Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Fam118b-201ENSMUST00000059057 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Ankra2-202ENSMUST00000091356 1949 ntTSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Tpm1-211ENSMUST00000113695 1607 ntTSL 3 BASIC35.04■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Rps2-201ENSMUST00000054289 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Olfm1-201ENSMUST00000028177 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Wrap73-201ENSMUST00000030895 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Bcl2l10-201ENSMUST00000034709 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13448-201ENSMUST00000143469 1847 ntTSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc88a-202ENSMUST00000109477 1716 ntTSL 2 BASIC35.03■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem230-202ENSMUST00000110163 1551 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.03■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Cox5b-204ENSMUST00000193210 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Wnt2-201ENSMUST00000010941 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.02■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Ctage5-211ENSMUST00000176322 2649 ntTSL 5 BASIC35.02■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd13c-202ENSMUST00000164582 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.02■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Mblac1-201ENSMUST00000057773 1308 ntAPPRIS P1 BASIC35.02■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Tsc22d1-203ENSMUST00000101618 1043 ntTSL 1 (best) BASIC35.02■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27454-201ENSMUST00000185090 204 ntBASIC35.02■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Krt72-201ENSMUST00000071104 1951 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.01■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Mapkapk3-208ENSMUST00000192054 944 ntTSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Mad2l2-201ENSMUST00000030860 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Arf4-201ENSMUST00000022429 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Purg-202ENSMUST00000078058 1795 ntTSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Ubtd1-201ENSMUST00000026170 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Llph-202ENSMUST00000130198 1463 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 B430218F22Rik-201ENSMUST00000181168 1495 ntAPPRIS P1 BASIC35■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Ispd-204ENSMUST00000221452 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Rfng-201ENSMUST00000026156 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxa9-202ENSMUST00000114425 851 ntTSL 2 BASIC34.99■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 4933406I18Rik-202ENSMUST00000163996 904 ntTSL 1 (best) BASIC34.99■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Fam96b-201ENSMUST00000093234 639 ntTSL 5 BASIC34.99■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Stmn4-202ENSMUST00000118426 1281 ntTSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Igfbp7-202ENSMUST00000163898 1200 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC34.98■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Tmed10-201ENSMUST00000040766 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14424-201ENSMUST00000143191 895 ntTSL 1 (best) BASIC34.97■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Rfxap-204ENSMUST00000217267 696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.97■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 C1qc-201ENSMUST00000046332 1203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.97■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Rbm34-203ENSMUST00000212618 1509 ntTSL 1 (best) BASIC34.97■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Kcna3-201ENSMUST00000052718 1902 ntAPPRIS P1 BASIC34.97■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Hes7-201ENSMUST00000024543 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10382-201ENSMUST00000100700 1233 ntAPPRIS P1 BASIC34.96■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Tusc3-202ENSMUST00000169034 1262 ntTSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 C1ql4-201ENSMUST00000064462 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Gtf2e2-202ENSMUST00000170705 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 4930444P10Rik-202ENSMUST00000145070 1844 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC34.95■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Knstrn-202ENSMUST00000110842 925 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.95■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35b2-207ENSMUST00000226086 850 ntBASIC34.95■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Proca1-201ENSMUST00000060539 960 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.95■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnip1-203ENSMUST00000109340 1840 ntTSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.19
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4553-202ENSMUST00000210925 1044 ntAPPRIS P5 BASIC34.93■■■■□ 3.18
