Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Slc9b1-201ENSMUST00000078568 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Dmbt1-206ENSMUST00000213064 5779 ntTSL 5 BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Jrk-201ENSMUST00000050234 5853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Lax1-201ENSMUST00000169295 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Sparc-201ENSMUST00000018737 2300 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Sdc1-201ENSMUST00000020911 3157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Sp2-202ENSMUST00000107623 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Olfr222-203ENSMUST00000215339 2166 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Acp5-202ENSMUST00000115315 1349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm26905-201ENSMUST00000180798 6621 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm28359-201ENSMUST00000187470 1322 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Tmem199-201ENSMUST00000052566 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Kif26b-201ENSMUST00000160789 6216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Tcf25-203ENSMUST00000211932 5002 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Apold1-201ENSMUST00000167323 3567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Sirt3-202ENSMUST00000106048 1416 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Zbtb24-205ENSMUST00000216656 2476 ntTSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Kif1a-210ENSMUST00000190723 6141 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gnb1l-204ENSMUST00000115601 3507 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Plagl1-203ENSMUST00000121766 3897 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Mapkapk5-204ENSMUST00000111783 1513 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm37015-201ENSMUST00000192763 1521 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Olfr1344-202ENSMUST00000218906 2590 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Ttbk2-202ENSMUST00000057135 11066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Trf-203ENSMUST00000112645 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Zfp541-202ENSMUST00000209369 4879 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Trav3-1-201ENSMUST00000103569 385 ntAPPRIS P1 BASIC13.15□□□□□ -0.3
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Rnf40Q3U319 Selenoh-203ENSMUST00000117299 747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm12984-201ENSMUST00000145711 273 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Psmb1-201ENSMUST00000014913 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm20878-206ENSMUST00000153997 903 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm6736-201ENSMUST00000166583 948 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Fau-202ENSMUST00000178310 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm26602-201ENSMUST00000181321 285 ntAPPRIS P1 BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm29541-201ENSMUST00000191351 678 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm37576-201ENSMUST00000194228 372 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm21190-202ENSMUST00000196384 1167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm21149-201ENSMUST00000197995 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm36584-201ENSMUST00000209046 708 ntTSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm7439-201ENSMUST00000214053 835 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm5425-201ENSMUST00000214125 459 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 AC174742.1-201ENSMUST00000218272 304 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
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Rnf40Q3U319 Mdk-202ENSMUST00000069423 773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 AC159314.1-201ENSMUST00000216917 3485 ntTSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Ubap1-201ENSMUST00000072866 3456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Kifc2-201ENSMUST00000004294 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
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Rnf40Q3U319 Ly75-202ENSMUST00000112533 6901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Cldn12-201ENSMUST00000060947 3597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Bckdhb-205ENSMUST00000190166 1398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Stra6-202ENSMUST00000085677 2725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Grhl2-201ENSMUST00000022895 4947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Dysf-216ENSMUST00000204987 6474 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Ankrd42-201ENSMUST00000056106 2788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Dysf-212ENSMUST00000203695 6504 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Arfgap1-204ENSMUST00000108861 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Cngb1-202ENSMUST00000119870 6189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Xpot-203ENSMUST00000218004 6005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Dmbt1-201ENSMUST00000084509 6243 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Zeb2-212ENSMUST00000176438 9124 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
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Rnf40Q3U319 Fn1-213ENSMUST00000188674 7680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Fn1-217ENSMUST00000190780 7694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Helq-201ENSMUST00000044684 3689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Smim1-213ENSMUST00000182151 5091 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Prune1-201ENSMUST00000015855 3140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Avpr2-201ENSMUST00000033765 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Telo2-202ENSMUST00000115181 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Itgal-202ENSMUST00000117762 5222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Trappc6a-202ENSMUST00000108455 651 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Crybb3-204ENSMUST00000119627 828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
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Rnf40Q3U319 Gm11201-201ENSMUST00000143473 701 ntTSL 3 BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Prss45-202ENSMUST00000146794 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Tex30-213ENSMUST00000156392 1122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Phf11b-201ENSMUST00000166121 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm25025-201ENSMUST00000175018 111 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Calhm3-201ENSMUST00000178630 1044 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm29011-201ENSMUST00000191059 712 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 4833421G17Rik-201ENSMUST00000191704 844 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 A830092H15Rik-202ENSMUST00000195446 649 ntTSL 3 BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Olfr886-ps1-201ENSMUST00000212395 708 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 AC153522.1-201ENSMUST00000220047 1090 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 AC164441.1-201ENSMUST00000221369 1004 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm5628-201ENSMUST00000222318 1049 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 AC158388.1-201ENSMUST00000225441 256 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Ramp3-201ENSMUST00000045374 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Sf3b6-201ENSMUST00000046207 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Tprkb-202ENSMUST00000089570 1216 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Gm15594-201ENSMUST00000137958 2215 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 D030068K23Rik-201ENSMUST00000180382 2617 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Fosb-201ENSMUST00000003640 3782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Ppp1r18-202ENSMUST00000122899 2743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Dctn2-201ENSMUST00000026479 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Tiparp-201ENSMUST00000047906 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Nfe2l1-211ENSMUST00000167149 4596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Rnf40Q3U319 Mlkl-202ENSMUST00000120432 1976 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
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