Protein–RNA interactions for Protein: P08121

Col3a1, Collagen alpha-1(III) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,464 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col3a1P08121 Ubac1-201ENSMUST00000036509 1852 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Col3a1P08121 1700016H13Rik-203ENSMUST00000120108 797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
Col3a1P08121 Klf15-201ENSMUST00000032174 2373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Col3a1P08121 Gm12524-201ENSMUST00000143109 1583 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Col3a1P08121 Notum-202ENSMUST00000106177 2212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
Col3a1P08121 Hnrnpab-201ENSMUST00000074669 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Col3a1P08121 Fbxo24-201ENSMUST00000031732 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Col3a1P08121 Dusp14-202ENSMUST00000100705 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Col3a1P08121 Gm20163-202ENSMUST00000212288 989 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Col3a1P08121 Nkx2-2-201ENSMUST00000067075 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Col3a1P08121 Utp11-201ENSMUST00000030738 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Col3a1P08121 Parl-201ENSMUST00000048642 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Col3a1P08121 Syt6-205ENSMUST00000121834 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Col3a1P08121 Habp4-201ENSMUST00000021929 2564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Col3a1P08121 Gtpbp6-201ENSMUST00000077220 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Col3a1P08121 Gnpnat1-201ENSMUST00000046191 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Col3a1P08121 Homer3-206ENSMUST00000140212 2608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Col3a1P08121 E130218I03Rik-201ENSMUST00000122952 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Col3a1P08121 Krtap5-2-202ENSMUST00000190456 1471 ntAPPRIS P2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Col3a1P08121 Thoc6-201ENSMUST00000047436 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Col3a1P08121 Bicdl2-201ENSMUST00000062967 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Col3a1P08121 Ntsr2-202ENSMUST00000220892 846 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Mgll-202ENSMUST00000113581 1308 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Espn-210ENSMUST00000105656 1593 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Spats2-201ENSMUST00000063517 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Pnck-202ENSMUST00000114472 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Arhgap8-207ENSMUST00000172307 1544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Krt8-201ENSMUST00000023952 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 4930467K11Rik-201ENSMUST00000180831 723 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Lmo1-202ENSMUST00000207178 912 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Sult4a1-201ENSMUST00000082365 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Puf60-202ENSMUST00000100527 1878 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Pbx2-201ENSMUST00000038149 3068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Fbxl21-202ENSMUST00000121095 798 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Stmn4-201ENSMUST00000074523 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Gorasp2-201ENSMUST00000028509 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Rnaseh1-201ENSMUST00000020959 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 AC165080.2-201ENSMUST00000217491 1530 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Rer1-201ENSMUST00000030914 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Apoe-206ENSMUST00000174064 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Alx3-201ENSMUST00000014747 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Prcd-201ENSMUST00000106381 724 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Deptor-203ENSMUST00000100660 1377 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Fndc5-201ENSMUST00000102600 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Lig3-204ENSMUST00000131537 1782 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Lig3-209ENSMUST00000173009 1785 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Ntn5-202ENSMUST00000182750 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 AC122428.2-201ENSMUST00000216321 1832 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Spast-202ENSMUST00000224711 2066 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Mpzl1-202ENSMUST00000111435 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 1700023F06Rik-202ENSMUST00000107026 1127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Gm27027-201ENSMUST00000183110 547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Fam58b-201ENSMUST00000059468 1224 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Sap18b-201ENSMUST00000074053 789 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Nat14-204ENSMUST00000207687 1415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 4930412F12Rik-201ENSMUST00000211700 1471 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 4430402I18Rik-201ENSMUST00000025872 2152 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Arhgap9-204ENSMUST00000219511 2217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Fam60a-202ENSMUST00000081956 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Fam149b-204ENSMUST00000090503 2053 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Ccdc61-201ENSMUST00000098780 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Gm20621-202ENSMUST00000176618 1234 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Gm43060-201ENSMUST00000200621 289 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Gins3-202ENSMUST00000212434 654 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Tmem171-201ENSMUST00000064347 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Trim3-203ENSMUST00000106791 2466 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Wnt11-205ENSMUST00000167303 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Cdx1-201ENSMUST00000025521 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Gsx1-201ENSMUST00000065382 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Ubl4a-206ENSMUST00000155676 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Smox-202ENSMUST00000110179 1320 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Wdfy1-202ENSMUST00000113510 704 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Wdfy1-203ENSMUST00000113511 704 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Gm13063-201ENSMUST00000132247 669 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Ell3-201ENSMUST00000028679 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Wdfy1-201ENSMUST00000048820 717 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Vamp5-201ENSMUST00000074231 553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
Col3a1P08121 Tekt5-201ENSMUST00000043415 1803 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Fance-202ENSMUST00000114801 1751 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Adrm1-201ENSMUST00000061437 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Otud5-204ENSMUST00000115667 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Dtymk-202ENSMUST00000112890 1055 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Sirpa-209ENSMUST00000160276 876 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Mir6236-201ENSMUST00000184437 123 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Ctf1-204ENSMUST00000206506 784 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Gm26796-201ENSMUST00000181092 2276 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Agps-202ENSMUST00000111952 2589 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Dnajb11-205ENSMUST00000178320 1628 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Whrn-202ENSMUST00000063672 2804 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Best2-202ENSMUST00000209322 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Cog1-202ENSMUST00000063776 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Tmem143-201ENSMUST00000069772 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Hhex-201ENSMUST00000025944 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Hacd1-203ENSMUST00000114753 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Gm40848-201ENSMUST00000221998 324 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Retreg2-208ENSMUST00000190240 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Wbp1-201ENSMUST00000032111 1419 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Mms22l-205ENSMUST00000138567 1350 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Mbnl3-203ENSMUST00000114876 2243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Col3a1P08121 Art5-201ENSMUST00000094128 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30 ms