Protein–RNA interactions for Protein: Q3ULJ3

Upf3a, MCG3697, isoform CRA_c, mousemouse

Predictions only

Length 422 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf3aQ3ULJ3 D630002J18Rik-201ENSMUST00000181854 1115 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
Upf3aQ3ULJ3 Ttc39b-201ENSMUST00000030205 842 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Upf3aQ3ULJ3 Porcn-203ENSMUST00000089402 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Upf3aQ3ULJ3 P2rx2-202ENSMUST00000112478 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Upf3aQ3ULJ3 Ptx3-201ENSMUST00000029421 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Upf3aQ3ULJ3 Vamp4-204ENSMUST00000135241 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Upf3aQ3ULJ3 Prr3-201ENSMUST00000055454 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Upf3aQ3ULJ3 Tmem59-202ENSMUST00000106753 1148 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
Upf3aQ3ULJ3 Kiss1-203ENSMUST00000193888 624 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
Upf3aQ3ULJ3 Acot3-202ENSMUST00000120927 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Upf3aQ3ULJ3 Gm960-204ENSMUST00000225896 2202 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
Upf3aQ3ULJ3 Hoxa9-202ENSMUST00000114425 851 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
Upf3aQ3ULJ3 Rfxap-204ENSMUST00000217267 696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Upf3aQ3ULJ3 Fam220a-206ENSMUST00000196487 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Upf3aQ3ULJ3 AC153890.1-201ENSMUST00000220021 2469 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
Upf3aQ3ULJ3 Rell2-201ENSMUST00000070709 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Upf3aQ3ULJ3 Timmdc1-201ENSMUST00000002925 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Upf3aQ3ULJ3 Gm14424-201ENSMUST00000143191 895 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Upf3aQ3ULJ3 Txnrd2-213ENSMUST00000178093 1785 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Upf3aQ3ULJ3 Ccnl2-201ENSMUST00000030944 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Upf3aQ3ULJ3 Mettl9-201ENSMUST00000033163 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Upf3aQ3ULJ3 Htra2-202ENSMUST00000113962 1305 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
Upf3aQ3ULJ3 Rem1-201ENSMUST00000000369 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Upf3aQ3ULJ3 Capza2-201ENSMUST00000015877 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Upf3aQ3ULJ3 Atf5-201ENSMUST00000047356 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
Upf3aQ3ULJ3 Gm13620-201ENSMUST00000131198 511 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 D130020L05Rik-203ENSMUST00000221044 803 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 Mmadhc-201ENSMUST00000102769 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 Snrnp40-201ENSMUST00000105994 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 Tsen34-202ENSMUST00000108627 1319 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 1700016H13Rik-205ENSMUST00000134926 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 9530036O11Rik-201ENSMUST00000180878 876 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 AC116713.1-201ENSMUST00000215074 430 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 Ss18l2-201ENSMUST00000035113 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 Bex4-201ENSMUST00000116527 837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 Krtap5-2-201ENSMUST00000067978 937 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 Bag1-204ENSMUST00000215842 1068 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 1810010H24Rik-202ENSMUST00000140447 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 Pstpip1-201ENSMUST00000059206 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 Lrrfip2-205ENSMUST00000196981 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 Jagn1-201ENSMUST00000101070 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 Knstrn-202ENSMUST00000110842 925 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 Mrpl16-201ENSMUST00000167199 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 Gm20522-201ENSMUST00000173576 784 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 Kcnk15-201ENSMUST00000044798 1199 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 C1ql4-201ENSMUST00000064462 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 6330562C20Rik-201ENSMUST00000098867 784 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 Srsf2-201ENSMUST00000092404 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 N4bp2os-203ENSMUST00000202673 699 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 Ikzf1-202ENSMUST00000048122 911 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 Ptbp3-208ENSMUST00000172768 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 Flot2-201ENSMUST00000072289 2621 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 Pom121-201ENSMUST00000111171 5580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 Tmem230-201ENSMUST00000028816 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Upf3aQ3ULJ3 Ppp1r18os-201ENSMUST00000145804 784 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 1700064M15Rik-201ENSMUST00000185726 645 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 AC158990.1-201ENSMUST00000221450 2016 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Gm13001-201ENSMUST00000154285 774 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Taf11-202ENSMUST00000114848 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Ccnh-201ENSMUST00000022030 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Dleu2-211ENSMUST00000183066 788 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Cep68-202ENSMUST00000109596 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Emc10-202ENSMUST00000118808 1872 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Cdv3-ps-201ENSMUST00000169632 827 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Rps2-ps10-202ENSMUST00000170335 965 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Gm9207-201ENSMUST00000198773 1115 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Rps19bp1-201ENSMUST00000052499 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Zfp618-201ENSMUST00000030043 1582 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Arhgdia-201ENSMUST00000067936 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Evl-202ENSMUST00000077735 2121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Pdcd5-201ENSMUST00000118501 684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 C1qc-201ENSMUST00000046332 1203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Clk2-202ENSMUST00000121212 2154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Rab26-201ENSMUST00000035797 1575 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Hrh3-203ENSMUST00000164442 1242 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Pet117-201ENSMUST00000183618 693 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 0610039K10Rik-202ENSMUST00000184724 952 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Gm4553-202ENSMUST00000210925 1044 ntAPPRIS P5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 AC138214.1-201ENSMUST00000223838 420 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Gm9870-201ENSMUST00000063874 645 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Tpm1-211ENSMUST00000113695 1607 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Ier3ip1-201ENSMUST00000026487 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Pithd1-201ENSMUST00000105851 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Pon2-201ENSMUST00000057792 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Mthfd2l-201ENSMUST00000071652 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Rnf44-208ENSMUST00000128257 1689 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Eva1b-201ENSMUST00000052876 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Psip1-202ENSMUST00000107214 1973 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Pnrc1-201ENSMUST00000049357 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Tsc22d1-203ENSMUST00000101618 1043 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Upf3aQ3ULJ3 Tmed10-201ENSMUST00000040766 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Cept1-203ENSMUST00000121231 2121 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Rcc1l-201ENSMUST00000076228 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Tarbp2-201ENSMUST00000023813 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Ubtd1-201ENSMUST00000026170 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.8 ms