Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Mier1-205ENSMUST00000106858 4830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Itgb4-203ENSMUST00000106458 5779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Tnrc6c-201ENSMUST00000026658 8724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Cd276-202ENSMUST00000165365 3603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Irak2-201ENSMUST00000059286 3196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Hk1-205ENSMUST00000130422 2916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Tmeff2-202ENSMUST00000114565 2718 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 L3mbtl2-208ENSMUST00000174229 2578 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 AC164426.2-201ENSMUST00000225993 2492 ntBASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Padi6-201ENSMUST00000038749 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Accs-201ENSMUST00000041593 2036 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Ttc23-202ENSMUST00000107470 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm16958-201ENSMUST00000180603 1765 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 0610040F04Rik-201ENSMUST00000137478 1734 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm2916-202ENSMUST00000181779 1702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Kir3dl1-202ENSMUST00000113105 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Spag9-202ENSMUST00000041956 7340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Retreg1-206ENSMUST00000228306 1430 ntBASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm18222-201ENSMUST00000202416 1387 ntBASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gabbr1-203ENSMUST00000172792 4036 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Pkig-203ENSMUST00000109400 1059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Mir1247-201ENSMUST00000116706 82 ntBASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm11261-203ENSMUST00000132470 838 ntTSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 A330102I10Rik-202ENSMUST00000140415 682 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm15444-201ENSMUST00000148335 388 ntTSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Ssr4-208ENSMUST00000166518 800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm8801-201ENSMUST00000173255 1064 ntBASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Fkbp2-202ENSMUST00000177752 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm3893-201ENSMUST00000178882 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 4930594M17Rik-201ENSMUST00000181204 1033 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Mhrt-201ENSMUST00000181782 828 ntTSL 2 BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Dera-204ENSMUST00000203216 688 ntTSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Tomm7-201ENSMUST00000030851 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Bcdin3d-201ENSMUST00000040313 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gemin7-201ENSMUST00000051364 763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Cbfa2t2-202ENSMUST00000099178 3247 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Slc25a13-203ENSMUST00000188414 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Zfp853-203ENSMUST00000212715 3133 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Arid4a-201ENSMUST00000046305 4998 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Cd40-201ENSMUST00000017799 2986 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 4833422C13Rik-202ENSMUST00000160385 2828 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gfap-201ENSMUST00000067444 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 4933434E20Rik-206ENSMUST00000160640 2510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 B3gat2-201ENSMUST00000063663 5655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Trf-203ENSMUST00000112645 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Pde4d-201ENSMUST00000074103 2167 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Runx1-202ENSMUST00000113956 4738 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm8038-201ENSMUST00000164674 2044 ntBASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Zfp568-201ENSMUST00000074322 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Iqsec3-203ENSMUST00000151397 8067 ntTSL 2 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Cchcr1-205ENSMUST00000173903 3054 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 6030458C11Rik-201ENSMUST00000057256 3966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm37542-201ENSMUST00000192563 2832 ntBASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Krt33a-201ENSMUST00000018399 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Lsp1-201ENSMUST00000018963 1695 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Tcf4-238ENSMUST00000201631 2660 ntTSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Elmod3-204ENSMUST00000141833 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Ankrd17-201ENSMUST00000014421 10458 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Zfp783-204ENSMUST00000130490 4419 ntTSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Zscan20-202ENSMUST00000097877 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Atp8a1-201ENSMUST00000037380 8178 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Nubp2-201ENSMUST00000044252 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Scamp5-201ENSMUST00000046587 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Dab2ip-209ENSMUST00000135741 4128 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Ptchd3-201ENSMUST00000036690 3194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Kctd10-202ENSMUST00000102581 3103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm39204-201ENSMUST00000210045 1307 ntTSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Ptprk-202ENSMUST00000218276 4754 ntTSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Sppl2a-201ENSMUST00000028844 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Ildr1-201ENSMUST00000023617 3042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Pdzrn4-202ENSMUST00000169942 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm15198-201ENSMUST00000117283 177 ntBASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Grm4-202ENSMUST00000118489 2976 ntTSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm12539-201ENSMUST00000121549 1098 ntBASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 4933427G23Rik-202ENSMUST00000126393 544 ntBASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 C8g-201ENSMUST00000015227 822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Dpy30-202ENSMUST00000164832 799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm42303-201ENSMUST00000209960 1170 ntTSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm29154-230ENSMUST00000215044 1165 ntTSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Oit1-201ENSMUST00000022269 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Rrp36-201ENSMUST00000024766 1195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Tspan8-201ENSMUST00000035563 1244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gm9955-201ENSMUST00000067987 309 ntAPPRIS P1 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Ccdc33-202ENSMUST00000098681 1093 ntTSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Aldh1a7-201ENSMUST00000025656 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Acsm1-201ENSMUST00000047929 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Gipr-201ENSMUST00000094790 2856 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Prx-204ENSMUST00000125990 4298 ntTSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Tcf4-234ENSMUST00000201410 1915 ntTSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Tcf4-243ENSMUST00000202057 1941 ntTSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Calu-202ENSMUST00000090481 2670 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Ffar1-201ENSMUST00000052700 4175 ntAPPRIS P1 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Ppl-201ENSMUST00000035672 6277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Irs4-201ENSMUST00000067841 6294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Tex13c2-201ENSMUST00000197237 1834 ntAPPRIS P1 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Cd19-204ENSMUST00000206325 2452 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Ctsc-201ENSMUST00000032779 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Col22a1-202ENSMUST00000159993 8809 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Bend3-201ENSMUST00000040147 5882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
Usp4P35123 Fnbp1-203ENSMUST00000100207 1680 ntTSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 54 ms