Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 AC154639.1-201ENSMUST00000224393 2849 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 1700030J22Rik-201ENSMUST00000070577 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Terf2ip-201ENSMUST00000052138 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Morf4l2-204ENSMUST00000113097 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Ildr1-203ENSMUST00000119464 2878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Tomm5-201ENSMUST00000107807 442 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Olfr1267-ps1-201ENSMUST00000118957 930 ntAPPRIS P1 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm13791-201ENSMUST00000123263 608 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm11211-201ENSMUST00000143618 359 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm22442-201ENSMUST00000157256 144 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 A430105J06Rik-201ENSMUST00000180869 1275 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm37284-201ENSMUST00000193607 539 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm37028-201ENSMUST00000194276 107 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm42953-201ENSMUST00000199363 581 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm11149-203ENSMUST00000215465 805 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 CT009527.1-201ENSMUST00000224205 339 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Nmi-201ENSMUST00000028314 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Mnd1-201ENSMUST00000047368 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 3100002H09Rik-201ENSMUST00000053604 873 ntAPPRIS P1 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Sv2a-201ENSMUST00000035371 4334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Rbpj-207ENSMUST00000201883 4961 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 2410002F23Rik-203ENSMUST00000084937 2092 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Ptprm-203ENSMUST00000224091 3773 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Stat5a-203ENSMUST00000107357 3605 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 AC167022.1-201ENSMUST00000218647 1458 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm9415-201ENSMUST00000200462 1321 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Bysl-201ENSMUST00000024783 3854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 5530401A14Rik-201ENSMUST00000021044 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Adat3-201ENSMUST00000178231 4516 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Pif1-202ENSMUST00000131483 3309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 9330199G10Rik-202ENSMUST00000221607 1728 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm37472-201ENSMUST00000192342 4052 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Ctsd-201ENSMUST00000066401 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Chst10-205ENSMUST00000193441 4999 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 4631405J19Rik-204ENSMUST00000145926 936 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Rps19-ps10-201ENSMUST00000159750 435 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm17798-201ENSMUST00000182282 1035 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Mir7051-201ENSMUST00000184167 73 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm8615-202ENSMUST00000201946 737 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Cdipt-202ENSMUST00000205830 805 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 AC134248.1-201ENSMUST00000216113 1176 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Wasl-201ENSMUST00000031695 4352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Zfp341-202ENSMUST00000109702 3162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Entpd4-201ENSMUST00000064831 1842 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Slc7a4-207ENSMUST00000172164 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Hoxc5-201ENSMUST00000001709 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Sod2-201ENSMUST00000007012 3824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 AC124397.2-201ENSMUST00000225575 2215 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Slc44a2-201ENSMUST00000034697 3456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Zfp558-202ENSMUST00000034647 1701 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Rab22a-201ENSMUST00000029024 7155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Stx5a-213ENSMUST00000176381 2251 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Fnbp4-201ENSMUST00000013759 4691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Mmab-201ENSMUST00000031560 3020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Rps6kl1-202ENSMUST00000221972 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Hist1h2be-201ENSMUST00000051091 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Abcc6-201ENSMUST00000002850 4974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Tmcc3os-201ENSMUST00000146744 2912 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Fam171a1-201ENSMUST00000062934 4129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 St8sia6-201ENSMUST00000003509 7618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Brd2-201ENSMUST00000025193 4374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 AC117194.1-201ENSMUST00000224847 3002 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Trgv2-201ENSMUST00000103563 491 ntAPPRIS P1 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Pmp22-202ENSMUST00000108700 733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Tcf7l2-206ENSMUST00000111652 1041 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Xlr4c-204ENSMUST00000114531 1104 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Nop16-202ENSMUST00000148222 790 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm14275-201ENSMUST00000152112 430 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Olfr755-ps1-201ENSMUST00000173568 910 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Tlx1-202ENSMUST00000174617 806 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm2449-201ENSMUST00000180676 585 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm43552-201ENSMUST00000196121 365 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm43380-201ENSMUST00000200421 220 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Fxyd4-202ENSMUST00000203066 522 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Camsap3-203ENSMUST00000207077 3832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm45410-201ENSMUST00000211331 1093 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm45460-201ENSMUST00000211385 1038 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Fth1-201ENSMUST00000025563 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Taar8b-201ENSMUST00000092654 1035 ntAPPRIS P1 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 B230317F23Rik-201ENSMUST00000052189 2472 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Dot1l-201ENSMUST00000105336 6808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Rps9-202ENSMUST00000108623 1347 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Prr36-201ENSMUST00000168386 4616 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Hps3-201ENSMUST00000012580 4016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm42943-201ENSMUST00000199676 3242 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Grk4-202ENSMUST00000074651 3234 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Tcf12-218ENSMUST00000184783 3489 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 AC158636.1-201ENSMUST00000220118 1393 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Lgals4-201ENSMUST00000066723 1384 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Plxna1-202ENSMUST00000163139 9034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Gm36975-201ENSMUST00000194105 1828 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Smim1-208ENSMUST00000143047 3373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Kpna4-201ENSMUST00000029353 8819 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Cyp4b1-201ENSMUST00000102707 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Col7a1-201ENSMUST00000026740 9198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Cd163l1-204ENSMUST00000209637 3210 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 2810407A14Rik-201ENSMUST00000069809 1699 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Slc38a3-201ENSMUST00000010208 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Slc39a3-205ENSMUST00000168076 3461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim28Q62318 Ebf3-203ENSMUST00000168203 3724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 55.7 ms