Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 Plac9b-203ENSMUST00000184142 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col8a1Q00780 Gm42699-201ENSMUST00000198104 1657 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
Col8a1Q00780 Wasl-202ENSMUST00000041737 1298 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col8a1Q00780 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col8a1Q00780 Polr3gl-201ENSMUST00000091924 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col8a1Q00780 Dlg3-201ENSMUST00000000901 4885 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Col8a1Q00780 Rell2-201ENSMUST00000070709 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Col8a1Q00780 AV026068-204ENSMUST00000186214 633 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Zbtb11os1-201ENSMUST00000186480 1350 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Crnde-206ENSMUST00000179421 773 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 2810405F15Rik-201ENSMUST00000195368 932 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Gm42778-201ENSMUST00000199644 553 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Gm7143-201ENSMUST00000222811 859 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Gtsf1-201ENSMUST00000023129 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Cmc4-201ENSMUST00000033543 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Cisd1-201ENSMUST00000045887 1084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Crb3-202ENSMUST00000097299 1206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Syt6-204ENSMUST00000118563 1843 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Ccnl2-201ENSMUST00000030944 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Pcmtd1-201ENSMUST00000061280 5232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Cbx4-201ENSMUST00000026665 5179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Zfp629-207ENSMUST00000134446 670 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Dpyd-204ENSMUST00000149101 531 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Stx6-209ENSMUST00000195302 955 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Rps7-203ENSMUST00000221871 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Pycr2-201ENSMUST00000027802 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Uap1-203ENSMUST00000111351 2287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Phf14-203ENSMUST00000115511 3336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Tmem234-201ENSMUST00000102591 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Spats2-201ENSMUST00000063517 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Insc-208ENSMUST00000169913 2321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Cbln2-203ENSMUST00000122464 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Gfra4-205ENSMUST00000110239 810 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Gm17041-201ENSMUST00000163196 479 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 4930413G21Rik-201ENSMUST00000205998 993 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Ctf1-204ENSMUST00000206506 784 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 H2-Ke6-201ENSMUST00000045467 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Bean1-205ENSMUST00000212979 2131 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Irak1-202ENSMUST00000068286 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Map2k2-202ENSMUST00000105331 1556 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Lypla1-208ENSMUST00000150971 877 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Ly6h-206ENSMUST00000156032 752 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Gm44899-202ENSMUST00000209433 511 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Cck-203ENSMUST00000215228 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Pts-208ENSMUST00000215416 439 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Ly6h-201ENSMUST00000023241 906 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Lsm14b-201ENSMUST00000055485 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Fkbp8-201ENSMUST00000075491 1698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Fam20b-202ENSMUST00000122424 4532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Nfix-201ENSMUST00000076715 1403 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Txnrd2-214ENSMUST00000205679 1866 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Rspo1-201ENSMUST00000030687 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Otud5-204ENSMUST00000115667 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Stac3-202ENSMUST00000160019 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Abhd17c-201ENSMUST00000117085 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Rhno1-202ENSMUST00000112151 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 AC114678.1-201ENSMUST00000219640 622 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Rpl13-201ENSMUST00000000756 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Rhou-201ENSMUST00000045487 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Lrrc3b-201ENSMUST00000055211 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Armc10-201ENSMUST00000072896 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Pax1-201ENSMUST00000109968 2643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Pkd2-201ENSMUST00000086831 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Fance-203ENSMUST00000114803 1980 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Parl-201ENSMUST00000048642 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Olfr94-201ENSMUST00000055324 1304 ntAPPRIS P2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 5031439G07Rik-203ENSMUST00000165743 5032 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Mpz-202ENSMUST00000111334 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Fam241b-209ENSMUST00000142821 1283 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Smad6-203ENSMUST00000179458 273 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Faim-201ENSMUST00000035038 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Nr2c2ap-201ENSMUST00000095273 1161 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Nup153-201ENSMUST00000021803 6109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col8a1Q00780 Trim3-202ENSMUST00000106789 2841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
Col8a1Q00780 Hyal2-203ENSMUST00000193747 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Col8a1Q00780 Trafd1-201ENSMUST00000042312 2503 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Col8a1Q00780 Krtap5-2-202ENSMUST00000190456 1471 ntAPPRIS P2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Col8a1Q00780 Stx18-202ENSMUST00000042146 1473 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Col8a1Q00780 Fnta-201ENSMUST00000016138 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Col8a1Q00780 Snx12-204ENSMUST00000156473 1114 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Col8a1Q00780 Gm17098-201ENSMUST00000166507 628 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Col8a1Q00780 Rasl10a-201ENSMUST00000037218 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Col8a1Q00780 Purg-201ENSMUST00000070340 1064 ntAPPRIS P1 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Col8a1Q00780 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Col8a1Q00780 Khk-204ENSMUST00000201621 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Col8a1Q00780 Mef2a-203ENSMUST00000076325 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Col8a1Q00780 Gm44949-201ENSMUST00000206423 1450 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
Col8a1Q00780 Strn3-202ENSMUST00000169503 2791 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Col8a1Q00780 Rab26-201ENSMUST00000035797 1575 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Col8a1Q00780 AC166356.1-201ENSMUST00000228236 1426 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
Col8a1Q00780 Speg-206ENSMUST00000122266 917 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Col8a1Q00780 Gadd45b-201ENSMUST00000015456 1284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Col8a1Q00780 Paip2-203ENSMUST00000115735 1521 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
Col8a1Q00780 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Col8a1Q00780 Kcna3-201ENSMUST00000052718 1902 ntAPPRIS P1 BASIC17.25■□□□□ 0.35
Col8a1Q00780 Ccdc142-201ENSMUST00000101254 2317 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.8 ms