Protein–RNA interactions for Protein: Q8C9S8

Atg4a, Cysteine protease ATG4A, mousemouse

Predictions only

Length 396 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Atg4aQ8C9S8 Cspp1-202ENSMUST00000117415 1272 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Gm12241-201ENSMUST00000118330 726 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Iqcf6-201ENSMUST00000171091 537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 1700040D17Rik-201ENSMUST00000181305 998 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Polr2i-201ENSMUST00000019882 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 4930589O11Rik-201ENSMUST00000200768 920 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Gm45865-201ENSMUST00000211815 945 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Gm9368-201ENSMUST00000219348 831 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Rnf7-201ENSMUST00000057500 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Ccndbp1-201ENSMUST00000060455 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Pogk-202ENSMUST00000128861 4848 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Bmp7-201ENSMUST00000009143 3670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Gm11661-201ENSMUST00000121761 1327 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Spata18-203ENSMUST00000113548 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Immt-203ENSMUST00000114151 2518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Gm7104-201ENSMUST00000179741 2532 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Arhgap12-211ENSMUST00000182383 2500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Snph-202ENSMUST00000094456 4607 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Daglb-201ENSMUST00000045593 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Styxl1-208ENSMUST00000178515 1651 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Taldo1-204ENSMUST00000211654 1362 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Dbf4-204ENSMUST00000168500 2000 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Fgd5-201ENSMUST00000089334 6095 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Psen1-201ENSMUST00000041806 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Col20a1-205ENSMUST00000228434 5012 ntAPPRIS P2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Gm43365-201ENSMUST00000196522 2106 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Slc25a13-203ENSMUST00000188414 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 St6galnac4-204ENSMUST00000179989 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Celf2-225ENSMUST00000183091 2177 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Mapkapk5-204ENSMUST00000111783 1513 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Atg4aQ8C9S8 Pla2g3-202ENSMUST00000064265 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Mecom-206ENSMUST00000172694 4381 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Sectm1b-201ENSMUST00000039309 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Slc8a2-201ENSMUST00000168693 4171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Gm24830-201ENSMUST00000102024 166 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Stpg3-202ENSMUST00000114363 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Thoc6-203ENSMUST00000115489 1083 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Myadml2os-201ENSMUST00000126642 1044 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Dnase2a-206ENSMUST00000145292 678 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 2010106C02Rik-201ENSMUST00000191222 660 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Ighv1-60-201ENSMUST00000195816 405 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Gm36634-201ENSMUST00000218356 1259 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Gm26232-201ENSMUST00000083360 166 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Rnu1b6-201ENSMUST00000083839 166 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Ccdc33-202ENSMUST00000098681 1093 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Rara-207ENSMUST00000164748 3129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Zfp429-201ENSMUST00000109732 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Cacna1b-203ENSMUST00000100348 7182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Rtn4-203ENSMUST00000102841 4060 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Rnf113a2-201ENSMUST00000183146 1383 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Apbb2-215ENSMUST00000162349 3362 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Apbb2-201ENSMUST00000087256 3362 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Nsf-202ENSMUST00000103075 3766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Hlcs-202ENSMUST00000163193 5371 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Chrdl1-204ENSMUST00000166406 2605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Olfr1420-201ENSMUST00000072784 1444 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Sstr5-201ENSMUST00000051864 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Map2k4-201ENSMUST00000046963 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Ccdc159-202ENSMUST00000170304 1519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 AC156031.2-201ENSMUST00000213107 3310 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Tspan32-201ENSMUST00000009396 1582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Cacna2d1-203ENSMUST00000101581 3879 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Cacna2d1-206ENSMUST00000180204 3882 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Slc25a22-203ENSMUST00000106007 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Fgfr1op-201ENSMUST00000024636 3077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Polm-202ENSMUST00000109837 2697 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 4930488B22Rik-201ENSMUST00000172500 1722 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 AI593442-203ENSMUST00000213937 5674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Fam227a-204ENSMUST00000187519 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Ift20-202ENSMUST00000108275 582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Retn-201ENSMUST00000012849 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 9430021M05Rik-201ENSMUST00000145985 1201 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Gm4034-201ENSMUST00000187674 480 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Hax1-206ENSMUST00000197786 857 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Svip-203ENSMUST00000209193 487 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Dhrs4-202ENSMUST00000226168 828 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Ndufb3-201ENSMUST00000027193 763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Tsc22d4-201ENSMUST00000031738 1043 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Dmkn-201ENSMUST00000041703 662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Pxylp1-201ENSMUST00000078478 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 AC159314.1-201ENSMUST00000216917 3485 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Pdcd4-202ENSMUST00000074371 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Arid5a-203ENSMUST00000115031 3002 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 S1pr1-201ENSMUST00000055676 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Nynrin-202ENSMUST00000168479 7511 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Hcls1-201ENSMUST00000023531 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Vsx1-201ENSMUST00000046095 3791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Phf24-201ENSMUST00000069184 6392 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Tspan32-203ENSMUST00000082008 1587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Nelfcd-202ENSMUST00000109075 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Sec14l5-201ENSMUST00000165810 2337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 2210406O10Rik-202ENSMUST00000122882 1743 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Zfp125-201ENSMUST00000079237 2488 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Grk4-202ENSMUST00000074651 3234 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Pcdhgb1-201ENSMUST00000192931 4723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Pcdhga9-201ENSMUST00000091935 4724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Rbm12b2-201ENSMUST00000063839 3327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Dync1i1-202ENSMUST00000115555 2669 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Magee1-201ENSMUST00000033578 3550 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
Atg4aQ8C9S8 Coro2b-201ENSMUST00000048043 3610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 40.2 ms