Protein–RNA interactions for Protein: Q3ULL6

Upf3b, UPF3 regulator of nonsense transcripts homolog B (yeast), mousemouse

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf3bQ3ULL6 Btbd19-209ENSMUST00000183310 1620 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Rcor3-206ENSMUST00000192491 1623 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Gm11847-201ENSMUST00000125165 1119 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Tmem160-201ENSMUST00000019302 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Hnrnpa3-201ENSMUST00000090792 1140 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 A830035O19Rik-201ENSMUST00000216147 1898 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Prpsap2-204ENSMUST00000168115 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Ccdc88a-202ENSMUST00000109477 1716 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 4930524J08Rik-201ENSMUST00000046721 603 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Mpzl1-201ENSMUST00000068705 2171 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Ppp5c-201ENSMUST00000003183 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Eif2b3-203ENSMUST00000106448 1555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Pitx2-202ENSMUST00000042587 2271 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Smox-207ENSMUST00000110186 2170 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 March2-203ENSMUST00000172767 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Mbp-208ENSMUST00000114676 1685 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Gm10653-201ENSMUST00000132250 1232 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Gm10653-203ENSMUST00000156423 1232 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Txnrd2-212ENSMUST00000177856 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Rbm34-203ENSMUST00000212618 1509 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Gm20387-201ENSMUST00000173609 1783 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Tmem74b-201ENSMUST00000060196 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 E130307A14Rik-201ENSMUST00000129191 2011 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Fam98c-209ENSMUST00000164589 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Grm2-203ENSMUST00000201681 2111 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Pou6f1-202ENSMUST00000073837 4953 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Gm26617-201ENSMUST00000180381 4429 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Sugct-201ENSMUST00000068545 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Lipt2-201ENSMUST00000032967 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Gabbr1-209ENSMUST00000174456 1595 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Nckap1-201ENSMUST00000028386 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Upf3bQ3ULL6 Gm16464-201ENSMUST00000117815 1095 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Eif5a-213ENSMUST00000164359 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 H2-Q5-202ENSMUST00000172979 998 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Gm28040-202ENSMUST00000184603 890 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Pmvk-201ENSMUST00000029564 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Pth2-201ENSMUST00000042754 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Rpl34-201ENSMUST00000062601 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Cited4-201ENSMUST00000094814 1249 ntAPPRIS P1 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Agps-202ENSMUST00000111952 2589 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Pus1-202ENSMUST00000031483 1814 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Slc35e2-203ENSMUST00000118607 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Gm45869-201ENSMUST00000210335 1704 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Efna3-203ENSMUST00000200436 742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Srcap-202ENSMUST00000098025 1257 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Dcaf15-201ENSMUST00000041367 2312 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 1810026B05Rik-203ENSMUST00000184587 5738 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Ndufs2-201ENSMUST00000013737 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Sec24d-208ENSMUST00000200333 307 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Hif1a-203ENSMUST00000110464 1759 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Klhl2-205ENSMUST00000210166 5126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Rtca-201ENSMUST00000000348 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Notum-202ENSMUST00000106177 2212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Ubac1-201ENSMUST00000036509 1852 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Hrh3-205ENSMUST00000165762 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Nisch-201ENSMUST00000022469 5559 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Rfng-201ENSMUST00000026156 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Auh-204ENSMUST00000120535 1647 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Tcea2-201ENSMUST00000103042 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Ankrd13c-202ENSMUST00000164582 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Gm45371-201ENSMUST00000210723 459 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Tbc1d24-201ENSMUST00000024931 4894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Ears2-201ENSMUST00000033159 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Gm5812-201ENSMUST00000061073 957 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Ppp1r12c-201ENSMUST00000013886 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Gm8093-201ENSMUST00000128935 1892 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Klf2-201ENSMUST00000067912 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Rab24-201ENSMUST00000035242 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Klf1-201ENSMUST00000067060 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Txnrd2-213ENSMUST00000178093 1785 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Adssl1-201ENSMUST00000021726 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Mfsd4b2-201ENSMUST00000045526 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Zcchc14-201ENSMUST00000046386 7444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Hand2-201ENSMUST00000040104 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Tmem230-202ENSMUST00000110163 1551 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Gm26766-202ENSMUST00000227544 2347 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Mrgbp-201ENSMUST00000029085 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Phf2os1-201ENSMUST00000123212 498 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 1700051O22Rik-202ENSMUST00000195451 638 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 C1qtnf5-204ENSMUST00000114821 1365 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Cgrrf1-201ENSMUST00000068532 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Fip1l1-202ENSMUST00000113534 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Cebpa-202ENSMUST00000205391 2161 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 A930002H24Rik-201ENSMUST00000050753 492 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 4930444P10Rik-202ENSMUST00000145070 1844 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
Upf3bQ3ULL6 Pim3-201ENSMUST00000042818 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
Upf3bQ3ULL6 Fam118b-201ENSMUST00000059057 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
Upf3bQ3ULL6 Arf4-201ENSMUST00000022429 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Upf3bQ3ULL6 Prpsap2-201ENSMUST00000004955 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Upf3bQ3ULL6 Gm9767-201ENSMUST00000041011 1193 ntAPPRIS P1 BASIC22.57■■□□□ 1.2
Upf3bQ3ULL6 Gm10232-201ENSMUST00000089221 720 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
Upf3bQ3ULL6 Tmem238-201ENSMUST00000168578 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Upf3bQ3ULL6 Inafm2-201ENSMUST00000149978 3053 ntAPPRIS P1 BASIC22.57■■□□□ 1.2
Upf3bQ3ULL6 Dmtn-209ENSMUST00000228295 2572 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
Upf3bQ3ULL6 Trim9-208ENSMUST00000221370 2393 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Upf3bQ3ULL6 Spire2-201ENSMUST00000010298 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Upf3bQ3ULL6 Stk32c-201ENSMUST00000016125 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Upf3bQ3ULL6 Kti12-201ENSMUST00000102738 1629 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
Upf3bQ3ULL6 Ntsr2-201ENSMUST00000111064 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.6 ms