Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Gm9833-201ENSMUST00000061419 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Map3k15-201ENSMUST00000033665 4348 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Ppp2r3d-202ENSMUST00000180270 450 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Id3-201ENSMUST00000008016 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Ddrgk1-201ENSMUST00000089559 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Pdp1-204ENSMUST00000108299 2588 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Eml4-201ENSMUST00000049503 5109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Krt8-201ENSMUST00000023952 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Ppp2r5a-201ENSMUST00000067976 3088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Gbx2-201ENSMUST00000036954 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Dyrk2-201ENSMUST00000004281 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Usf1-210ENSMUST00000167546 1822 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Set-201ENSMUST00000067996 2834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Cic-202ENSMUST00000163320 6096 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Cic-201ENSMUST00000005578 6099 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Pdcd7-201ENSMUST00000048184 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Hnrnpk-210ENSMUST00000176558 1053 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Emc8-208ENSMUST00000181950 747 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Ppp1r35-201ENSMUST00000031739 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Kiss1-201ENSMUST00000007433 779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Usp4P35123 Cys1-208ENSMUST00000189849 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Usp4P35123 2700081O15Rik-202ENSMUST00000159348 4989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Socs2-201ENSMUST00000020215 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Rnf111-204ENSMUST00000213647 4961 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Bloc1s2-201ENSMUST00000079033 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Dusp22-201ENSMUST00000091672 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Kctd20-201ENSMUST00000057174 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Ell3-201ENSMUST00000028679 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Ccdc177-201ENSMUST00000073251 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Txnrd2-212ENSMUST00000177856 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Runx2os1-201ENSMUST00000097320 792 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Ppp1ca-201ENSMUST00000046094 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Smad4-201ENSMUST00000025393 3384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Skor2-201ENSMUST00000166956 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Dpf1-201ENSMUST00000049977 2309 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Slc26a10-201ENSMUST00000095270 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Hacd1-202ENSMUST00000091429 871 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Fbxw2-201ENSMUST00000028220 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Aif1l-201ENSMUST00000001920 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Ccdc88a-202ENSMUST00000109477 1716 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Ubtf-213ENSMUST00000178839 4580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Kdm3b-204ENSMUST00000224715 2032 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Gm5475-201ENSMUST00000132119 2608 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Sephs2-201ENSMUST00000082428 2177 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Bfsp1-202ENSMUST00000099296 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Cbr3-201ENSMUST00000039620 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Barhl1-203ENSMUST00000113849 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Cnnm4-201ENSMUST00000153128 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Fbxw2-203ENSMUST00000113075 2260 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Brd1-203ENSMUST00000109381 4886 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Kcnq5-201ENSMUST00000029667 6562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Neurl4-202ENSMUST00000108617 4892 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Usp4P35123 A030014E15Rik-201ENSMUST00000223400 796 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Hsf1-205ENSMUST00000227478 2084 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Anp32b-201ENSMUST00000102926 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Ugp2-201ENSMUST00000060895 2044 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Rxrb-201ENSMUST00000044858 2623 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Cers5-201ENSMUST00000023762 2096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Gm13256-201ENSMUST00000131297 520 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Gm5067-201ENSMUST00000170449 1009 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Dleu2-204ENSMUST00000182286 666 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Dleu2-213ENSMUST00000183245 637 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Usp4P35123 St3gal5-202ENSMUST00000114112 2439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Gm9934-202ENSMUST00000191246 1713 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Usp4P35123 Lmtk3-202ENSMUST00000120005 4997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Ypel1-201ENSMUST00000035682 3322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Fam19a5-201ENSMUST00000068088 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Sept5-201ENSMUST00000096987 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Ptf1a-201ENSMUST00000028068 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Cited1-202ENSMUST00000101336 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Gm43403-201ENSMUST00000198011 1786 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Socs2-213ENSMUST00000170690 2195 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Aktip-205ENSMUST00000125257 2079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Raph1-202ENSMUST00000090293 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Zranb1-202ENSMUST00000106157 5008 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Tbc1d24-201ENSMUST00000024931 4894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Wtap-204ENSMUST00000159986 3187 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Abhd12-201ENSMUST00000056149 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Krtap28-10-201ENSMUST00000188323 957 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Retreg2-201ENSMUST00000097694 2561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Usp4P35123 E530011L22Rik-202ENSMUST00000216791 2007 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Dnajb2-207ENSMUST00000188290 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Gm10837-201ENSMUST00000100294 1536 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
Usp4P35123 AC123857.1-201ENSMUST00000181053 2312 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Map2k1-201ENSMUST00000005066 2436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Slbp-201ENSMUST00000057551 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Wbp1-208ENSMUST00000151393 837 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Chst12-201ENSMUST00000043050 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Slc35b2-205ENSMUST00000224905 1906 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Bhlhe23-201ENSMUST00000108878 2520 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Kcnc3-201ENSMUST00000107906 5062 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Cadm1-206ENSMUST00000143026 1643 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Stac-201ENSMUST00000035083 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Ccnd3-201ENSMUST00000037333 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Otud3-201ENSMUST00000097830 1668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Kremen2-201ENSMUST00000046525 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Slc35a2-201ENSMUST00000096514 1757 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Slc12a8-204ENSMUST00000121925 2656 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Tmem164-205ENSMUST00000112891 1654 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Usp4P35123 Olfm1-204ENSMUST00000113920 2513 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.6 ms