Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Gm4735-201ENSMUST00000138679 1302 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm5855-201ENSMUST00000200240 1305 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Tpm1-209ENSMUST00000113690 2890 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Sema5b-202ENSMUST00000120756 4646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm4756-202ENSMUST00000208039 2344 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Tomm6os-201ENSMUST00000155812 2944 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Kcnn2-205ENSMUST00000183850 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Lgals4-201ENSMUST00000066723 1384 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Serpina1b-203ENSMUST00000186166 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Lamp5-201ENSMUST00000057503 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Slc9a3-204ENSMUST00000225423 2589 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Ccdc158-203ENSMUST00000150359 3353 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Edem3-203ENSMUST00000188145 3262 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Zfp644-204ENSMUST00000112696 5785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 A530053M12Rik-201ENSMUST00000187918 1467 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Tcf3-209ENSMUST00000105345 2950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Crygf-202ENSMUST00000114027 594 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm8659-201ENSMUST00000120024 1084 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
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Scn4aQ9ER60 Ndufa4-205ENSMUST00000204978 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Fbrs-207ENSMUST00000206394 2961 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Csrnp1-204ENSMUST00000215916 2956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
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Scn4aQ9ER60 Ccl27a-201ENSMUST00000074387 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
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Scn4aQ9ER60 Slc30a9-204ENSMUST00000162372 5711 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
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Scn4aQ9ER60 Rnf14-202ENSMUST00000170811 2886 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Atxn7l1os2-201ENSMUST00000138617 2019 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 3200001D21Rik-201ENSMUST00000221603 2283 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Dcaf12-201ENSMUST00000030145 3442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Klk1b26-201ENSMUST00000048945 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Lrrc27-201ENSMUST00000016124 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Oasl1-201ENSMUST00000031540 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Acnat2-201ENSMUST00000081541 1664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Kif3a-208ENSMUST00000173744 2257 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 3010001F23Rik-201ENSMUST00000130625 876 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
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Scn4aQ9ER60 Fut1-202ENSMUST00000209379 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
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Scn4aQ9ER60 Ispd-202ENSMUST00000220519 3122 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
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Scn4aQ9ER60 Neu2-201ENSMUST00000070898 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
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Scn4aQ9ER60 Ceacam9-201ENSMUST00000001984 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
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Scn4aQ9ER60 Kcnh2-201ENSMUST00000036092 4221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Evl-204ENSMUST00000172409 1955 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 B430203G13Rik-201ENSMUST00000169657 1375 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Slc4a1ap-201ENSMUST00000114533 2424 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Col17a1-201ENSMUST00000026045 5588 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Bpi-202ENSMUST00000109499 1778 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Ccdc88b-201ENSMUST00000113440 4959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Prdm9-205ENSMUST00000147532 1447 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm42499-201ENSMUST00000196193 1412 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Dhx36-201ENSMUST00000029336 5620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Phf21b-201ENSMUST00000016768 3377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Pepd-201ENSMUST00000075068 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm9796-201ENSMUST00000062249 2250 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Ap5s1-203ENSMUST00000110208 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Kcnk2-206ENSMUST00000193319 1548 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Apol9a-202ENSMUST00000089452 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
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