Protein–RNA interactions for Protein: A0A0A6YWQ1

Trbv23, T cell receptor beta, variable V23 (Fragment), mousemouse

Predictions only

Length 115 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trbv23A0A0A6YWQ1 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Trbv23A0A0A6YWQ1 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Trbv23A0A0A6YWQ1 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Trbv23A0A0A6YWQ1 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Trbv23A0A0A6YWQ1 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Trbv23A0A0A6YWQ1 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Trbv23A0A0A6YWQ1 Gm42517-201ENSMUST00000197216 1850 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Trbv23A0A0A6YWQ1 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Trbv23A0A0A6YWQ1 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Trbv23A0A0A6YWQ1 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
Trbv23A0A0A6YWQ1 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Trbv23A0A0A6YWQ1 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
Trbv23A0A0A6YWQ1 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Trbv23A0A0A6YWQ1 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Trbv23A0A0A6YWQ1 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trbv23A0A0A6YWQ1 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trbv23A0A0A6YWQ1 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Trbv23A0A0A6YWQ1 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
Trbv23A0A0A6YWQ1 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Trbv23A0A0A6YWQ1 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Trbv23A0A0A6YWQ1 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Trbv23A0A0A6YWQ1 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Trbv23A0A0A6YWQ1 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Trbv23A0A0A6YWQ1 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Trbv23A0A0A6YWQ1 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Trbv23A0A0A6YWQ1 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Trbv23A0A0A6YWQ1 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Trbv23A0A0A6YWQ1 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Trbv23A0A0A6YWQ1 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
Trbv23A0A0A6YWQ1 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Trbv23A0A0A6YWQ1 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Trbv23A0A0A6YWQ1 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Trbv23A0A0A6YWQ1 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
Trbv23A0A0A6YWQ1 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
Trbv23A0A0A6YWQ1 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
Trbv23A0A0A6YWQ1 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Trbv23A0A0A6YWQ1 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Trbv23A0A0A6YWQ1 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Trbv23A0A0A6YWQ1 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Trbv23A0A0A6YWQ1 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Trbv23A0A0A6YWQ1 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Trbv23A0A0A6YWQ1 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Trbv23A0A0A6YWQ1 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Trbv23A0A0A6YWQ1 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
Trbv23A0A0A6YWQ1 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Trbv23A0A0A6YWQ1 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Trbv23A0A0A6YWQ1 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Trbv23A0A0A6YWQ1 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Trbv23A0A0A6YWQ1 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Trbv23A0A0A6YWQ1 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC22.64■■□□□ 1.22
Trbv23A0A0A6YWQ1 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Trbv23A0A0A6YWQ1 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Trbv23A0A0A6YWQ1 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Trbv23A0A0A6YWQ1 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Trbv23A0A0A6YWQ1 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Trbv23A0A0A6YWQ1 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
Trbv23A0A0A6YWQ1 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Trbv23A0A0A6YWQ1 Uncx-201ENSMUST00000172997 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Trbv23A0A0A6YWQ1 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Trbv23A0A0A6YWQ1 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
Trbv23A0A0A6YWQ1 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
Trbv23A0A0A6YWQ1 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
Trbv23A0A0A6YWQ1 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Trbv23A0A0A6YWQ1 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Trbv23A0A0A6YWQ1 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Trbv23A0A0A6YWQ1 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Trbv23A0A0A6YWQ1 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
Trbv23A0A0A6YWQ1 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Trbv23A0A0A6YWQ1 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Trbv23A0A0A6YWQ1 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Trbv23A0A0A6YWQ1 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Trbv23A0A0A6YWQ1 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Trbv23A0A0A6YWQ1 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Trbv23A0A0A6YWQ1 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Trbv23A0A0A6YWQ1 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Trbv23A0A0A6YWQ1 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Trbv23A0A0A6YWQ1 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
Trbv23A0A0A6YWQ1 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Trbv23A0A0A6YWQ1 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Trbv23A0A0A6YWQ1 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Trbv23A0A0A6YWQ1 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Trbv23A0A0A6YWQ1 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
Trbv23A0A0A6YWQ1 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
Trbv23A0A0A6YWQ1 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Trbv23A0A0A6YWQ1 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Trbv23A0A0A6YWQ1 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
Trbv23A0A0A6YWQ1 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trbv23A0A0A6YWQ1 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trbv23A0A0A6YWQ1 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trbv23A0A0A6YWQ1 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Trbv23A0A0A6YWQ1 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Trbv23A0A0A6YWQ1 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Trbv23A0A0A6YWQ1 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Trbv23A0A0A6YWQ1 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Trbv23A0A0A6YWQ1 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Trbv23A0A0A6YWQ1 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Trbv23A0A0A6YWQ1 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
Trbv23A0A0A6YWQ1 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Trbv23A0A0A6YWQ1 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Trbv23A0A0A6YWQ1 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 10.3 ms