Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 1700051O22Rik-202ENSMUST00000195451 638 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
ShhQ62226 Rbp4-201ENSMUST00000025951 1243 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
ShhQ62226 Tmem74b-201ENSMUST00000060196 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
ShhQ62226 Dlg3-201ENSMUST00000000901 4885 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
ShhQ62226 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
ShhQ62226 Olig3-201ENSMUST00000053225 2072 ntAPPRIS P1 BASIC18.96■□□□□ 0.63
ShhQ62226 Gpr160-202ENSMUST00000108258 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Slc10a3-201ENSMUST00000037967 2023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Cnnm4-201ENSMUST00000153128 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Tspan17-201ENSMUST00000026993 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Osbp-201ENSMUST00000025590 4578 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Tnks2-201ENSMUST00000025729 6481 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Tmem59-202ENSMUST00000106753 1148 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Mrpl16-201ENSMUST00000167199 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Trir-201ENSMUST00000047281 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Rps19bp1-201ENSMUST00000052499 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Inhbb-201ENSMUST00000038765 4255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Fam193a-202ENSMUST00000180376 5536 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Ammecr1-201ENSMUST00000041317 5437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Ssx2ip-203ENSMUST00000106151 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Irf2bp1-201ENSMUST00000053713 2734 ntAPPRIS P1 BASIC18.94■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Fastk-201ENSMUST00000030800 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Phax-202ENSMUST00000130163 1386 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Gm9780-202ENSMUST00000184915 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Rnf187-201ENSMUST00000094151 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Dvl1-201ENSMUST00000030948 3358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Psmd11-214ENSMUST00000173938 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Paip2-204ENSMUST00000115736 857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Aurkb-202ENSMUST00000108666 1831 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Lrrc1-205ENSMUST00000183873 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Acsl6-209ENSMUST00000108904 2594 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Kctd9-201ENSMUST00000078053 3157 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Fbxl17-201ENSMUST00000024761 4925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Agap2-202ENSMUST00000217941 5573 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Dpysl3-201ENSMUST00000025379 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Mbnl3-203ENSMUST00000114876 2243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Gsr-201ENSMUST00000033992 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Kif1bp-201ENSMUST00000065887 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Msto1-201ENSMUST00000107494 2093 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Msx3-202ENSMUST00000172775 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Cog1-202ENSMUST00000063776 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Lmo1-202ENSMUST00000207178 912 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Pop7-201ENSMUST00000031728 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Noc2l-202ENSMUST00000179886 2813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Barhl1-202ENSMUST00000113847 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Ntsr2-201ENSMUST00000111064 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
ShhQ62226 March8-204ENSMUST00000123405 2102 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Rp9-203ENSMUST00000215715 1499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Amn-201ENSMUST00000021707 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Cbx4-201ENSMUST00000026665 5179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Letm2-209ENSMUST00000210810 1538 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Gm20522-201ENSMUST00000173576 784 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Snhg6-203ENSMUST00000182580 473 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Hp1bp3-205ENSMUST00000105827 5155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
ShhQ62226 E130311K13Rik-201ENSMUST00000061706 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Ttc14-211ENSMUST00000200271 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Slc27a3-201ENSMUST00000029541 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Cpeb3-205ENSMUST00000126781 2095 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Snrpa1-206ENSMUST00000153609 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Ypel3-210ENSMUST00000170882 1050 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Dus1l-209ENSMUST00000167023 1909 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Dus1l-201ENSMUST00000026151 1930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Ttc39c-201ENSMUST00000025294 2571 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Zc3h8-201ENSMUST00000028866 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Hnrnpab-201ENSMUST00000074669 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Llph-202ENSMUST00000130198 1463 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Sec22c-202ENSMUST00000111560 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Rab28-201ENSMUST00000031011 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Cers5-201ENSMUST00000023762 2096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
ShhQ62226 E130218I03Rik-201ENSMUST00000122952 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Epb41l4aos-201ENSMUST00000146010 430 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Gm37564-201ENSMUST00000195000 330 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Gm9207-201ENSMUST00000198773 1115 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Gm2011-201ENSMUST00000203124 1263 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
ShhQ62226 4930426I24Rik-202ENSMUST00000217797 1232 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Pbx1-201ENSMUST00000064438 1020 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
ShhQ62226 C1ql4-201ENSMUST00000064462 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Btbd17-201ENSMUST00000000206 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Mblac1-201ENSMUST00000057773 1308 ntAPPRIS P1 BASIC18.9■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Snapin-203ENSMUST00000149884 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
ShhQ62226 Nfu1-202ENSMUST00000117583 950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
ShhQ62226 Pkig-204ENSMUST00000126182 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
ShhQ62226 Rps2-208ENSMUST00000170715 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
ShhQ62226 Dleu2-209ENSMUST00000182957 352 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
ShhQ62226 Nr5a1-202ENSMUST00000112883 2994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
ShhQ62226 Uap1-201ENSMUST00000027981 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
ShhQ62226 Mgrn1-201ENSMUST00000023159 3293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
ShhQ62226 Tusc2-201ENSMUST00000010198 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
ShhQ62226 Senp6-201ENSMUST00000037484 5111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
ShhQ62226 Raver2-202ENSMUST00000106955 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
ShhQ62226 Stmn4-203ENSMUST00000120229 1281 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
ShhQ62226 AB124611-203ENSMUST00000173769 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
ShhQ62226 Idh3a-205ENSMUST00000217484 2580 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
ShhQ62226 Fbxo4-201ENSMUST00000022791 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
ShhQ62226 Abhd12-201ENSMUST00000056149 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
ShhQ62226 Gm4285-201ENSMUST00000131222 902 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
ShhQ62226 Tex30-208ENSMUST00000147571 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
ShhQ62226 Prdm11-205ENSMUST00000178666 1870 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
ShhQ62226 Tcte2-201ENSMUST00000053376 1105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
ShhQ62226 Gtpbp6-201ENSMUST00000077220 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.5 ms