Protein–RNA interactions for Protein: Q99NB9

Sf3b1, Splicing factor 3B subunit 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b1Q99NB9 Gpr160-202ENSMUST00000108258 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Ppp4r1l-ps-204ENSMUST00000140992 367 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Gm29394-204ENSMUST00000177504 448 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Selenos-205ENSMUST00000206575 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Etv4-202ENSMUST00000107176 2377 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Etv4-201ENSMUST00000017868 2395 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Bsg-201ENSMUST00000067036 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Kif1bp-202ENSMUST00000159704 2622 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Ttc7b-201ENSMUST00000062957 3446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Cbx3-201ENSMUST00000031862 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Dgcr6-209ENSMUST00000155387 1415 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Aktip-201ENSMUST00000109609 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Prodh-206ENSMUST00000139861 677 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Gsc-201ENSMUST00000021513 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 D830025C05Rik-201ENSMUST00000059474 976 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 D830036C21Rik-202ENSMUST00000208263 1548 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Prdm11-205ENSMUST00000178666 1870 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Dusp26-201ENSMUST00000036631 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Vstm4-201ENSMUST00000053175 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Ajap1-201ENSMUST00000105646 3048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Stmn4-202ENSMUST00000118426 1281 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Spcs1-204ENSMUST00000226782 949 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Gm5913-201ENSMUST00000119397 1399 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Gas2l1-202ENSMUST00000056649 2847 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Zcchc11-201ENSMUST00000043368 6054 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Cavin3-201ENSMUST00000047040 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Gm16286-205ENSMUST00000127234 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 H2afj-201ENSMUST00000074556 1831 ntAPPRIS P2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Ankrd54-201ENSMUST00000040676 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Plk5-202ENSMUST00000105351 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Fbxo2-201ENSMUST00000047951 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Krtap5-4-201ENSMUST00000061403 1046 ntAPPRIS P1 BASIC21.48■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Lmo2-208ENSMUST00000170926 1529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 1700030C10Rik-203ENSMUST00000189625 1735 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Aatf-201ENSMUST00000018841 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Rsrc1-202ENSMUST00000065047 2736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 1700086O06Rik-202ENSMUST00000181871 1564 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Gm6085-201ENSMUST00000182774 1470 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Tusc2-203ENSMUST00000193418 410 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Serbp1-216ENSMUST00000205106 1288 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Gm9922-201ENSMUST00000066461 435 ntAPPRIS P1 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Syncrip-201ENSMUST00000069221 9450 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Pbx2-201ENSMUST00000038149 3068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Sult4a1-201ENSMUST00000082365 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Gm26617-201ENSMUST00000180381 4429 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Nckap1-201ENSMUST00000028386 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Epb41l4aos-201ENSMUST00000146010 430 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Rbp4-201ENSMUST00000025951 1243 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Rgs19-201ENSMUST00000002532 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Cdc16-201ENSMUST00000043962 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Gm5577-201ENSMUST00000134600 1434 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Sf3b1Q99NB9 Nr0b1-201ENSMUST00000026036 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Gpr62-201ENSMUST00000164834 1977 ntAPPRIS P1 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Gm43653-201ENSMUST00000198136 1608 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 H2-Q7-204ENSMUST00000116598 1134 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Gm14207-203ENSMUST00000156538 988 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 AB124611-203ENSMUST00000173769 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Rtn4rl2-201ENSMUST00000054514 1263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Slc25a41-201ENSMUST00000058661 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Hyi-201ENSMUST00000006562 910 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Klf15-201ENSMUST00000032174 2373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Picalm-205ENSMUST00000207225 3489 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 1810026B05Rik-203ENSMUST00000184587 5738 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Rab21-201ENSMUST00000020343 4602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Zfp36l1-202ENSMUST00000165114 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Tbxa2r-202ENSMUST00000220312 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Rasl11b-201ENSMUST00000051937 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Pla2g12a-201ENSMUST00000029629 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Ubtf-201ENSMUST00000006754 3213 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Zcchc14-201ENSMUST00000046386 7444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Dnajb2-206ENSMUST00000187058 1732 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Gm44949-201ENSMUST00000206423 1450 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Nkx2-2-201ENSMUST00000067075 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Cpeb3-205ENSMUST00000126781 2095 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Mrpl2-201ENSMUST00000002844 1031 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Ltb4r2-201ENSMUST00000044554 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Abhd12-201ENSMUST00000056149 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Ankrd13d-201ENSMUST00000056888 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Raph1-201ENSMUST00000027168 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Nr2c2ap-201ENSMUST00000095273 1161 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Mbnl3-203ENSMUST00000114876 2243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Cers5-201ENSMUST00000023762 2096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Lrfn1-201ENSMUST00000055110 1479 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Whrn-208ENSMUST00000119294 2632 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Usp39-201ENSMUST00000070345 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Irf2bp1-201ENSMUST00000053713 2734 ntAPPRIS P1 BASIC21.42■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 0610010K14Rik-208ENSMUST00000108578 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Rpusd3-204ENSMUST00000129047 1045 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Gm37564-201ENSMUST00000195000 330 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Rpusd3-201ENSMUST00000060634 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Dtd2-202ENSMUST00000085404 1012 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Puf60-202ENSMUST00000100527 1878 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Retreg2-208ENSMUST00000190240 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Snapin-203ENSMUST00000149884 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Cdx1-201ENSMUST00000025521 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Mob2-205ENSMUST00000211000 1646 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Krt8-201ENSMUST00000023952 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Rps7-203ENSMUST00000221871 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Rabgap1l-216ENSMUST00000195442 1877 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Sf3b1Q99NB9 Gabpb1-203ENSMUST00000103226 1338 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.4 ms