Protein–RNA interactions for Protein: P97436

Nkx3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, mousemouse

Predictions only

Length 237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nkx3-1P97436 Ankrd11-207ENSMUST00000212937 943 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Nkx3-1P97436 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Nkx3-1P97436 Rab3il1-202ENSMUST00000117641 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Nkx3-1P97436 Txnrd2-214ENSMUST00000205679 1866 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Nkx3-1P97436 Srm-201ENSMUST00000006611 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Nkx3-1P97436 Clta-205ENSMUST00000107851 1135 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
Nkx3-1P97436 Tusc3-202ENSMUST00000169034 1262 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Nkx3-1P97436 Htra2-201ENSMUST00000089645 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Nkx3-1P97436 Letm2-209ENSMUST00000210810 1538 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Nkx3-1P97436 Tpm1-206ENSMUST00000113686 998 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 2900079G21Rik-201ENSMUST00000139552 1139 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Nsmf-213ENSMUST00000140737 862 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Snrpa1-206ENSMUST00000153609 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Pbx1-201ENSMUST00000064438 1020 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Agap3-201ENSMUST00000024123 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Nisch-201ENSMUST00000022469 5559 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Klhl2-205ENSMUST00000210166 5126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Pou6f1-202ENSMUST00000073837 4953 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Gm9780-202ENSMUST00000184915 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 H2afy-201ENSMUST00000016081 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Slc36a1-201ENSMUST00000020499 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Frmd4a-201ENSMUST00000075767 6761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Fnta-201ENSMUST00000016138 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 5930403N24Rik-204ENSMUST00000217338 337 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Bcl2l10-201ENSMUST00000034709 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Ntsr2-201ENSMUST00000111064 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Tcte2-210ENSMUST00000148430 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 H1f0-201ENSMUST00000180086 2287 ntAPPRIS P1 BASIC18.32■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Capza2-201ENSMUST00000015877 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Zc3h8-201ENSMUST00000028866 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Ccnl2-201ENSMUST00000030944 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Rem2-201ENSMUST00000164697 1194 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Mapkapk3-208ENSMUST00000192054 944 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Appbp2os-202ENSMUST00000206972 447 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Kcnc3-201ENSMUST00000107906 5062 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Cacna2d2-205ENSMUST00000168532 5807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Ski-201ENSMUST00000030917 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Smim19-201ENSMUST00000033935 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 E130311K13Rik-201ENSMUST00000061706 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 4933431K14Rik-201ENSMUST00000195799 1352 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Ppp1r12b-203ENSMUST00000112163 828 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 1110065P20Rik-206ENSMUST00000185036 1223 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Endod1-203ENSMUST00000214236 419 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Sdsl-202ENSMUST00000052258 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 G630030J09Rik-201ENSMUST00000181958 2135 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Pink1-203ENSMUST00000105817 1711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Gm20548-204ENSMUST00000174528 791 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Tcte2-201ENSMUST00000053376 1105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Btbd6-201ENSMUST00000002880 2057 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Gnas-206ENSMUST00000109084 1695 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Lipt2-201ENSMUST00000032967 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Bean1-205ENSMUST00000212979 2131 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Ooep-201ENSMUST00000034900 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Usp12-201ENSMUST00000085614 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Eml4-202ENSMUST00000096766 5445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Zfp346-202ENSMUST00000159147 1146 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Sumf1-206ENSMUST00000172188 723 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Tor2a-208ENSMUST00000177382 396 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 A930032L01Rik-201ENSMUST00000195845 957 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Pou3f3-201ENSMUST00000054883 7409 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Lrrc75a-201ENSMUST00000057194 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 4930526A20Rik-202ENSMUST00000142461 1628 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Psmd11-214ENSMUST00000173938 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Tshz1-201ENSMUST00000060303 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Gm12821-201ENSMUST00000120022 600 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Alad-201ENSMUST00000030090 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Morn4-201ENSMUST00000051772 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Mapk1-201ENSMUST00000023462 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Nkx3-1P97436 Henmt1-201ENSMUST00000059946 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 Nfkbil1-201ENSMUST00000048994 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 D030056L22Rik-202ENSMUST00000062753 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 4933406I18Rik-202ENSMUST00000163996 904 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 Sox8-202ENSMUST00000173447 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 Golgb1-201ENSMUST00000023534 498 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 H2-Q2-201ENSMUST00000074806 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 Ppp4r2-201ENSMUST00000063854 4874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 Mecp2-201ENSMUST00000033770 1739 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 Gm16286-201ENSMUST00000025463 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 Gprc5b-204ENSMUST00000208394 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 Tk2-205ENSMUST00000212275 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 Alkal2-201ENSMUST00000067087 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 Zfp963-202ENSMUST00000154063 640 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 Cox5b-204ENSMUST00000193210 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 Kmt5b-201ENSMUST00000005518 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 Dgcr6-201ENSMUST00000066027 1050 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 Foxd2-201ENSMUST00000068654 2592 ntAPPRIS P1 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 Tusc2-201ENSMUST00000010198 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 Mtf2-202ENSMUST00000112626 1968 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 Smim19-202ENSMUST00000163774 1435 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 Flot2-201ENSMUST00000072289 2621 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 Arl5a-201ENSMUST00000036541 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 Stard4-203ENSMUST00000119991 941 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 4930439D14Rik-201ENSMUST00000186765 359 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 1700051O22Rik-202ENSMUST00000195451 638 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 Rps2-201ENSMUST00000054289 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 Klhdc10-202ENSMUST00000068259 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 Acot3-202ENSMUST00000120927 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Nkx3-1P97436 Ptx3-201ENSMUST00000029421 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.2 ms