Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Pla2g7-201ENSMUST00000024706 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Atp9a-201ENSMUST00000029060 3529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Plin4-201ENSMUST00000002908 5755 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Dnajc5-203ENSMUST00000108797 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Tmem92-203ENSMUST00000162809 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Hnrnph2-203ENSMUST00000074950 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Cdh20-201ENSMUST00000062528 4012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Smc4-202ENSMUST00000107803 3983 ntTSL 5 BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Fcrl1-203ENSMUST00000167200 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm45428-201ENSMUST00000209619 1789 ntBASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Nanos2-201ENSMUST00000063563 1563 ntAPPRIS P1 BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Slc45a3-201ENSMUST00000027695 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Als2cl-203ENSMUST00000130386 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Tshz3-201ENSMUST00000021641 5098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Hbs1l-209ENSMUST00000219915 2733 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Xpnpep1-211ENSMUST00000183274 2120 ntTSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Taz-204ENSMUST00000124200 1742 ntTSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm26778-201ENSMUST00000181443 3805 ntTSL 5 BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Ndufa11-201ENSMUST00000002452 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 AC122291.1-201ENSMUST00000228937 5748 ntBASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm42822-201ENSMUST00000200507 1529 ntBASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Kat7-203ENSMUST00000103159 3248 ntTSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Sh2d7-202ENSMUST00000118413 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Mirg-202ENSMUST00000181543 1300 ntTSL 5 BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm6741-201ENSMUST00000057074 1330 ntAPPRIS P1 BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Rnf220-201ENSMUST00000030439 3029 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Pou2f3-201ENSMUST00000034513 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Axl-201ENSMUST00000002677 4265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Avpr2-202ENSMUST00000101470 2787 ntTSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Mknk1-202ENSMUST00000106513 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Cttn-201ENSMUST00000033407 2913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Cep250-203ENSMUST00000109618 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Csn1s2b-203ENSMUST00000113279 745 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm13383-201ENSMUST00000131190 1171 ntTSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 1700030I03Rik-201ENSMUST00000192978 942 ntBASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm44038-201ENSMUST00000203952 889 ntBASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 A530053G22Rik-204ENSMUST00000204579 536 ntTSL 2 BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 5430431A17Rik-201ENSMUST00000206342 795 ntTSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Tex12-202ENSMUST00000217236 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 AC133598.4-201ENSMUST00000224577 454 ntBASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 AC129017.2-201ENSMUST00000226118 1284 ntBASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm11149-201ENSMUST00000068730 1250 ntTSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Csn1s2b-201ENSMUST00000072539 810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Il22-201ENSMUST00000096691 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Olfr1106-201ENSMUST00000099867 939 ntAPPRIS P1 BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Prdm1-201ENSMUST00000039174 5281 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Dip2a-201ENSMUST00000036033 6322 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Rsph3b-201ENSMUST00000024572 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Tef-202ENSMUST00000109553 4401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm10432-202ENSMUST00000223300 4791 ntTSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 C2cd5-213ENSMUST00000204655 3526 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Tenm3-201ENSMUST00000033965 8961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Acsl6-201ENSMUST00000000145 2297 ntTSL 5 BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 9230105E05Rik-201ENSMUST00000161291 2250 ntTSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Adgrl3-214ENSMUST00000120445 5230 ntTSL 5 BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Nr2c1-202ENSMUST00000099343 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 AC159195.3-201ENSMUST00000225162 2211 ntBASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Tpst1-202ENSMUST00000118993 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gstt3-201ENSMUST00000001715 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Nt5dc2-206ENSMUST00000227794 1858 ntAPPRIS ALT2 BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 F3-201ENSMUST00000029771 1872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Spag16-202ENSMUST00000113940 3559 ntTSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Fbxo40-202ENSMUST00000114806 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 AC154314.2-201ENSMUST00000223677 3502 ntBASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm8334-201ENSMUST00000112755 1662 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 D6Ertd527e-201ENSMUST00000170124 2161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 BC004004-201ENSMUST00000064709 2803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Fbln2-201ENSMUST00000041544 4786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 CT009713.10-201ENSMUST00000225013 1986 ntBASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Tmem269-201ENSMUST00000030394 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Brwd1-204ENSMUST00000113829 9843 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm17244-201ENSMUST00000192482 3416 ntBASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Clasp1-216ENSMUST00000189738 5373 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Olfr541-203ENSMUST00000210357 1642 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm15446-201ENSMUST00000112544 2417 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 4933406M09Rik-201ENSMUST00000162187 1768 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Hoxc10-201ENSMUST00000001699 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Adgre5-203ENSMUST00000109802 2867 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Magel2-201ENSMUST00000080403 4631 ntAPPRIS P1 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Ern1-202ENSMUST00000106799 660 ntTSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Birc7-201ENSMUST00000108875 1178 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm15920-201ENSMUST00000118998 402 ntBASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm15703-201ENSMUST00000120250 880 ntBASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Rpl17-ps5-201ENSMUST00000121001 555 ntBASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm11980-201ENSMUST00000121445 986 ntBASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Haghl-211ENSMUST00000150324 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm9931-201ENSMUST00000193584 1185 ntBASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm42947-201ENSMUST00000198230 675 ntTSL 2 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm44069-201ENSMUST00000204898 506 ntBASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 4921513I08Rik-201ENSMUST00000206993 866 ntTSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Olfr752-ps1-201ENSMUST00000208736 1141 ntBASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 AC110091.3-202ENSMUST00000217104 791 ntTSL 5 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 CAAA01216754.4-203ENSMUST00000217178 1097 ntTSL 5 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Sult3a1-202ENSMUST00000218204 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Hcfc1r1-201ENSMUST00000024697 946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Ifnb1-201ENSMUST00000055671 750 ntAPPRIS P1 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Myl3-201ENSMUST00000079784 937 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Sult3a1-201ENSMUST00000092597 1047 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Srrt-201ENSMUST00000040873 3024 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Cyp11b1-201ENSMUST00000170259 3165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 41.3 ms