Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Uba3-201ENSMUST00000089287 2257 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Clic6-201ENSMUST00000023670 3758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Zkscan7-202ENSMUST00000215872 4035 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Prss36-201ENSMUST00000094026 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Parp16-202ENSMUST00000213396 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Spcs2-201ENSMUST00000036274 2909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Kifc3-202ENSMUST00000169353 2898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Otop3-202ENSMUST00000106543 2369 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Ackr4-202ENSMUST00000076147 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Dlst-201ENSMUST00000053811 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Stpg3-201ENSMUST00000043774 1430 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Caln1-201ENSMUST00000086029 1801 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Fbxo10-201ENSMUST00000052236 4635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Klk1b16-201ENSMUST00000005933 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Spata21-201ENSMUST00000051907 2526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Gm37861-201ENSMUST00000193534 2869 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Arhgef40-204ENSMUST00000182061 4756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Igf2-204ENSMUST00000105936 3970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Spats2l-203ENSMUST00000164302 2088 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Pfkfb3-213ENSMUST00000171188 2058 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Olfr533-206ENSMUST00000217179 2825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Mfsd4b4-202ENSMUST00000178563 3523 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Ccdc126-202ENSMUST00000114491 2372 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Pom121l12-201ENSMUST00000117584 1039 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Gm14208-201ENSMUST00000119645 678 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Gm13388-201ENSMUST00000126659 425 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Endov-204ENSMUST00000129327 1184 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Glmp-201ENSMUST00000001454 1017 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Gm7003-201ENSMUST00000195089 312 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Rassf4-202ENSMUST00000203029 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Caly-203ENSMUST00000211044 1029 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Rassf5-205ENSMUST00000212202 958 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Gm32141-201ENSMUST00000220189 488 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Rpl18-201ENSMUST00000072503 679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Eef1d-203ENSMUST00000089680 973 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Rai1-201ENSMUST00000064190 7348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Nek1-202ENSMUST00000120689 5478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Fbxo3-201ENSMUST00000028603 4740 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Slc25a45-202ENSMUST00000125114 2599 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Tmc6-201ENSMUST00000026659 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Slc16a6-202ENSMUST00000070152 4219 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Naa30-201ENSMUST00000037362 4464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Parp16-201ENSMUST00000069000 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Doc2b-201ENSMUST00000021209 4361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Rhox9-202ENSMUST00000170643 2422 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 5830432E09Rik-203ENSMUST00000210953 2428 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Zbtb17-201ENSMUST00000006377 2722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Alppl2-202ENSMUST00000188310 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Baiap2l1-201ENSMUST00000055190 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Dnaaf1-201ENSMUST00000093100 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Cpped1-201ENSMUST00000073371 1922 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Pax6-202ENSMUST00000090397 3069 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Kdelr1-201ENSMUST00000002855 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Fam71e1-201ENSMUST00000107927 862 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Fam110a-202ENSMUST00000109863 1284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Retn-201ENSMUST00000012849 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 1810063I02Rik-201ENSMUST00000130205 274 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Sncb-202ENSMUST00000134110 722 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Swi5-207ENSMUST00000183946 768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Pfn1-201ENSMUST00000018437 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Gstp-ps-201ENSMUST00000195526 631 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Gm43050-201ENSMUST00000201062 338 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Gm44262-201ENSMUST00000204969 372 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Gm8913-201ENSMUST00000209491 641 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 4930578M07Rik-202ENSMUST00000212946 552 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Prr13-201ENSMUST00000023810 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 A230072I06Rik-201ENSMUST00000098935 1839 ntAPPRIS P1 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Abcg5-201ENSMUST00000066175 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Lman2-201ENSMUST00000021940 4315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Rab11a-208ENSMUST00000172298 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Drg2-201ENSMUST00000018568 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Sox1ot-202ENSMUST00000186174 7420 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Samd14-201ENSMUST00000055947 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Flcn-202ENSMUST00000091246 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Twf1-201ENSMUST00000023087 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Nkx6-3-201ENSMUST00000071588 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Tk1-201ENSMUST00000026661 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 H2-T10-202ENSMUST00000174382 1699 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Pak4-201ENSMUST00000032823 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 B3galnt2-201ENSMUST00000099747 3892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Adamtsl4-202ENSMUST00000117782 4036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Gm11596-201ENSMUST00000105058 1079 ntAPPRIS P1 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Gm13832-202ENSMUST00000151159 370 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Rn7s1-201ENSMUST00000174924 300 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Rn7s2-201ENSMUST00000175032 300 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Gm26461-201ENSMUST00000175064 290 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Gm27341-201ENSMUST00000183570 106 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Gm29856-201ENSMUST00000191905 1257 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Gm37666-201ENSMUST00000194110 866 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Gm18212-201ENSMUST00000211678 889 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Gm5363-201ENSMUST00000211927 938 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Gm31224-201ENSMUST00000212682 513 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Mt2-202ENSMUST00000212806 388 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 AC110091.1-201ENSMUST00000216004 691 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Gm3898-202ENSMUST00000216905 328 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Cdc34-208ENSMUST00000219791 799 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Lrmda-201ENSMUST00000075639 908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Oxct1-205ENSMUST00000138927 1743 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Trim28Q62318 Lrp8os2-204ENSMUST00000188737 3078 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
Trim28Q62318 Sh3gl3-206ENSMUST00000179318 1489 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 46.4 ms