Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Nmral1-202ENSMUST00000079130 1459 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Fam198a-202ENSMUST00000213773 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Gm42957-201ENSMUST00000137564 3624 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Arhgef2-229ENSMUST00000177303 3000 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Tmem206-201ENSMUST00000027940 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 4933409G03Rik-201ENSMUST00000102713 1263 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Ighv2-9-201ENSMUST00000103451 362 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Gm5638-201ENSMUST00000118618 1258 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Gm8652-201ENSMUST00000181363 964 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Gm9794-201ENSMUST00000202370 423 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Gm7067-201ENSMUST00000207698 1249 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Letm2-213ENSMUST00000211422 738 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Apoa5-203ENSMUST00000213878 727 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Gm17794-201ENSMUST00000220252 955 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Plpp4-201ENSMUST00000094018 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Camkmt-201ENSMUST00000095188 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Olfr533-204ENSMUST00000216258 2874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Slc35g3-201ENSMUST00000102586 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Cpeb3-204ENSMUST00000126188 4224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Zyg11a-203ENSMUST00000223127 2283 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Gm5592-202ENSMUST00000206490 2623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Gm8206-201ENSMUST00000164139 1956 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Col20a1-205ENSMUST00000228434 5012 ntAPPRIS P2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Prex1-203ENSMUST00000109246 2386 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Rgs20-202ENSMUST00000118000 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 4931406C07Rik-208ENSMUST00000216955 1750 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Tacc3-202ENSMUST00000079534 2899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Itga3-203ENSMUST00000120375 4697 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Arhgap22-202ENSMUST00000111956 2596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Pcdhb1-201ENSMUST00000052366 2588 ntAPPRIS P1 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Larp4b-202ENSMUST00000188211 5610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Chd1-202ENSMUST00000024627 7916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Slco3a1-202ENSMUST00000098371 2709 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Pex2-206ENSMUST00000195855 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Pipox-201ENSMUST00000017597 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Wscd1-201ENSMUST00000021168 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Kirrel-203ENSMUST00000159976 7236 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Vangl1-201ENSMUST00000029453 6531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Fig4-201ENSMUST00000043814 3282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Zc3hc1-210ENSMUST00000152391 1673 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Gm11637-201ENSMUST00000120601 592 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
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Trim58Q5NCC9 Gm9002-201ENSMUST00000178437 499 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Gm37753-201ENSMUST00000192178 439 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 5330425B07Rik-201ENSMUST00000196714 1027 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Gm43568-203ENSMUST00000199116 1270 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Gm45233-201ENSMUST00000203633 898 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Cdk7-205ENSMUST00000225990 1159 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Gm2824-203ENSMUST00000226189 1228 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Arl3-201ENSMUST00000026009 822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Wdr74-201ENSMUST00000049424 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Mir339-201ENSMUST00000083659 96 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Hmox2-201ENSMUST00000004172 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Sh3bp2-202ENSMUST00000101316 3031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Scube1-203ENSMUST00000076060 3913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Nol4-206ENSMUST00000164186 2622 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Mink1-203ENSMUST00000079244 4829 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Mirg-202ENSMUST00000181543 1300 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Wdr45-223ENSMUST00000207675 1335 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Mpzl2-201ENSMUST00000034600 3107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Gm13127-201ENSMUST00000118978 1389 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Psmb9-204ENSMUST00000174576 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Ppp4r3b-201ENSMUST00000020755 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Pepd-201ENSMUST00000075068 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Slc35d1-203ENSMUST00000150285 4242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Rbm39-203ENSMUST00000109587 2810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Wnt9a-202ENSMUST00000108783 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
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Trim58Q5NCC9 Fam71f1-203ENSMUST00000164560 1411 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Shisa9-202ENSMUST00000170672 3421 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
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Trim58Q5NCC9 Tcf25-201ENSMUST00000057934 2738 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 D830030K20Rik-201ENSMUST00000112797 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Pkp3-201ENSMUST00000066873 2848 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Tnfrsf22-203ENSMUST00000146692 2298 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Hdgfl2-201ENSMUST00000002911 2264 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Sned1-201ENSMUST00000062202 9147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Nynrin-202ENSMUST00000168479 7511 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Gm43463-201ENSMUST00000195967 1803 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Adam32-202ENSMUST00000121438 2450 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Epb41l5-201ENSMUST00000027632 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Zfp157-202ENSMUST00000100524 869 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Rhox2b-201ENSMUST00000115191 799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Gm13369-201ENSMUST00000119442 987 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Gm11814-201ENSMUST00000119515 929 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Gm12490-201ENSMUST00000120255 560 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Gm14704-201ENSMUST00000120300 874 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Gm15806-201ENSMUST00000120696 955 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 S100a14-201ENSMUST00000164481 915 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Neat1-203ENSMUST00000174829 1030 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Gm867-202ENSMUST00000219979 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Timm10-201ENSMUST00000028470 690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Olfr983-201ENSMUST00000050996 1050 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Otos-201ENSMUST00000053144 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 A430005L14Rik-201ENSMUST00000058393 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Trim58Q5NCC9 Alkbh7-202ENSMUST00000074141 736 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 56 ms