Protein–RNA interactions for Protein: Q9CWT6

Ddx28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx28Q9CWT6 Lao1-201ENSMUST00000058651 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 Tmprss3-201ENSMUST00000024833 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 Sik2-205ENSMUST00000176663 4107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 Riok3-201ENSMUST00000025270 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 Lrba-202ENSMUST00000192145 8843 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 Tmem269-201ENSMUST00000030394 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 Mymx-201ENSMUST00000113529 442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 Thoc6-203ENSMUST00000115489 1083 ntTSL 5 BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 0610037L13Rik-205ENSMUST00000119394 741 ntTSL 3 BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 Gm14381-201ENSMUST00000122105 414 ntBASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 Mogat1-201ENSMUST00000012331 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 Gm44793-201ENSMUST00000136923 582 ntTSL 2 BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 Gm11755-201ENSMUST00000144096 891 ntTSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 Gm11379-201ENSMUST00000154678 381 ntTSL 3 BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 Aif1-203ENSMUST00000172693 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 S100a3-204ENSMUST00000200290 509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 Gm7783-201ENSMUST00000204795 781 ntBASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 AC158523.3-201ENSMUST00000220664 864 ntTSL 5 BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 Gm46400-201ENSMUST00000222294 724 ntTSL 5 BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 CT025533.2-201ENSMUST00000228715 1248 ntBASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 Lrrc52-201ENSMUST00000036643 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 Ccdc70-202ENSMUST00000070649 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 Trpt1-201ENSMUST00000088223 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 Olfr463-202ENSMUST00000215150 2031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 Lig1-211ENSMUST00000177588 3174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 Itgb2-201ENSMUST00000000299 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 Aspm-201ENSMUST00000053364 9867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 Lbr-201ENSMUST00000005003 3510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 Anapc4-201ENSMUST00000031072 3854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.66
Ddx28Q9CWT6 Ptpn23-201ENSMUST00000040021 5346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.9□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Rgs8-201ENSMUST00000041776 8474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Dctn1-203ENSMUST00000113913 4163 ntTSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Dusp14-201ENSMUST00000018792 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.9□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Gm26868-201ENSMUST00000181927 2655 ntTSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Fbrs-201ENSMUST00000048896 2650 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC10.9□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Gm5580-201ENSMUST00000122096 1362 ntAPPRIS P1 BASIC10.9□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Lgsn-201ENSMUST00000062560 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Rnf40-201ENSMUST00000033088 3906 ntTSL 5 BASIC10.9□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Slc1a2-202ENSMUST00000080210 11595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Lynx1-201ENSMUST00000023259 4023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Prr3-203ENSMUST00000172429 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 AC123738.2-201ENSMUST00000223791 1899 ntBASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Tnc-203ENSMUST00000107372 7106 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Trf-203ENSMUST00000112645 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Srsf6-203ENSMUST00000130411 3527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Adh5-201ENSMUST00000005964 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Gm11595-201ENSMUST00000107440 1200 ntAPPRIS P1 BASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Gm12015-201ENSMUST00000117065 843 ntBASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Mdk-ps1-201ENSMUST00000119782 321 ntBASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Gm13350-201ENSMUST00000120519 479 ntBASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Gm14726-201ENSMUST00000120623 896 ntBASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Gm15547-201ENSMUST00000122152 333 ntBASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Gm11961-202ENSMUST00000141157 760 ntTSL 3 BASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Pdxk-ps-202ENSMUST00000160550 876 ntBASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Creb3-206ENSMUST00000167751 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.89□□□□□ -0.67
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Ddx28Q9CWT6 Gm39185-201ENSMUST00000212941 540 ntTSL 5 BASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Trappc4-206ENSMUST00000217163 1185 ntTSL 1 (best) BASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Fmnl1-207ENSMUST00000218163 3824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 AC154252.2-201ENSMUST00000223593 767 ntBASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 AC166344.1-202ENSMUST00000224139 234 ntBASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Mea1-201ENSMUST00000002845 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Tsc22d4-201ENSMUST00000031738 1043 ntTSL 3 BASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Gm3402-201ENSMUST00000036715 981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Fmnl1-202ENSMUST00000042286 3806 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Surf6-201ENSMUST00000047632 2971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Olfr311-201ENSMUST00000071625 927 ntAPPRIS P1 BASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Gm19299-202ENSMUST00000215724 1435 ntTSL 1 (best) BASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Gm6189-201ENSMUST00000164487 2082 ntBASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Olfr288-202ENSMUST00000165379 2083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Gm37131-201ENSMUST00000192502 1561 ntBASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Atg2a-201ENSMUST00000045351 6371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Mthfsd-210ENSMUST00000139782 1366 ntTSL 5 BASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Calr-201ENSMUST00000003912 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Gm34785-201ENSMUST00000222571 4582 ntTSL 5 BASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Tirap-203ENSMUST00000176531 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.89□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Ip6k2-201ENSMUST00000085018 1846 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Myh10-204ENSMUST00000108673 1315 ntTSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Xrra1-202ENSMUST00000207855 1334 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.88□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Tut1-201ENSMUST00000096239 2747 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.88□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Elp5-201ENSMUST00000108594 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Galnt10-201ENSMUST00000066987 4715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Neil1-202ENSMUST00000186410 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Fam210b-201ENSMUST00000028995 3617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Adar-204ENSMUST00000118341 2399 ntTSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Amigo3-201ENSMUST00000085060 2543 ntAPPRIS P1 BASIC10.88□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Ppp1r18-201ENSMUST00000113814 3131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Spg20-202ENSMUST00000107971 3567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 9030624J02Rik-202ENSMUST00000059390 5097 ntTSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Rps3-202ENSMUST00000107096 952 ntTSL 3 BASIC10.88□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Aar2-202ENSMUST00000109570 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Gm6370-201ENSMUST00000110611 1142 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC10.88□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Il15ra-204ENSMUST00000114832 468 ntTSL 5 BASIC10.88□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Gm14644-201ENSMUST00000116671 647 ntBASIC10.88□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 H2-M6-ps-201ENSMUST00000119193 1034 ntBASIC10.88□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Gm14597-202ENSMUST00000129769 715 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC10.88□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Dpm2-203ENSMUST00000140592 1412 ntTSL 5 BASIC10.88□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Gm13966-201ENSMUST00000148420 832 ntTSL 3 BASIC10.88□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Gas5-210ENSMUST00000159706 557 ntTSL 2 BASIC10.88□□□□□ -0.67
Ddx28Q9CWT6 Ccdc28a-203ENSMUST00000173243 590 ntTSL 5 BASIC10.88□□□□□ -0.67
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 41 ms