Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Porcn-201ENSMUST00000077595 1872 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Sarnp-201ENSMUST00000105230 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Siglec15-201ENSMUST00000170760 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Gm36033-202ENSMUST00000214827 745 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Gpr3-201ENSMUST00000052090 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 1700012B09Rik-201ENSMUST00000060330 688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 H2-Q2-201ENSMUST00000074806 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Insm2-201ENSMUST00000051857 2660 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Grin2d-201ENSMUST00000002848 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Slc17a7-201ENSMUST00000085374 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Hexdc-201ENSMUST00000038831 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Rab3ip-203ENSMUST00000219109 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Gm5874-201ENSMUST00000096101 508 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Ctsz-201ENSMUST00000016400 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Ube2q1-201ENSMUST00000038356 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Alkal2-201ENSMUST00000067087 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Kctd5-201ENSMUST00000017090 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Ccnl2-201ENSMUST00000030944 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Gm43017-201ENSMUST00000198296 752 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Krtap5-5-201ENSMUST00000097942 1177 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Habp4-201ENSMUST00000021929 2564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Homer3-206ENSMUST00000140212 2608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Homer3-203ENSMUST00000110124 2445 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Gorasp2-203ENSMUST00000112205 1196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Tmem9-202ENSMUST00000117950 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Gm3448-203ENSMUST00000179539 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Snhg6-203ENSMUST00000182580 473 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Gm3448-201ENSMUST00000097399 787 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Slc30a3-201ENSMUST00000031037 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Purg-202ENSMUST00000078058 1795 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Phf14-203ENSMUST00000115511 3336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Terf2-204ENSMUST00000133925 2666 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Lgals3-201ENSMUST00000142734 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Capn10-202ENSMUST00000117814 1268 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 BC004004-202ENSMUST00000120346 1297 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Mrgbp-206ENSMUST00000169630 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Phactr2-202ENSMUST00000105543 2735 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Klc1-201ENSMUST00000084941 2504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Brf1-201ENSMUST00000011302 2615 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Cdkn2a-202ENSMUST00000107131 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 H2-Q7-204ENSMUST00000116598 1134 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Gm43137-201ENSMUST00000198052 594 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Igfbp3-201ENSMUST00000020702 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Luc7l3-203ENSMUST00000107821 2050 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Smim19-202ENSMUST00000163774 1435 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Mid2-201ENSMUST00000112988 2525 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Grb2-201ENSMUST00000021090 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Bola1-202ENSMUST00000107099 995 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Bex4-201ENSMUST00000116527 837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Bola1-201ENSMUST00000016087 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Bola1-203ENSMUST00000177442 692 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Mir7075-201ENSMUST00000184187 82 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Kcnma1-215ENSMUST00000190339 890 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 4930500M09Rik-202ENSMUST00000194988 1563 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Ubl3-204ENSMUST00000201595 2064 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Col6a1Q04857 Ing1-201ENSMUST00000054399 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Flot2-201ENSMUST00000072289 2621 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 E330009J07Rik-201ENSMUST00000039008 1949 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Fcho2-201ENSMUST00000040340 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Dnajb2-207ENSMUST00000188290 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Vamp4-204ENSMUST00000135241 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 2310015A10Rik-201ENSMUST00000180643 1399 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Snrpa-201ENSMUST00000080356 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 6230400D17Rik-202ENSMUST00000224976 1019 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Gm3448-202ENSMUST00000097400 747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Dbp-201ENSMUST00000080885 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Btbd2-202ENSMUST00000126980 2449 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Rhou-201ENSMUST00000045487 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Stmn4-204ENSMUST00000121955 1361 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Nckap5los-201ENSMUST00000159738 1712 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Tmem158-201ENSMUST00000068140 1712 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Sirpa-209ENSMUST00000160276 876 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Fam168b-203ENSMUST00000167518 5058 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Adgrb1-202ENSMUST00000170845 2704 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Gng3-201ENSMUST00000096259 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Terf2-202ENSMUST00000068421 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 BC022687-201ENSMUST00000037014 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Spint2-201ENSMUST00000098604 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Ripply3-201ENSMUST00000023660 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Mta3-204ENSMUST00000112352 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Hsd17b3-202ENSMUST00000166224 1286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Dleu2-211ENSMUST00000183066 788 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Tirap-207ENSMUST00000177129 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 B3gat1-203ENSMUST00000159799 2021 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 4930444P10Rik-203ENSMUST00000151004 1001 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Fuz-214ENSMUST00000209132 853 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Cox14-201ENSMUST00000023761 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Trnau1ap-201ENSMUST00000030730 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Sccpdh-201ENSMUST00000040538 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Rem1-201ENSMUST00000000369 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Arrdc2-201ENSMUST00000002989 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Manf-202ENSMUST00000159283 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Pnkd-204ENSMUST00000113805 740 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Gm7291-201ENSMUST00000199147 382 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Cyc1-201ENSMUST00000023210 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Kmt5a-201ENSMUST00000059580 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Mrfap1-201ENSMUST00000068795 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Emc10-202ENSMUST00000118808 1872 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Apcdd1-201ENSMUST00000096554 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Mapk15-201ENSMUST00000089669 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 12.4 ms