Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Pdss1-207ENSMUST00000152170 1538 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Setd6-201ENSMUST00000034096 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Pstpip1-201ENSMUST00000059206 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Pmpca-202ENSMUST00000114093 1638 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Tfap2e-201ENSMUST00000048194 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Osbp-201ENSMUST00000025590 4578 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Lsm12-201ENSMUST00000021297 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Lpcat3-201ENSMUST00000004381 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Gabra5-201ENSMUST00000068456 2671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Rps24-207ENSMUST00000224568 714 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
Usp4P35123 AC093043.1-201ENSMUST00000226700 898 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Dapk1-202ENSMUST00000077453 5491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Sh2d4b-202ENSMUST00000096000 1597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Fn1-208ENSMUST00000186940 1350 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Nrg3-203ENSMUST00000173780 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Klrg2-201ENSMUST00000096030 2276 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Unc119-201ENSMUST00000002127 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Meg3-207ENSMUST00000143836 1896 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Cln5-201ENSMUST00000022721 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Sys1-202ENSMUST00000109352 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Gsc2-201ENSMUST00000012279 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Gm20684-201ENSMUST00000176744 380 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Gm5131-201ENSMUST00000212776 1238 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Rab5c-201ENSMUST00000019317 1967 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Trmt61a-202ENSMUST00000168338 2131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Dda1-202ENSMUST00000124745 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Jkamp-202ENSMUST00000117449 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Cyb561-201ENSMUST00000019734 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Macrod2-207ENSMUST00000110067 4730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Cckbr-202ENSMUST00000181339 1326 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Zfp287-205ENSMUST00000150336 1605 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Cradd-205ENSMUST00000220279 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp4P35123 L3mbtl4-201ENSMUST00000093007 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Dgcr6-207ENSMUST00000151266 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Pex7-203ENSMUST00000166511 1047 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp4P35123 AC116713.1-201ENSMUST00000215074 430 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Gadd45g-201ENSMUST00000021903 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Cobll1-204ENSMUST00000112430 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Pnrc1-201ENSMUST00000049357 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Gja3-201ENSMUST00000061614 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Bcl3-201ENSMUST00000120537 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Gm45095-201ENSMUST00000206736 254 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Sarnp-203ENSMUST00000219512 953 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Vegfb-201ENSMUST00000025914 1281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Nipsnap2-201ENSMUST00000086046 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Mbd3-201ENSMUST00000092295 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Usp4P35123 Mal2-201ENSMUST00000025356 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Usp4P35123 E130208F15Rik-201ENSMUST00000098585 1733 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
Usp4P35123 Macrod2-206ENSMUST00000110064 4883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Usp4P35123 Zfp777-202ENSMUST00000114583 3111 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Usp4P35123 Gm13238-201ENSMUST00000117655 780 ntBASIC21.32■■□□□ 1
Usp4P35123 Gm28040-202ENSMUST00000184603 890 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
Usp4P35123 Rab42-201ENSMUST00000040411 761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Usp4P35123 Suz12-206ENSMUST00000163272 4303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Usp4P35123 Kti12-201ENSMUST00000102738 1629 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
Usp4P35123 3830408C21Rik-205ENSMUST00000225426 1898 ntBASIC21.32■■□□□ 1
Usp4P35123 Tmem86a-201ENSMUST00000010451 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Usp4P35123 AC122428.2-201ENSMUST00000216321 1832 ntBASIC21.32■■□□□ 1
Usp4P35123 Cbfb-202ENSMUST00000109392 2891 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Usp4P35123 Ankrd13d-201ENSMUST00000056888 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Usp4P35123 Fam96b-203ENSMUST00000164884 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Usp4P35123 Srcap-202ENSMUST00000098025 1257 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Usp4P35123 D11Wsu47e-201ENSMUST00000042227 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Usp4P35123 Donson-203ENSMUST00000117159 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Usp4P35123 Hoxa2-201ENSMUST00000014848 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Usp4P35123 Spint1-203ENSMUST00000110817 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Usp4P35123 Cnnm1-201ENSMUST00000165311 5037 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Usp4P35123 Stau2-217ENSMUST00000162751 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Usp4P35123 Eif5a-213ENSMUST00000164359 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Usp4P35123 1700051O22Rik-202ENSMUST00000195451 638 ntBASIC21.3■■□□□ 1
Usp4P35123 H2afj-202ENSMUST00000203982 577 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
Usp4P35123 Tsen54-201ENSMUST00000021134 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Usp4P35123 Rexo5-201ENSMUST00000033218 1966 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Usp4P35123 Avl9-203ENSMUST00000177249 1614 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Usp4P35123 Dbf4-201ENSMUST00000002368 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Usp4P35123 Thra-201ENSMUST00000064187 2452 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Usp4P35123 Gramd1a-202ENSMUST00000085636 2543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Usp4P35123 Mtfr1l-201ENSMUST00000102550 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Usp4P35123 Phox2b-201ENSMUST00000012664 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Usp4P35123 Dcbld1-201ENSMUST00000069004 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Usp4P35123 Zbtb7a-202ENSMUST00000117956 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Usp4P35123 Fez1-201ENSMUST00000034630 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Usp4P35123 Rfk-201ENSMUST00000025617 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Usp4P35123 Socs2-202ENSMUST00000119917 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Usp4P35123 Ppia-202ENSMUST00000132846 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Usp4P35123 Hrasls-204ENSMUST00000162747 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Usp4P35123 1700065D16Rik-202ENSMUST00000188975 506 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
Usp4P35123 Bri3-201ENSMUST00000056578 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Usp4P35123 Ammecr1-201ENSMUST00000041317 5437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Usp4P35123 Scarb1-201ENSMUST00000086075 2521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Usp4P35123 Xkr6-201ENSMUST00000119973 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Usp4P35123 Fam49b-202ENSMUST00000164532 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Usp4P35123 Ptger3-202ENSMUST00000173533 2097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Usp4P35123 Fbxl17-201ENSMUST00000024761 4925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Usp4P35123 Fam102b-202ENSMUST00000171143 5702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Usp4P35123 Arhgap39-204ENSMUST00000176219 542 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Usp4P35123 Rpl34-201ENSMUST00000062601 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Usp4P35123 Tmem150a-201ENSMUST00000069695 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Usp4P35123 Tmem55b-209ENSMUST00000162957 1465 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Usp4P35123 Pink1-201ENSMUST00000030536 2375 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 50.9 ms