Protein–RNA interactions for Protein: Q3TIX9

Usp39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, mousemouse

Predictions only

Length 564 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp39Q3TIX9 Lin7b-201ENSMUST00000003971 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 4930500M09Rik-202ENSMUST00000194988 1563 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Rbm34-203ENSMUST00000212618 1509 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Foxe1-201ENSMUST00000095097 2804 ntAPPRIS P1 BASIC20.31■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Gm3558-201ENSMUST00000163790 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Rab26-201ENSMUST00000035797 1575 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Kcnmb4os2-203ENSMUST00000127070 1048 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Ppia-202ENSMUST00000132846 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Hpf1-204ENSMUST00000146863 531 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Maf1-201ENSMUST00000023212 1686 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Whrn-208ENSMUST00000119294 2632 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Prdm13-201ENSMUST00000076206 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Mpnd-208ENSMUST00000159996 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Hopx-203ENSMUST00000120827 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Dbp-203ENSMUST00000211357 1252 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Myo1b-202ENSMUST00000046390 5052 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Aebp2-203ENSMUST00000095350 2575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Msto1-201ENSMUST00000107494 2093 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Retreg2-208ENSMUST00000190240 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Lyar-201ENSMUST00000087514 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Tmem45b-201ENSMUST00000048050 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Mbnl3-203ENSMUST00000114876 2243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Srsf12-201ENSMUST00000067864 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Fam96b-203ENSMUST00000164884 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Gm20109-201ENSMUST00000180802 671 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Sec24d-208ENSMUST00000200333 307 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Nsd1-206ENSMUST00000224918 1001 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Adssl1-201ENSMUST00000021726 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Dleu7-201ENSMUST00000063169 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Ctsz-201ENSMUST00000016400 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Kif27-203ENSMUST00000225388 5121 ntAPPRIS P1 BASIC20.28■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Bbc3-201ENSMUST00000002152 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 H1fx-201ENSMUST00000056403 1217 ntAPPRIS P1 BASIC20.28■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Sh2d4b-202ENSMUST00000096000 1597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Senp6-201ENSMUST00000037484 5111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Pcmtd1-201ENSMUST00000061280 5232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Jak2-201ENSMUST00000025705 4947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Tfg-201ENSMUST00000065515 1945 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Zfp579-201ENSMUST00000108572 2157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Gm15334-201ENSMUST00000131421 325 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Lsm4-201ENSMUST00000034311 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Cnnm1-202ENSMUST00000223787 2931 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Tm9sf3-201ENSMUST00000025989 6144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Neo1-202ENSMUST00000214547 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Usp39Q3TIX9 Mecp2-201ENSMUST00000033770 1739 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Map3k21-201ENSMUST00000034316 5693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Kcnip2-202ENSMUST00000079431 2302 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Nrxn2-208ENSMUST00000137166 6314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Fam89b-203ENSMUST00000161368 1160 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Dhrs11-201ENSMUST00000047560 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Rsrc1-202ENSMUST00000065047 2736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Msx3-202ENSMUST00000172775 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Bag1-203ENSMUST00000191273 1348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Kctd20-201ENSMUST00000057174 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Kalrn-208ENSMUST00000114961 6128 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Mpnd-204ENSMUST00000149441 1701 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Mrpl48-207ENSMUST00000146003 1625 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Fam118b-201ENSMUST00000059057 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Snrnp40-201ENSMUST00000105994 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Fam92a-208ENSMUST00000177837 1325 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Oser1-201ENSMUST00000046908 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Slc9a7-202ENSMUST00000115393 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Slc22a17-208ENSMUST00000228119 2348 ntAPPRIS P1 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Tmem132b-201ENSMUST00000031446 7995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Ttc39c-201ENSMUST00000025294 2571 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Mau2-206ENSMUST00000212451 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Arhgap9-204ENSMUST00000219511 2217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Stmn4-204ENSMUST00000121955 1361 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Gm15039-201ENSMUST00000118914 875 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 H2-Q5-202ENSMUST00000172979 998 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Amn-201ENSMUST00000021707 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Fam20b-202ENSMUST00000122424 4532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Ndufs2-201ENSMUST00000013737 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Col23a1-201ENSMUST00000102765 5658 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Spsb3-209ENSMUST00000168265 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Otud3-201ENSMUST00000097830 1668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Ankrd54-201ENSMUST00000040676 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Gm15546-201ENSMUST00000122095 826 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Barhl1-202ENSMUST00000113847 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Zfp36l1-202ENSMUST00000165114 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Gfi1-202ENSMUST00000065478 2639 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Dynlrb1-204ENSMUST00000150602 788 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Tmem127-202ENSMUST00000174288 842 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Foxe3-201ENSMUST00000050940 867 ntAPPRIS P1 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 A230052G05Rik-201ENSMUST00000050921 2302 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
Usp39Q3TIX9 Pex7-203ENSMUST00000166511 1047 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Usp39Q3TIX9 Neurl1b-202ENSMUST00000182897 1231 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Usp39Q3TIX9 Vstm4-201ENSMUST00000053175 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Usp39Q3TIX9 Exosc8-201ENSMUST00000029316 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Usp39Q3TIX9 Ankrd13c-202ENSMUST00000164582 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Usp39Q3TIX9 Ugp2-201ENSMUST00000060895 2044 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Usp39Q3TIX9 Gm43403-201ENSMUST00000198011 1786 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
Usp39Q3TIX9 AC161180.1-201ENSMUST00000223439 933 ntAPPRIS P1 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Usp39Q3TIX9 Tm2d2-201ENSMUST00000033961 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Usp39Q3TIX9 5031439G07Rik-201ENSMUST00000047144 6845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Usp39Q3TIX9 Dedd-204ENSMUST00000111300 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Usp39Q3TIX9 Kif1bp-202ENSMUST00000159704 2622 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Usp39Q3TIX9 Phf12-202ENSMUST00000108360 3047 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Usp39Q3TIX9 Gm45095-201ENSMUST00000206736 254 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
Usp39Q3TIX9 Trappc6b-207ENSMUST00000218686 785 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.5 ms