Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Dtnb-210ENSMUST00000173199 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Plk5-201ENSMUST00000039836 2112 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Nrbp2-208ENSMUST00000228366 1863 ntAPPRIS P1 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Efcc1-201ENSMUST00000032132 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Ankrd54-201ENSMUST00000040676 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Gpr160-204ENSMUST00000108261 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Capns1-203ENSMUST00000126116 1429 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Ssx2ip-203ENSMUST00000106151 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Rell2-211ENSMUST00000176902 1835 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Prdm13-202ENSMUST00000095141 3173 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Mbd3-203ENSMUST00000105348 1222 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Cbr3-201ENSMUST00000039620 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Nab2-201ENSMUST00000026469 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Gm12818-201ENSMUST00000117562 1349 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Spry1-203ENSMUST00000108109 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Spry1-201ENSMUST00000038569 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Thap4-206ENSMUST00000190116 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Macrod2-206ENSMUST00000110064 4883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Kcng2-201ENSMUST00000077962 2813 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Hscb-201ENSMUST00000056937 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Dcbld2-201ENSMUST00000046663 6561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Yy1-201ENSMUST00000021692 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Zcchc2-201ENSMUST00000118196 5796 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Kctd2-202ENSMUST00000106533 2649 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Cept1-203ENSMUST00000121231 2121 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Msc-201ENSMUST00000027062 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 A830092H15Rik-201ENSMUST00000099182 1229 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Kcnn2-203ENSMUST00000169783 1625 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Cmas-201ENSMUST00000032419 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Chrna7-201ENSMUST00000032738 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Nkx2-2-201ENSMUST00000067075 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Dirc2-201ENSMUST00000023554 5395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Zdhhc5-201ENSMUST00000035840 4706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Msrb1-201ENSMUST00000101800 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Gm14523-201ENSMUST00000117260 558 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Gpr25-201ENSMUST00000086395 1077 ntAPPRIS P1 BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Eml2-202ENSMUST00000117338 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Hook1-202ENSMUST00000107083 1506 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Pawr-201ENSMUST00000095313 1745 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Nle1-201ENSMUST00000103213 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Msx3-202ENSMUST00000172775 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Cacna2d2-205ENSMUST00000168532 5807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Smad4-201ENSMUST00000025393 3384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Hyal2-201ENSMUST00000010191 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Azin2-203ENSMUST00000119354 1921 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Rfng-201ENSMUST00000026156 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Faap24-201ENSMUST00000032704 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Mcoln1-201ENSMUST00000004683 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Galr2-201ENSMUST00000055872 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Dynll2-201ENSMUST00000020775 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Rasgrf2-206ENSMUST00000216219 2115 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Inafm1-201ENSMUST00000169612 1605 ntAPPRIS P1 BASIC20.39■□□□□ 0.86
Col28a1Q2UY11 Tab2-204ENSMUST00000146444 4380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 4930426D05Rik-204ENSMUST00000144487 1393 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Whrn-208ENSMUST00000119294 2632 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Cox11-201ENSMUST00000020851 1224 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Wnt5b-204ENSMUST00000178696 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Kctd9-201ENSMUST00000078053 3157 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Strn3-201ENSMUST00000013130 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Zfp523-201ENSMUST00000002318 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Qk-201ENSMUST00000042296 6718 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Dusp22-201ENSMUST00000091672 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Puf60-202ENSMUST00000100527 1878 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 4933408J17Rik-201ENSMUST00000181835 1859 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Klf2-201ENSMUST00000067912 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Nab2-202ENSMUST00000099157 2311 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Cldnd1-204ENSMUST00000162057 1540 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Gorasp2-201ENSMUST00000028509 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Homer1-206ENSMUST00000109493 2580 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Glrx5-201ENSMUST00000021522 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Emc8-208ENSMUST00000181950 747 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 A530095I07Rik-201ENSMUST00000070942 847 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Hsd11b2-201ENSMUST00000034363 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Ccdc61-201ENSMUST00000098780 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Pink1-203ENSMUST00000105817 1711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Macrod2-207ENSMUST00000110067 4730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Krt8-201ENSMUST00000023952 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Vamp4-206ENSMUST00000150040 901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Krtap28-10-201ENSMUST00000188323 957 ntAPPRIS P1 BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Maf1-201ENSMUST00000023212 1686 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Jak2-202ENSMUST00000065796 5030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Ppp2r5a-201ENSMUST00000067976 3088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Irx5-202ENSMUST00000210246 2550 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Sirt1-203ENSMUST00000120239 4430 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Ubl3-201ENSMUST00000079324 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Gm9833-201ENSMUST00000061419 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Snapin-203ENSMUST00000149884 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Slc50a1-201ENSMUST00000029565 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Prrx2-201ENSMUST00000041659 1441 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Socs2-201ENSMUST00000020215 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Set-201ENSMUST00000067996 2834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Arf4-201ENSMUST00000022429 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Ethe1-201ENSMUST00000077191 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Usf1-210ENSMUST00000167546 1822 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Cys1-208ENSMUST00000189849 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Pdlim4-201ENSMUST00000018755 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Kiss1-201ENSMUST00000007433 779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
Col28a1Q2UY11 Arpc2-201ENSMUST00000006467 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Col28a1Q2UY11 Aif1l-201ENSMUST00000001920 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Col28a1Q2UY11 Txnrd2-212ENSMUST00000177856 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29 ms