Protein–RNA interactions for Protein: P59240

Nphp4, Nephrocystin-4, mousemouse

Predictions only

Length 1,425 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nphp4P59240 Hsd17b13-202ENSMUST00000112803 1310 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Plagl1-201ENSMUST00000121325 3946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Rab11fip2-202ENSMUST00000170819 1539 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Nsun7-204ENSMUST00000202994 3632 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Rplp2-202ENSMUST00000106003 449 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Pfn1-202ENSMUST00000108549 608 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Fmr1nb-203ENSMUST00000114647 679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Ppil2-202ENSMUST00000115719 838 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Gm12463-201ENSMUST00000118271 849 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Gm11578-201ENSMUST00000118530 459 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Gm11502-201ENSMUST00000120917 1211 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Gm11354-201ENSMUST00000121974 422 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 B230307C23Rik-202ENSMUST00000122450 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Gm4862-201ENSMUST00000170405 438 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 2700099C18Rik-202ENSMUST00000182402 1275 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Sbsn-205ENSMUST00000182721 677 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Gm18014-201ENSMUST00000183369 817 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Myo1h-206ENSMUST00000196467 1208 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Abcc6-201ENSMUST00000002850 4974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Brcc3-203ENSMUST00000118428 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Ttll1-201ENSMUST00000016897 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Poc1a-211ENSMUST00000217213 1398 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Serpinf2-202ENSMUST00000108437 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Med1-202ENSMUST00000092735 2627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Rwdd3-204ENSMUST00000106466 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Ces3b-201ENSMUST00000074403 1907 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Gm37542-201ENSMUST00000192563 2832 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Sh2b1-206ENSMUST00000205889 3011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Oprm1-205ENSMUST00000078634 1695 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Gm3764-205ENSMUST00000181134 2203 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Ebf2-202ENSMUST00000176029 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 2900097C17Rik-202ENSMUST00000192863 4915 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Ufd1-202ENSMUST00000115578 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Cast-212ENSMUST00000223309 1529 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Mgat3-201ENSMUST00000044970 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Dpep2-201ENSMUST00000034373 1702 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Pik3cd-203ENSMUST00000105689 3132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Dgcr8-202ENSMUST00000115633 4522 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Capn11-201ENSMUST00000120717 2591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Stxbp5l-204ENSMUST00000114781 3544 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Ubap2l-201ENSMUST00000029553 3509 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Gm37931-201ENSMUST00000194686 2866 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Gm15196-201ENSMUST00000121406 482 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Gm25951-201ENSMUST00000175330 64 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Gm42660-201ENSMUST00000197733 947 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 1700017M07Rik-201ENSMUST00000198307 940 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Gm43249-201ENSMUST00000200464 458 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Klk1b15-ps-201ENSMUST00000206273 715 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 4930543N07Rik-202ENSMUST00000209503 1117 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Gm45388-201ENSMUST00000209922 1132 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Gm45500-201ENSMUST00000211676 803 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 CT025531.1-201ENSMUST00000214534 622 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Gm40639-201ENSMUST00000214642 625 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Crygd-201ENSMUST00000045028 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Kif21b-201ENSMUST00000075164 9115 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Ptchd3-201ENSMUST00000036690 3194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Fbp2-201ENSMUST00000021907 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Poll-201ENSMUST00000026239 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Polr1e-203ENSMUST00000107814 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Ppp1r32-201ENSMUST00000038842 1458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Creb3l4-201ENSMUST00000029547 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Llph-201ENSMUST00000020444 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Stau1-201ENSMUST00000049412 2840 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Brinp2-201ENSMUST00000004133 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Zfyve27-207ENSMUST00000169536 5611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Rnf150-201ENSMUST00000078525 9682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 2610301B20Rik-202ENSMUST00000101504 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Snx29-203ENSMUST00000122168 2096 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Rbm14-202ENSMUST00000113793 3508 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Gipc3-201ENSMUST00000045102 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Coro2b-201ENSMUST00000048043 3610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 D230017M19Rik-201ENSMUST00000180722 3096 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Gm8020-201ENSMUST00000170174 1406 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Gm42499-201ENSMUST00000196193 1412 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Nr1i3-201ENSMUST00000005820 1414 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Rsc1a1-201ENSMUST00000105782 1749 ntAPPRIS P1 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Slc10a1-202ENSMUST00000218162 1749 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Grk4-202ENSMUST00000074651 3234 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Dlgap3-203ENSMUST00000106094 4207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Kalrn-211ENSMUST00000114966 3857 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Mta1-202ENSMUST00000069690 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Cpeb1-209ENSMUST00000178892 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Urgcp-203ENSMUST00000118076 4208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Ddhd1-203ENSMUST00000111828 9802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Chd4-201ENSMUST00000056889 6697 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Rpl15-204ENSMUST00000112598 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Gm11619-201ENSMUST00000117474 237 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Adora3-202ENSMUST00000164730 1219 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Gm5210-201ENSMUST00000182150 1010 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Abhd14a-204ENSMUST00000185334 1109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Gm6677-201ENSMUST00000195100 441 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 4930557B06Rik-201ENSMUST00000200193 381 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 9530062K07Rik-201ENSMUST00000203332 787 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 2010109P13Rik-201ENSMUST00000204605 392 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Rp9-204ENSMUST00000216973 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 AC154435.1-201ENSMUST00000223938 959 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 AC164429.1-201ENSMUST00000224210 518 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Lrmp-201ENSMUST00000032396 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Ugt1a8-201ENSMUST00000113139 2227 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Nphp4P59240 Igtp-201ENSMUST00000035266 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 52.8 ms