Ccdc88bQ4QRL3 Ss18l2-201ENSMUST00000035113 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.93■■■■□ 3.18
Ccdc88bQ4QRL3 Becn1-217ENSMUST00000172233 1493 ntTSL 5 BASIC34.92■■■■□ 3.18
Ccdc88bQ4QRL3 Sdccag3-204ENSMUST00000114102 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.92■■■■□ 3.18
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem120b-201ENSMUST00000067505 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.92■■■■□ 3.18
Ccdc88bQ4QRL3 Btbd17-201ENSMUST00000000206 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.92■■■■□ 3.18
Ccdc88bQ4QRL3 Bex4-201ENSMUST00000116527 837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.92■■■■□ 3.18
Ccdc88bQ4QRL3 E130307A14Rik-202ENSMUST00000133302 438 ntTSL 5 BASIC34.92■■■■□ 3.18
Ccdc88bQ4QRL3 Pth2-202ENSMUST00000210086 481 ntTSL 2 BASIC34.92■■■■□ 3.18
Ccdc88bQ4QRL3 Triobp-201ENSMUST00000109687 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.92■■■■□ 3.18
Ccdc88bQ4QRL3 Txnrd2-212ENSMUST00000177856 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.92■■■■□ 3.18
Ccdc88bQ4QRL3 Slc25a38-201ENSMUST00000035106 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45417-201ENSMUST00000209533 758 ntBASIC34.9■■■■□ 3.18
Ccdc88bQ4QRL3 Alad-201ENSMUST00000030090 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.9■■■■□ 3.18
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp579-201ENSMUST00000108572 2157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.9■■■■□ 3.18
Ccdc88bQ4QRL3 Dleu2-203ENSMUST00000182259 1437 ntTSL 1 (best) BASIC34.9■■■■□ 3.18
Ccdc88bQ4QRL3 Appbp2os-202ENSMUST00000206972 447 ntBASIC34.89■■■■□ 3.18
Ccdc88bQ4QRL3 Eif5a-202ENSMUST00000070996 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.88■■■■□ 3.17
Ccdc88bQ4QRL3 Mef2a-203ENSMUST00000076325 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.88■■■■□ 3.17
Ccdc88bQ4QRL3 Pnrc1-201ENSMUST00000049357 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.87■■■■□ 3.17
Ccdc88bQ4QRL3 Hrh3-203ENSMUST00000164442 1242 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.87■■■■□ 3.17
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp618-201ENSMUST00000030043 1582 ntTSL 1 (best) BASIC34.87■■■■□ 3.17
Ccdc88bQ4QRL3 Kdm3b-204ENSMUST00000224715 2032 ntBASIC34.87■■■■□ 3.17
Ccdc88bQ4QRL3 Fam220a-205ENSMUST00000169329 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.86■■■■□ 3.17
Ccdc88bQ4QRL3 Aurkb-202ENSMUST00000108666 1831 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.86■■■■□ 3.17
Ccdc88bQ4QRL3 Setd4-201ENSMUST00000023669 1816 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.86■■■■□ 3.17
Ccdc88bQ4QRL3 Hyal2-201ENSMUST00000010191 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.85■■■■□ 3.17
Ccdc88bQ4QRL3 Ildr2-203ENSMUST00000192638 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.85■■■■□ 3.17
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem59-202ENSMUST00000106753 1148 ntTSL 5 BASIC34.84■■■■□ 3.17
Ccdc88bQ4QRL3 Krtap5-2-201ENSMUST00000067978 937 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.84■■■■□ 3.17
Ccdc88bQ4QRL3 Tinagl1-203ENSMUST00000105999 1952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.84■■■■□ 3.17
Ccdc88bQ4QRL3 AC138214.1-201ENSMUST00000223838 420 ntAPPRIS P1 BASIC34.84■■■■□ 3.17
Ccdc88bQ4QRL3 Ttc39b-201ENSMUST00000030205 842 ntTSL 1 (best) BASIC34.84■■■■□ 3.17
Ccdc88bQ4QRL3 Mapk15-201ENSMUST00000089669 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
Ccdc88bQ4QRL3 Stau2-203ENSMUST00000115359 1151 ntTSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20522-201ENSMUST00000173576 784 ntTSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
Ccdc88bQ4QRL3 9230116N13Rik-201ENSMUST00000181746 2097 ntTSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
Ccdc88bQ4QRL3 Cblc-202ENSMUST00000108449 1514 ntTSL 1 (best) BASIC34.82■■■■□ 3.16
Ccdc88bQ4QRL3 D630002J18Rik-201ENSMUST00000181854 1115 ntBASIC34.82■■■■□ 3.16
Ccdc88bQ4QRL3 Hyi-205ENSMUST00000194248 936 ntTSL 1 (best) BASIC34.82■■■■□ 3.16
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14205-201ENSMUST00000138427 739 ntTSL 3 BASIC34.81■■■■□ 3.16
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl16-201ENSMUST00000167199 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
Ccdc88bQ4QRL3 Bean1-202ENSMUST00000164076 2423 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
Ccdc88bQ4QRL3 AC153962.1-201ENSMUST00000218530 1948 ntBASIC34.8■■■■□ 3.16
Ccdc88bQ4QRL3 Psmg4-202ENSMUST00000147632 555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.8■■■■□ 3.16
Ccdc88bQ4QRL3 Rps19bp1-201ENSMUST00000052499 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.8■■■■□ 3.16
Ccdc88bQ4QRL3 Uap1-203ENSMUST00000111351 2287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.8■■■■□ 3.16
Ccdc88bQ4QRL3 Sh3rf3-202ENSMUST00000135526 1940 ntTSL 1 (best) BASIC34.79■■■■□ 3.16
Ccdc88bQ4QRL3 Rcor3-206ENSMUST00000192491 1623 ntTSL 1 (best) BASIC34.79■■■■□ 3.16
Ccdc88bQ4QRL3 Lypla2-201ENSMUST00000067567 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.79■■■■□ 3.16
Ccdc88bQ4QRL3 Irak1-207ENSMUST00000114360 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.8 ms