Protein–RNA interactions for Protein: Q04887

Sox9, Transcription factor SOX-9, mousemouse

Predictions only

Length 507 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sox9Q04887 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Sox9Q04887 Espn-210ENSMUST00000105656 1593 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Sox9Q04887 Gprc5b-204ENSMUST00000208394 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Sox9Q04887 Ptbp3-208ENSMUST00000172768 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Sox9Q04887 Mad2l2-201ENSMUST00000030860 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Sox9Q04887 Gm10209-201ENSMUST00000203397 1607 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Sox9Q04887 1810059C17Rik-201ENSMUST00000125173 487 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Sox9Q04887 Vax2os-202ENSMUST00000150233 595 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
Sox9Q04887 Ccdc84-211ENSMUST00000217270 681 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Sox9Q04887 Hes3-202ENSMUST00000218045 962 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Sox9Q04887 Uap1-203ENSMUST00000111351 2287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Sox9Q04887 Gm43530-201ENSMUST00000195920 274 ntBASIC21.3■■□□□ 1
Sox9Q04887 Erh-205ENSMUST00000218740 981 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
Sox9Q04887 Evl-202ENSMUST00000077735 2121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Sox9Q04887 Dusp5-201ENSMUST00000038287 2473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Sox9Q04887 Paip2-203ENSMUST00000115735 1521 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Sox9Q04887 Uchl5-206ENSMUST00000189936 1696 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Sox9Q04887 Gm2464-202ENSMUST00000194841 877 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Sox9Q04887 Purg-201ENSMUST00000070340 1064 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
Sox9Q04887 Hist1h2ag-201ENSMUST00000091741 485 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
Sox9Q04887 Arhgap8-201ENSMUST00000006029 1527 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Sox9Q04887 Tssk6-201ENSMUST00000050373 1335 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
Sox9Q04887 Mthfd2l-201ENSMUST00000071652 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Sox9Q04887 Tfg-202ENSMUST00000121554 716 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Sox9Q04887 Gm4881-201ENSMUST00000206705 1152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Sox9Q04887 Myadml2-201ENSMUST00000026134 931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Sox9Q04887 Med25-205ENSMUST00000207278 2287 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Sox9Q04887 P2rx2-202ENSMUST00000112478 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Sox9Q04887 Lrrc59-201ENSMUST00000021239 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Sox9Q04887 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Sox9Q04887 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Sox9Q04887 Cept1-203ENSMUST00000121231 2121 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Sox9Q04887 Gm11691-201ENSMUST00000130963 658 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
Sox9Q04887 Spr-202ENSMUST00000174286 775 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
Sox9Q04887 Tmem230-202ENSMUST00000110163 1551 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.27■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Cmc1-201ENSMUST00000044220 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Frmd5-201ENSMUST00000110592 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Taf11-202ENSMUST00000114848 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Sdsl-201ENSMUST00000031594 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Polr2c-201ENSMUST00000109521 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Mvb12a-201ENSMUST00000034272 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Rab26-201ENSMUST00000035797 1575 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Vgll2-201ENSMUST00000058347 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Kcna3-201ENSMUST00000052718 1902 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Atf5-201ENSMUST00000047356 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Pex16-201ENSMUST00000028650 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Gm10653-202ENSMUST00000139570 835 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Gm44210-201ENSMUST00000205253 713 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 H2afj-201ENSMUST00000074556 1831 ntAPPRIS P2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Wdsub1-202ENSMUST00000102751 1526 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 AC165080.2-201ENSMUST00000217491 1530 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Pitx3-201ENSMUST00000026259 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Jsrp1-203ENSMUST00000181039 1108 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Krtcap3-205ENSMUST00000201625 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Fam58b-201ENSMUST00000059468 1224 ntAPPRIS P1 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Zfp428-201ENSMUST00000071361 1182 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Gm10153-201ENSMUST00000084415 522 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Rcc1l-201ENSMUST00000076228 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Mettl9-201ENSMUST00000033163 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Osbpl10-207ENSMUST00000183104 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Pwwp2b-202ENSMUST00000172136 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Emc10-202ENSMUST00000118808 1872 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Gm12441-201ENSMUST00000121806 588 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 A230065N10Rik-201ENSMUST00000172178 1028 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 2310068J16Rik-201ENSMUST00000188271 1124 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Gm10252-201ENSMUST00000209541 832 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Tceanc2-201ENSMUST00000030362 935 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Tmem53-201ENSMUST00000062824 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Sds-201ENSMUST00000066540 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 D830036C21Rik-202ENSMUST00000208263 1548 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Crh-201ENSMUST00000061294 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Stmn4-201ENSMUST00000074523 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Trp53rka-201ENSMUST00000039007 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Ccnh-201ENSMUST00000022030 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Ctdspl-201ENSMUST00000073109 4589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Specc1-215ENSMUST00000202744 674 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Rps2-ps3-201ENSMUST00000213102 832 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Lsm2-201ENSMUST00000007266 873 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Ankrd13c-202ENSMUST00000164582 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
Sox9Q04887 Tmem230-201ENSMUST00000028816 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Sox9Q04887 Gm22240-201ENSMUST00000175225 82 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
Sox9Q04887 A730056A06Rik-202ENSMUST00000206959 526 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Sox9Q04887 Rtl8b-201ENSMUST00000088778 1232 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Sox9Q04887 Sh3d21-202ENSMUST00000097891 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Sox9Q04887 Fbxw4-201ENSMUST00000046869 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Sox9Q04887 Gm26995-201ENSMUST00000182216 1306 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Sox9Q04887 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Sox9Q04887 Mgrn1-201ENSMUST00000023159 3293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Sox9Q04887 Mgrn1-202ENSMUST00000070658 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Sox9Q04887 Ly6h-204ENSMUST00000127095 1336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Sox9Q04887 1810010K12Rik-201ENSMUST00000070378 1324 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
Sox9Q04887 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Sox9Q04887 Ndufs2-201ENSMUST00000013737 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Sox9Q04887 Specc1-206ENSMUST00000201015 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Sox9Q04887 Zbtb7a-202ENSMUST00000117956 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Sox9Q04887 Srsf2-201ENSMUST00000092404 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.1 ms