Protein–RNA interactions for Protein: O55017

Cacna1b, Voltage-dependent N-type calcium channel subunit alpha-1B, mousemouse

Predictions only

Length 2,327 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cacna1bO55017 Bola1-202ENSMUST00000107099 995 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Cacna1bO55017 Gng5-203ENSMUST00000119130 593 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Cacna1bO55017 Bola1-201ENSMUST00000016087 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Cacna1bO55017 Hsd17b3-202ENSMUST00000166224 1286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Cacna1bO55017 Mrgbp-206ENSMUST00000169630 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Cacna1bO55017 Siglec15-201ENSMUST00000170760 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Cacna1bO55017 Bola1-203ENSMUST00000177442 692 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Cacna1bO55017 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Cacna1bO55017 Ripply3-201ENSMUST00000023660 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Cacna1bO55017 Ebf4-203ENSMUST00000110288 2982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Cacna1bO55017 Spint2-201ENSMUST00000098604 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Cacna1bO55017 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Cacna1bO55017 Gorasp2-203ENSMUST00000112205 1196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Cacna1bO55017 Gm43137-201ENSMUST00000198052 594 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
Cacna1bO55017 Slc36a4-202ENSMUST00000115588 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Cacna1bO55017 Manf-202ENSMUST00000159283 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Cacna1bO55017 Irf5-201ENSMUST00000004392 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Cacna1bO55017 Ppp4r1l-ps-204ENSMUST00000140992 367 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Cacna1bO55017 Htra2-201ENSMUST00000089645 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Cacna1bO55017 Acot3-203ENSMUST00000223080 1545 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Cacna1bO55017 Ctsz-201ENSMUST00000016400 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Prph-201ENSMUST00000024249 1769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 1700012B09Rik-201ENSMUST00000060330 688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Anp32b-201ENSMUST00000102926 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Tmem59-202ENSMUST00000106753 1148 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Hrh3-203ENSMUST00000164442 1242 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Pop7-201ENSMUST00000031728 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Rbp4-202ENSMUST00000112335 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Rps2-208ENSMUST00000170715 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Gpr3-201ENSMUST00000052090 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Glp1r-201ENSMUST00000114574 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Mir7075-201ENSMUST00000184187 82 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Dtd2-202ENSMUST00000085404 1012 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Krtap5-5-201ENSMUST00000097942 1177 ntAPPRIS P1 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Gm10620-201ENSMUST00000098379 1332 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 4933440N22Rik-202ENSMUST00000204444 1952 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Stmn4-203ENSMUST00000120229 1281 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Zfp346-202ENSMUST00000159147 1146 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Rnf187-202ENSMUST00000217262 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 1810010H24Rik-202ENSMUST00000140447 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Ccnl2-201ENSMUST00000030944 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Snrpa-201ENSMUST00000080356 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Cox14-201ENSMUST00000023761 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Hsd11b2-201ENSMUST00000034363 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Capn10-202ENSMUST00000117814 1268 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Zfp618-201ENSMUST00000030043 1582 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Epop-201ENSMUST00000052281 2314 ntAPPRIS P1 BASIC20.54■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Cog1-202ENSMUST00000063776 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Pigx-211ENSMUST00000189013 982 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Pigx-201ENSMUST00000096109 993 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Gltpd2-201ENSMUST00000057685 1216 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Gtf2h2-202ENSMUST00000066984 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Tfeb-202ENSMUST00000086932 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Coro1b-201ENSMUST00000008893 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Cacna1bO55017 Mrpl2-201ENSMUST00000002844 1031 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Gfra4-201ENSMUST00000028787 909 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Timmdc1-201ENSMUST00000002925 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Nckap5los-201ENSMUST00000159738 1712 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Tifa-202ENSMUST00000163775 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Cdkn2a-201ENSMUST00000060501 852 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Dlk2-204ENSMUST00000170271 1783 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Mpnd-204ENSMUST00000149441 1701 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Art1-201ENSMUST00000033300 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 4930444P10Rik-203ENSMUST00000151004 1001 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Rtn4-210ENSMUST00000170731 1272 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 BC004004-202ENSMUST00000120346 1297 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 E130218I03Rik-201ENSMUST00000122952 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 6230400D17Rik-202ENSMUST00000224976 1019 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Gm9970-201ENSMUST00000068997 558 ntAPPRIS P1 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Rell2-211ENSMUST00000176902 1835 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Gorasp2-205ENSMUST00000133432 1941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Fam181b-201ENSMUST00000051179 2003 ntAPPRIS P1 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Slc22a17-210ENSMUST00000228495 2340 ntAPPRIS P1 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Smim19-202ENSMUST00000163774 1435 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Mapk15-201ENSMUST00000089669 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Selenos-205ENSMUST00000206575 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Cadm1-201ENSMUST00000034581 1254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 1700056E22Rik-201ENSMUST00000050306 967 ntAPPRIS P1 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Fancf-201ENSMUST00000169357 1691 ntAPPRIS P1 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Eva1b-201ENSMUST00000052876 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Scrt2-201ENSMUST00000064061 3395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Mob2-205ENSMUST00000211000 1646 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Vkorc1l1-201ENSMUST00000051758 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Gm26617-201ENSMUST00000180381 4429 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 2310015A10Rik-201ENSMUST00000180643 1399 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Paip2-205ENSMUST00000115737 713 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Trnau1ap-201ENSMUST00000030730 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Nabp2-202ENSMUST00000164199 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Kazald1-201ENSMUST00000026234 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Gm36033-202ENSMUST00000214827 745 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Rtn4rl2-201ENSMUST00000054514 1263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Capza2-201ENSMUST00000015877 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Bean1-205ENSMUST00000212979 2131 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Txnrd2-213ENSMUST00000178093 1785 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Pnkd-204ENSMUST00000113805 740 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Fbxl5-205ENSMUST00000121736 2144 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Gm6569-201ENSMUST00000154520 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Cacna1bO55017 Wdr70-203ENSMUST00000227371 1130 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 37.1 ms