Protein–RNA interactions for Protein: P50431

Shmt1, Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic, mousemouse

Predictions only

Length 478 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Shmt1P50431 Hes7-201ENSMUST00000024543 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Shmt1P50431 4930426I24Rik-202ENSMUST00000217797 1232 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
Shmt1P50431 Ptms-201ENSMUST00000032216 1149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Shmt1P50431 H2-Q2-201ENSMUST00000074806 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Shmt1P50431 Chml-203ENSMUST00000210367 1324 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Shmt1P50431 Mapk15-201ENSMUST00000089669 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Shmt1P50431 Phf14-203ENSMUST00000115511 3336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Shmt1P50431 Dus1l-209ENSMUST00000167023 1909 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Shmt1P50431 Dus1l-201ENSMUST00000026151 1930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Shmt1P50431 Hlx-201ENSMUST00000048572 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Shmt1P50431 Spire2-201ENSMUST00000010298 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Shmt1P50431 Gpn2-202ENSMUST00000105899 996 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Shmt1P50431 AC117245.1-201ENSMUST00000215481 566 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Shmt1P50431 Gm10685-201ENSMUST00000196120 433 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Shmt1P50431 Gm13448-201ENSMUST00000143469 1847 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Shmt1P50431 Msl1-203ENSMUST00000107485 2091 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Shmt1P50431 Cacybp-201ENSMUST00000014370 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Shmt1P50431 Uap1-203ENSMUST00000111351 2287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
Shmt1P50431 Gm11492-201ENSMUST00000060360 1972 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Tmem120b-202ENSMUST00000111619 1256 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Nsmf-213ENSMUST00000140737 862 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Gm46212-201ENSMUST00000220256 1003 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Alyref2-201ENSMUST00000081527 1273 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Crim1-201ENSMUST00000112498 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Cdc42bpg-201ENSMUST00000025681 5995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Dact1-202ENSMUST00000150639 2448 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Nrarp-201ENSMUST00000104999 2582 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Cep97-205ENSMUST00000121703 609 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 H3f3a-207ENSMUST00000162814 724 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Fbxl3-204ENSMUST00000132004 2534 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Esyt2-201ENSMUST00000100986 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Fastk-201ENSMUST00000030800 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Shisa8-201ENSMUST00000179269 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Hagh-201ENSMUST00000024974 1101 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Atxn7l2-201ENSMUST00000102633 3044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Fbxl6-201ENSMUST00000023219 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Rab28-201ENSMUST00000031011 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Qtrt1-201ENSMUST00000002902 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Gm26775-201ENSMUST00000180684 2197 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Gm22238-201ENSMUST00000175222 88 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Fam89b-201ENSMUST00000099955 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Fndc5-201ENSMUST00000102600 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Ube2b-201ENSMUST00000020657 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Rem1-201ENSMUST00000000369 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Mfsd4b2-201ENSMUST00000045526 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Efr3a-203ENSMUST00000172756 1411 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Hrk-201ENSMUST00000054836 5382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Pfdn4-204ENSMUST00000109148 736 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Zfp346-202ENSMUST00000159147 1146 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Setd6-201ENSMUST00000034096 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Fcho2-201ENSMUST00000040340 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Uchl5-206ENSMUST00000189936 1696 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Neurl4-201ENSMUST00000061837 5188 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Pitx2-202ENSMUST00000042587 2271 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Rem2-201ENSMUST00000164697 1194 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 A030005L19Rik-201ENSMUST00000220768 806 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Asph-201ENSMUST00000038564 1174 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Rps2-ps6-201ENSMUST00000095471 855 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Asph-205ENSMUST00000098275 1007 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Sos2-201ENSMUST00000035773 5607 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Bcas2-201ENSMUST00000005830 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Inafm2-201ENSMUST00000149978 3053 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Prr7-201ENSMUST00000046533 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
Shmt1P50431 Hoxd3os1-204ENSMUST00000156342 796 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Smco4-203ENSMUST00000215907 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Cblc-202ENSMUST00000108449 1514 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Ttc7b-201ENSMUST00000062957 3446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Maf1-211ENSMUST00000161527 1743 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Fkbp8-201ENSMUST00000075491 1698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Fam60a-202ENSMUST00000081956 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Ppp1cb-206ENSMUST00000202078 383 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Zc3h8-201ENSMUST00000028866 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Snrpa1-206ENSMUST00000153609 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Copz2-201ENSMUST00000018816 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Kras-201ENSMUST00000032399 4678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Hif1a-203ENSMUST00000110464 1759 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Naxd-202ENSMUST00000177955 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Gsr-201ENSMUST00000033992 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Clta-204ENSMUST00000107849 1099 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 AC164883.3-201ENSMUST00000227396 1774 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Slc25a38-201ENSMUST00000035106 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Timm8a1-201ENSMUST00000054213 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Kctd8-202ENSMUST00000087231 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Kdm3b-204ENSMUST00000224715 2032 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Letm2-209ENSMUST00000210810 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Fip1l1-202ENSMUST00000113534 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Fam189a2-201ENSMUST00000096164 2547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Tmub1-202ENSMUST00000115033 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Rab42-201ENSMUST00000040411 761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Tcte2-201ENSMUST00000053376 1105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Uap1-201ENSMUST00000027981 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 E130311K13Rik-201ENSMUST00000061706 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Vamp4-204ENSMUST00000135241 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Scamp3-202ENSMUST00000098941 1338 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Gnl1-201ENSMUST00000087200 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Pgam1-201ENSMUST00000011896 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Pbx1-201ENSMUST00000064438 1020 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Wipi1-202ENSMUST00000103060 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Shmt1P50431 Pnrc1-201ENSMUST00000049357 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.1 ms