-201ENSMUST00000180823 812 ntTSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Ccser2-208ENSMUST00000183007 1293 ntTSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm29237-201ENSMUST00000186216 448 ntTSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm28694-201ENSMUST00000190681 722 ntTSL 3 BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm8579-201ENSMUST00000201943 733 ntTSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm32111-201ENSMUST00000207689 846 ntBASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Cmtm2b-201ENSMUST00000041973 880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Olfr959-201ENSMUST00000079178 1055 ntAPPRIS P1 BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm26448-201ENSMUST00000082446 203 ntBASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Hmgb1-202ENSMUST00000093196 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Csnk1a1-204ENSMUST00000165123 4083 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Ddx54-201ENSMUST00000031598 4322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Zfp85os-202ENSMUST00000143812 1784 ntTSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 AC124732.3-201ENSMUST00000221835 1765 ntBASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 CT868720.1-201ENSMUST00000223069 2544 ntBASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Cln3-204ENSMUST00000116269 2487 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Cfap54-201ENSMUST00000020200 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Zim1-203ENSMUST00000203908 1740 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Rasgrp4-213ENSMUST00000204845 3182 ntTSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Zfp687-201ENSMUST00000019482 4632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Myom3-201ENSMUST00000105854 5575 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Rcbtb2-219ENSMUST00000169513 3622 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Sirpa-201ENSMUST00000049262 3644 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 4930517G19Rik-201ENSMUST00000206152 1676 ntBASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Kif2c-202ENSMUST00000106436 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Odf2-208ENSMUST00000113763 2364 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Grm1-203ENSMUST00000105561 4435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Mgll-204ENSMUST00000113585 3676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gabre-201ENSMUST00000064780 4306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm43375-201ENSMUST00000196705 2480 ntBASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm45089-201ENSMUST00000208082 2040 ntBASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm13812-201ENSMUST00000118061 1347 ntBASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm13810-201ENSMUST00000118584 1347 ntBASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gfm2-202ENSMUST00000042084 3074 ntTSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Tubd1-203ENSMUST00000108030 1964 ntTSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Tnip1-206ENSMUST00000108889 2834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Polr3c-201ENSMUST00000029741 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 4933408B17Rik-201ENSMUST00000056932 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Rims3-202ENSMUST00000106283 6437 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Unc45a-202ENSMUST00000107368 3635 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Mir680-2-201ENSMUST00000102163 110 ntBASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm23251-201ENSMUST00000103773 110 ntBASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm23596-201ENSMUST00000104304 132 ntBASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Ndufs5-203ENSMUST00000106207 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Cspp1-204ENSMUST00000119714 1268 ntTSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 4930595D18Rik-201ENSMUST00000121608 818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm15722-201ENSMUST00000159271 661 ntTSL 3 BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm8343-201ENSMUST00000182705 994 ntBASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm27438-201ENSMUST00000183480 110 ntBASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 1700088E04Rik-211ENSMUST00000190730 691 ntTSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm4482-201ENSMUST00000200876 742 ntBASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm43298-201ENSMUST00000200887 866 ntTSL 3 BASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 Gm44126-201ENSMUST00000204831 514 ntBASIC11.67□□□□□ -0.54
Usp4P35123 AC159103.1-201ENSMUST00000228325 429 ntBASIC11.67□□□□□ -0.54
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 49.5 ms