Protein–RNA interactions for Protein: Q9D5Y1

Ccdc39, Coiled-coil domain-containing protein 39, mousemouse

Predictions only

Length 937 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc39Q9D5Y1 Ssbp4-201ENSMUST00000049908 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Pgbd5-204ENSMUST00000140012 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Lypla2-201ENSMUST00000067567 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem120b-202ENSMUST00000111619 1256 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Copz2-201ENSMUST00000018816 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Nle1-201ENSMUST00000103213 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Slc1a5-201ENSMUST00000108496 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 P4ha3-201ENSMUST00000057023 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Dgat2-201ENSMUST00000033001 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Marc1-201ENSMUST00000048462 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Psip1-202ENSMUST00000107214 1973 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Gm17641-201ENSMUST00000166328 2350 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Carm1-201ENSMUST00000034703 3220 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Rps2-ps6-201ENSMUST00000095471 855 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Nfkbil1-201ENSMUST00000048994 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Ctage5-203ENSMUST00000170992 2785 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Usp21-203ENSMUST00000111306 2185 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Eif2b3-203ENSMUST00000106448 1555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Mid2-201ENSMUST00000112988 2525 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Ankrd13c-202ENSMUST00000164582 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Homer2-201ENSMUST00000026922 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Htra2-201ENSMUST00000089645 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Dhrs13os-201ENSMUST00000150471 2429 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Ppp1cc-202ENSMUST00000102528 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Fam89b-201ENSMUST00000099955 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Tk2-205ENSMUST00000212275 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Ndufs2-201ENSMUST00000013737 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Eml4-201ENSMUST00000049503 5109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Gpn2-202ENSMUST00000105899 996 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Gm17324-201ENSMUST00000165499 922 ntAPPRIS P1 BASIC24.91■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Gm46212-201ENSMUST00000220256 1003 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Trir-201ENSMUST00000047281 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem230-202ENSMUST00000110163 1551 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Abhd17b-201ENSMUST00000052556 2475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Rbm34-203ENSMUST00000212618 1509 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Ccdc88a-202ENSMUST00000109477 1716 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 A030005L19Rik-201ENSMUST00000220768 806 ntAPPRIS P1 BASIC24.9■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Tinagl1-203ENSMUST00000105999 1952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Ispd-204ENSMUST00000221452 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem120b-201ENSMUST00000067505 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Foxo6-201ENSMUST00000102656 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Emc10-201ENSMUST00000118515 1662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Gm22238-201ENSMUST00000175222 88 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
Ccdc39Q9D5Y1 Klc1-201ENSMUST00000084941 2504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Sh3rf3-202ENSMUST00000135526 1940 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Paqr3-203ENSMUST00000112969 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Adssl1-201ENSMUST00000021726 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Zcchc14-201ENSMUST00000046386 7444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Pfdn4-204ENSMUST00000109148 736 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Cep97-205ENSMUST00000121703 609 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Gm10685-201ENSMUST00000196120 433 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Hagh-201ENSMUST00000024974 1101 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Ooep-201ENSMUST00000034900 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Bcas2-201ENSMUST00000005830 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Slc15a4-201ENSMUST00000031367 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Txnrd2-212ENSMUST00000177856 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Rhou-201ENSMUST00000045487 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Pou6f1-202ENSMUST00000073837 4953 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Fam118b-201ENSMUST00000059057 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Smco4-203ENSMUST00000215907 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Hs6st3-201ENSMUST00000065904 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Klhl2-205ENSMUST00000210166 5126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Cdkl3-205ENSMUST00000109078 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Mapk15-201ENSMUST00000089669 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Nisch-201ENSMUST00000022469 5559 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Bean1-202ENSMUST00000164076 2423 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Dlx2-201ENSMUST00000024159 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Phactr2-202ENSMUST00000105543 2735 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 4930426I24Rik-202ENSMUST00000217797 1232 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Sucla2-201ENSMUST00000022706 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Efr3a-203ENSMUST00000172756 1411 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Kcna3-201ENSMUST00000052718 1902 ntAPPRIS P1 BASIC24.84■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Porcn-203ENSMUST00000089402 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Ggnbp2-202ENSMUST00000100686 2275 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Alkal2-201ENSMUST00000067087 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Eef1a2-201ENSMUST00000055990 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 1810010H24Rik-202ENSMUST00000140447 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Apcdd1-201ENSMUST00000096554 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Timm8a1-201ENSMUST00000054213 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Apaf1-205ENSMUST00000160788 1596 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Ing2-201ENSMUST00000080353 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Ccdc39Q9D5Y1 Brf1-201ENSMUST00000011302 2615 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 2010300C02Rik-203ENSMUST00000162875 4634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Rfng-201ENSMUST00000026156 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Smim19-202ENSMUST00000163774 1435 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Arf4-201ENSMUST00000022429 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Atp6v1f-201ENSMUST00000004396 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Scamp3-202ENSMUST00000098941 1338 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 March8-204ENSMUST00000123405 2102 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Klhl22-201ENSMUST00000117192 2754 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 C1ql2-201ENSMUST00000037286 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Nsmf-213ENSMUST00000140737 862 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 H2-Q2-201ENSMUST00000074806 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Irak1-202ENSMUST00000068286 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Timmdc1-201ENSMUST00000002925 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Yjefn3-202ENSMUST00000152938 785 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 AC116713.1-201ENSMUST00000215074 430 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Mad2l2-201ENSMUST00000030860 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Qtrt1-201ENSMUST00000002902 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Rcor3-206ENSMUST00000192491 1623 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.2 ms