Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Eaf2-204ENSMUST00000114829 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm12585-201ENSMUST00000117307 290 ntBASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm16151-201ENSMUST00000129696 639 ntTSL 3 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 2200002J24Rik-201ENSMUST00000013227 333 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm14104-201ENSMUST00000135990 356 ntTSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Tbx3os1-203ENSMUST00000140101 490 ntTSL 3 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 2310040G07Rik-202ENSMUST00000145897 462 ntTSL 3 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Ppp1r2-ps9-202ENSMUST00000173852 882 ntBASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm26768-201ENSMUST00000181097 966 ntTSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm2756-201ENSMUST00000195851 400 ntBASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Fmc1-201ENSMUST00000019833 479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm19590-201ENSMUST00000201551 1195 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 4922502N22Rik-201ENSMUST00000204038 1149 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Shd-206ENSMUST00000225145 998 ntBASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 AC225888.1-201ENSMUST00000227184 728 ntBASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Nsmce1-201ENSMUST00000033006 1120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Klk5-201ENSMUST00000048444 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Lcn10-201ENSMUST00000058912 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Rnaseh2a-201ENSMUST00000065049 1006 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm4735-201ENSMUST00000138679 1302 ntBASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Unc45bos-201ENSMUST00000156395 1306 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm5855-201ENSMUST00000200240 1305 ntBASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Pitpnm2-201ENSMUST00000086123 6620 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Cxcl10-202ENSMUST00000118006 1353 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm37885-201ENSMUST00000192568 1391 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Bscl2-201ENSMUST00000086058 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Actl7b-201ENSMUST00000095080 1439 ntAPPRIS P1 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Ppm1b-204ENSMUST00000112307 1499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm5779-202ENSMUST00000219564 1477 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Taf1a-201ENSMUST00000097043 1472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Sufu-201ENSMUST00000039922 4522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Adamts1-201ENSMUST00000023610 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Il2rg-201ENSMUST00000033664 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Rnf220-202ENSMUST00000094853 1675 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Fsd1-201ENSMUST00000011733 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Ormdl1-201ENSMUST00000027266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Osgin1-206ENSMUST00000152420 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Cdrt4os1-201ENSMUST00000130177 2090 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Ly6e-210ENSMUST00000188866 2068 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Ccnb1-201ENSMUST00000072119 2489 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Pex11g-201ENSMUST00000004686 2870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Pde4c-207ENSMUST00000224874 3099 ntAPPRIS ALT2 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Slc38a3-202ENSMUST00000167868 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Pcdha2-202ENSMUST00000195590 4645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Pcdhgb6-201ENSMUST00000003599 4684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Crybg3-201ENSMUST00000044604 5231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Dhx30-212ENSMUST00000197928 4441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Lrfn5-201ENSMUST00000055815 4410 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Ints6-202ENSMUST00000223585 10883 ntAPPRIS P1 BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Tnip1-202ENSMUST00000102730 2787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Taf1b-201ENSMUST00000075954 2209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gas2l3-207ENSMUST00000220128 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Leprot-201ENSMUST00000030254 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm12766-201ENSMUST00000140298 1823 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Slc36a1-202ENSMUST00000108867 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Art3-208ENSMUST00000121096 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Krt17-201ENSMUST00000080893 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Zfp423-201ENSMUST00000052250 4510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Knop1-203ENSMUST00000106549 1467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Rnf25-202ENSMUST00000113721 1451 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 3110062G12Rik-201ENSMUST00000192113 1419 ntBASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm38325-201ENSMUST00000194507 1377 ntBASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm21038-201ENSMUST00000222205 1383 ntBASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm25287-201ENSMUST00000103846 110 ntBASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm22918-201ENSMUST00000103855 110 ntBASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Apoo-203ENSMUST00000113897 1218 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm13033-201ENSMUST00000117591 1057 ntBASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm14494-201ENSMUST00000118786 435 ntBASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm15317-201ENSMUST00000129569 699 ntTSL 3 BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Tmem33-206ENSMUST00000162543 664 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm17455-201ENSMUST00000164428 855 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Mir3113-201ENSMUST00000175478 76 ntBASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm19585-201ENSMUST00000186007 587 ntTSL 2 BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 B230110G15Rik-201ENSMUST00000190868 772 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm36966-201ENSMUST00000192217 413 ntBASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm43550-201ENSMUST00000200597 303 ntBASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm44985-201ENSMUST00000206202 1016 ntBASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Atf5-203ENSMUST00000209072 595 ntTSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 AC126408.1-201ENSMUST00000225184 523 ntBASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Tas2r104-201ENSMUST00000072404 909 ntAPPRIS P1 BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm904-201ENSMUST00000099519 649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Plce1-204ENSMUST00000182481 8357 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Lsamp-206ENSMUST00000187695 3411 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Calu-202ENSMUST00000090481 2670 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Tnfrsf22-203ENSMUST00000146692 2298 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Clec16a-201ENSMUST00000038145 3730 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Ndc1-204ENSMUST00000139560 4584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Lsp1-211ENSMUST00000149521 1910 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Mmgt2-203ENSMUST00000129162 1828 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm4858-202ENSMUST00000194595 1810 ntTSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Cpq-207ENSMUST00000228916 1842 ntAPPRIS P1 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Rab17-201ENSMUST00000027529 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Foxn4-201ENSMUST00000044790 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Pcdhgc4-201ENSMUST00000066140 5024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Rab11fip1-203ENSMUST00000209377 3769 ntTSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Nefm-202ENSMUST00000111089 3680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 7420426K07Rik-201ENSMUST00000098460 1504 ntAPPRIS P1 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Vmn1r45-206ENSMUST00000227977 3297 ntAPPRIS P1 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Robo4-201ENSMUST00000102895 3226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Rnf40Q3U319 Gm10110-202ENSMUST00000228705 3220 ntBASIC12.99□□□□□ -0.33
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.8 ms