Protein–RNA interactions for Protein: Q8CDG3

Vcpip1, Deubiquitinating protein VCIP135, mousemouse

Predictions only

Length 1,220 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Vcpip1Q8CDG3 Nkx2-5-201ENSMUST00000015723 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Vcpip1Q8CDG3 Cdc42bpb-201ENSMUST00000041965 6714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Vcpip1Q8CDG3 Shc4-202ENSMUST00000110477 1988 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Vcpip1Q8CDG3 Fn1-208ENSMUST00000186940 1350 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Vcpip1Q8CDG3 Thap11-201ENSMUST00000040445 1819 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Vcpip1Q8CDG3 Hras-201ENSMUST00000026572 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Vcpip1Q8CDG3 Gm11847-201ENSMUST00000125165 1119 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
Vcpip1Q8CDG3 Neurl1b-202ENSMUST00000182897 1231 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Vcpip1Q8CDG3 Gm28417-202ENSMUST00000185881 538 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Vcpip1Q8CDG3 Gm7544-201ENSMUST00000222426 828 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Vcpip1Q8CDG3 Hnrnpa3-201ENSMUST00000090792 1140 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Vcpip1Q8CDG3 Acsl3-203ENSMUST00000134566 2492 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Vcpip1Q8CDG3 Gm2415-201ENSMUST00000128982 1474 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Vcpip1Q8CDG3 Tmem55b-206ENSMUST00000161166 1445 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Vcpip1Q8CDG3 Tmem74b-201ENSMUST00000060196 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Vcpip1Q8CDG3 Kifc3-201ENSMUST00000034240 3277 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Vcpip1Q8CDG3 Gab2-202ENSMUST00000206791 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Vcpip1Q8CDG3 Tmem147-203ENSMUST00000207296 875 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Vcpip1Q8CDG3 Rbfox3-204ENSMUST00000106278 1542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Vcpip1Q8CDG3 Shisa8-201ENSMUST00000179269 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Vcpip1Q8CDG3 Noc2l-201ENSMUST00000179543 2785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Vcpip1Q8CDG3 Ube2d2a-202ENSMUST00000170693 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Atp5j-202ENSMUST00000114191 742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Nsd1-203ENSMUST00000224156 1149 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Slc35f3-201ENSMUST00000108759 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Crlf3-203ENSMUST00000103233 2230 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Cacng7-201ENSMUST00000092891 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Stat5b-201ENSMUST00000004143 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Gfra4-206ENSMUST00000110240 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Gm21988-202ENSMUST00000176268 1621 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Ankrd33b-203ENSMUST00000110410 2070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Gabbr1-209ENSMUST00000174456 1595 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Spsb3-204ENSMUST00000119829 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Hoxd11-202ENSMUST00000142312 1111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 8430422M14Rik-201ENSMUST00000199608 822 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Gm45371-201ENSMUST00000210723 459 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Gm45444-201ENSMUST00000211394 898 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Olig1-201ENSMUST00000056882 2162 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Ppm1b-201ENSMUST00000080217 2753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 C1galt1-201ENSMUST00000040159 6092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Kazald1-202ENSMUST00000111948 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Trim47-201ENSMUST00000021120 2204 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Rtca-201ENSMUST00000000348 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Setd6-201ENSMUST00000034096 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Kcnk15-202ENSMUST00000109396 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Wipi1-203ENSMUST00000106689 1220 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Vax1-201ENSMUST00000172821 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Gm29735-201ENSMUST00000209599 660 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Tmem192-203ENSMUST00000209852 1193 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 AC166358.2-201ENSMUST00000223403 734 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 1700001C19Rik-201ENSMUST00000061885 1622 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Gm5913-201ENSMUST00000119397 1399 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Hfe2-201ENSMUST00000049208 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Shox2-201ENSMUST00000029422 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Zranb1-202ENSMUST00000106157 5008 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Gm2415-202ENSMUST00000134688 401 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Casd1-204ENSMUST00000181734 1063 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Doc2a-201ENSMUST00000064110 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Dexi-201ENSMUST00000038281 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Desi2-204ENSMUST00000161075 2590 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Bfsp1-201ENSMUST00000028907 2372 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Tmx4-202ENSMUST00000110119 596 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Ubxn2a-203ENSMUST00000142867 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Bsg-201ENSMUST00000067036 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Prkab1-201ENSMUST00000031486 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Trpc1-201ENSMUST00000053785 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Celf6-201ENSMUST00000034840 2765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Ppp6r2-202ENSMUST00000226221 2559 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Barhl1-203ENSMUST00000113849 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Fbxw2-202ENSMUST00000091020 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Gm20532-201ENSMUST00000174066 780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Gm28040-202ENSMUST00000184603 890 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Gm5522-201ENSMUST00000189483 1242 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Btbd6-206ENSMUST00000222209 644 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Rab24-201ENSMUST00000035242 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Shisa6-201ENSMUST00000066679 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 K230010J24Rik-204ENSMUST00000187868 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Pcgf6-201ENSMUST00000026032 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Sft2d3-201ENSMUST00000054984 2810 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Nfkbil1-201ENSMUST00000048994 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Map4k3-202ENSMUST00000112389 4231 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Gng12-203ENSMUST00000114224 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Gng12-206ENSMUST00000114227 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Rin3-207ENSMUST00000150795 937 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 4833418N17Rik-201ENSMUST00000064826 615 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Gm8093-201ENSMUST00000128935 1892 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Cnot6-203ENSMUST00000145353 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Tpm1-211ENSMUST00000113695 1607 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Vcpip1Q8CDG3 Zfp821-201ENSMUST00000034163 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Vcpip1Q8CDG3 Lrrc38-201ENSMUST00000052458 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Vcpip1Q8CDG3 Tusc2-201ENSMUST00000010198 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Vcpip1Q8CDG3 Grsf1-201ENSMUST00000078945 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Vcpip1Q8CDG3 Zfand2b-201ENSMUST00000027394 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Vcpip1Q8CDG3 Gm34220-201ENSMUST00000223001 2709 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
Vcpip1Q8CDG3 Pdgfa-204ENSMUST00000110897 1287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Vcpip1Q8CDG3 Ak2-201ENSMUST00000030583 986 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Vcpip1Q8CDG3 Rab42-201ENSMUST00000040411 761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Vcpip1Q8CDG3 Stk19-201ENSMUST00000077477 1120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Vcpip1Q8CDG3 Tinagl1-202ENSMUST00000105998 1976 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Vcpip1Q8CDG3 Mcmbp-202ENSMUST00000119081 2347 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.9 ms