Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Col14a1-203ENSMUST00000110221 5679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Fancc-217ENSMUST00000163091 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Pink1-202ENSMUST00000105816 1465 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Abcc6-201ENSMUST00000002850 4974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 C1qtnf9-201ENSMUST00000025940 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Slc7a4-202ENSMUST00000090165 1907 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Dst-213ENSMUST00000183302 8788 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Avpr2-201ENSMUST00000033765 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Lims1-203ENSMUST00000105468 1205 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Timm10b-202ENSMUST00000106780 671 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Zbtb32-201ENSMUST00000108150 854 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Gm10863-204ENSMUST00000147620 776 ntTSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Ppm1h-208ENSMUST00000162969 811 ntTSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Abhd14a-202ENSMUST00000171678 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Ighv1-60-201ENSMUST00000195816 405 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Gm6458-201ENSMUST00000211573 635 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Cd37-201ENSMUST00000033063 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Ppil3-201ENSMUST00000081677 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Cdk5rap3-201ENSMUST00000103152 2250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Mirt1-203ENSMUST00000181539 2259 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Rbm8a-202ENSMUST00000196456 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Wdr89-201ENSMUST00000062370 2979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Steap3-202ENSMUST00000112640 2752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Maats1-201ENSMUST00000023501 2750 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Rtbdn-204ENSMUST00000152378 2322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Vps33b-201ENSMUST00000032749 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Fut1-201ENSMUST00000008605 2580 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Fgf12-201ENSMUST00000100024 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Arhgap24-206ENSMUST00000112854 2991 ntTSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Trim45-204ENSMUST00000134993 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Zbtb25-205ENSMUST00000176509 1591 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Duoxa2-201ENSMUST00000028656 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Spata20-201ENSMUST00000041705 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Mrap2-201ENSMUST00000049457 1931 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Tgfbr1-202ENSMUST00000044234 2861 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Acsm4-201ENSMUST00000047045 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Cyth3-202ENSMUST00000116456 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Tmem168-201ENSMUST00000031554 4587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Mlx-203ENSMUST00000107303 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Bach2-202ENSMUST00000108180 8882 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Arhgef40-202ENSMUST00000100639 4843 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Dcaf11-203ENSMUST00000117701 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Poll-201ENSMUST00000026239 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Nat3-201ENSMUST00000070514 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Grm2-201ENSMUST00000023959 4711 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Smarca1-205ENSMUST00000141084 1965 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 AC160410.1-201ENSMUST00000219298 1972 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Tuba1a-201ENSMUST00000097014 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Lig3-202ENSMUST00000080461 3056 ntTSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Il21r-201ENSMUST00000033000 2499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Aurkaip1-202ENSMUST00000105591 773 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Gm13392-201ENSMUST00000117708 150 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Gm13689-201ENSMUST00000119360 685 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 St6galnac6-209ENSMUST00000131229 1013 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Gm37424-201ENSMUST00000191727 561 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Sox2ot-208ENSMUST00000197103 802 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Gm42442-201ENSMUST00000197951 1133 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Gm44069-201ENSMUST00000204898 506 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Olfr1428-203ENSMUST00000214103 2127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Mrps21-201ENSMUST00000067298 488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Ifitm10-202ENSMUST00000084412 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Gm42943-201ENSMUST00000199676 3242 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Vmn1r198-202ENSMUST00000226786 6195 ntAPPRIS P2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Lipe-201ENSMUST00000003207 3613 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Vamp1-203ENSMUST00000100942 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Kcnab2-201ENSMUST00000030768 3533 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Dera-207ENSMUST00000203693 1446 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Gm42706-201ENSMUST00000199733 1910 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Cdk5rap1-203ENSMUST00000109731 2160 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Psap-204ENSMUST00000177779 2657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Psap-205ENSMUST00000179238 2657 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Zfp108-203ENSMUST00000206777 2562 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 4930432B10Rik-201ENSMUST00000181688 2085 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Mmgt2-203ENSMUST00000129162 1828 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Adcyap1r1-208ENSMUST00000172084 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 C3-201ENSMUST00000024988 5136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Sin3b-201ENSMUST00000004494 4115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 A830082K12Rik-201ENSMUST00000123998 2203 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Picalm-213ENSMUST00000208742 3361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Gm18227-201ENSMUST00000211082 1468 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Rnf6-201ENSMUST00000067837 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Tspan2-201ENSMUST00000029451 4484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Usp4P35123 5430419D17Rik-201ENSMUST00000050586 2928 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Armcx3-202ENSMUST00000086880 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Gm9881-201ENSMUST00000068783 3205 ntAPPRIS P1 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Snx29-203ENSMUST00000122168 2096 ntTSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Gm13612-201ENSMUST00000119276 390 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Gm13834-201ENSMUST00000123757 137 ntTSL 3 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Gm26871-201ENSMUST00000180593 700 ntTSL 3 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Usp4P35123 2610306M01Rik-201ENSMUST00000185414 1042 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Gm29152-201ENSMUST00000189284 325 ntTSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Lsmem2-201ENSMUST00000191791 369 ntTSL 3 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Gm42693-201ENSMUST00000196779 631 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Usp4P35123 9130604C24Rik-201ENSMUST00000197965 956 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Gm43240-201ENSMUST00000198543 630 ntTSL 3 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Gm42599-201ENSMUST00000201308 469 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Usp4P35123 1700127F24Rik-201ENSMUST00000221685 604 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Usp4P35123 4921530L21Rik-202ENSMUST00000228913 1115 ntAPPRIS P1 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Usp4P35123 4921530L21Rik-201ENSMUST00000045892 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Usp4P35123 Mir339-201ENSMUST00000083659 96 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 46.9 ms