Protein–RNA interactions for Protein: Q3U827

Rnf180, E3 ubiquitin-protein ligase RNF180, mousemouse

Predictions only

Length 592 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf180Q3U827 Islr2-202ENSMUST00000163200 4123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Gm38102-201ENSMUST00000192791 1935 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Gm20721-201ENSMUST00000168292 1484 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Henmt1-205ENSMUST00000196533 1491 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Rabggta-205ENSMUST00000227061 2882 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 1700125H20Rik-202ENSMUST00000100681 687 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Trav10d-201ENSMUST00000103646 406 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Isg20-203ENSMUST00000120331 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Gm11683-201ENSMUST00000147006 918 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Spdye4a-202ENSMUST00000160502 1245 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Ssty2-201ENSMUST00000179136 684 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Gm9135-201ENSMUST00000182963 990 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Ssty2-202ENSMUST00000190565 1216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Gm5870-201ENSMUST00000196461 282 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Gm45481-201ENSMUST00000209717 877 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Gm4157-201ENSMUST00000211647 679 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 CT485606.1-201ENSMUST00000213187 878 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Prss52-201ENSMUST00000022537 1064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Rprd1b-202ENSMUST00000103123 4504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 B430119L08Rik-201ENSMUST00000130054 1994 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Pcnx3-201ENSMUST00000068169 5276 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Tbcel-206ENSMUST00000138506 1534 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Tmem237-205ENSMUST00000186794 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Slc6a19os-201ENSMUST00000022049 1532 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Tekt4-201ENSMUST00000025002 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Tmem229b-201ENSMUST00000056660 3860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Msx2-201ENSMUST00000021922 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Iqce-202ENSMUST00000077890 2494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Strn-203ENSMUST00000145910 8629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Cwh43-201ENSMUST00000031040 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Atp11b-201ENSMUST00000029257 4868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Zbtb9-201ENSMUST00000120016 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Kcmf1-201ENSMUST00000068697 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Spock2-201ENSMUST00000121820 5238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Iffo1-201ENSMUST00000117675 2833 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Six1-201ENSMUST00000050029 3316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Sumo3-202ENSMUST00000099538 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Prmt2-203ENSMUST00000099572 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Itpk1-201ENSMUST00000046518 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Rad54b-202ENSMUST00000095145 2403 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Snrpn-201ENSMUST00000059305 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Fmr1-205ENSMUST00000114656 4257 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Suv39h2-201ENSMUST00000027956 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Socs7-201ENSMUST00000045540 7015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Eml1-203ENSMUST00000109860 4160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Fmnl2-205ENSMUST00000155586 3939 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Kri1-201ENSMUST00000038671 2598 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Syne3-201ENSMUST00000067005 5097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Lin9-203ENSMUST00000192561 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Adamts3-204ENSMUST00000198151 1833 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Tcea3-201ENSMUST00000102533 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Krtap4-9-201ENSMUST00000105059 1059 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Cd63-ps-202ENSMUST00000154992 717 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Cux2-210ENSMUST00000168288 4697 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Gm17798-201ENSMUST00000182282 1035 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Gm9916-201ENSMUST00000192943 1228 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Gm45135-201ENSMUST00000206787 1184 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Aprt-203ENSMUST00000211823 590 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 2010001M07Rik-201ENSMUST00000214235 364 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Gm9661-201ENSMUST00000221611 1122 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 AC136376.2-201ENSMUST00000228819 490 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Cxcl1-201ENSMUST00000031327 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Mgp-201ENSMUST00000032342 617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Grb10-201ENSMUST00000093321 5061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 A830018L16Rik-201ENSMUST00000048613 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Ormdl1-201ENSMUST00000027266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Dync1li2-201ENSMUST00000041769 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Serpinb2-202ENSMUST00000064916 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Pnp2-201ENSMUST00000095925 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Gm7049-201ENSMUST00000223520 1712 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Papd5-203ENSMUST00000119033 4624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Mcl1-201ENSMUST00000037947 3418 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Oscar-202ENSMUST00000108645 1829 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Oscar-201ENSMUST00000039507 1823 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Rrp1b-201ENSMUST00000081339 4874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Fhl4-202ENSMUST00000216889 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Rnf180Q3U827 Gm10544-201ENSMUST00000180516 2239 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Rnf180Q3U827 Ddx20-201ENSMUST00000090680 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Rnf180Q3U827 Eno3-202ENSMUST00000108548 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Rnf180Q3U827 Dlgap4-204ENSMUST00000109566 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Rnf180Q3U827 Hsd3b4-201ENSMUST00000179429 1575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
Rnf180Q3U827 Gm10681-203ENSMUST00000186215 1575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
Rnf180Q3U827 Pla2g6-201ENSMUST00000047816 2963 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Rnf180Q3U827 Tfap2a-206ENSMUST00000224665 1958 ntAPPRIS ALT1 BASIC15.08■□□□□ 0
Rnf180Q3U827 Use1-202ENSMUST00000110053 1064 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Rnf180Q3U827 Gm13019-201ENSMUST00000120000 276 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Rnf180Q3U827 Gm13267-201ENSMUST00000142787 698 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
Rnf180Q3U827 Ppy-201ENSMUST00000017460 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Rnf180Q3U827 B230110C06Rik-201ENSMUST00000181388 1274 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Rnf180Q3U827 Gm19705-203ENSMUST00000181491 678 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Rnf180Q3U827 2700099C18Rik-202ENSMUST00000182402 1275 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Rnf180Q3U827 Mir6973a-201ENSMUST00000183646 78 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Rnf180Q3U827 Gm6644-201ENSMUST00000186507 951 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Rnf180Q3U827 Olfr1347-205ENSMUST00000220413 964 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Rnf180Q3U827 AC122350.1-201ENSMUST00000228135 533 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Rnf180Q3U827 Olfr1347-201ENSMUST00000036357 964 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
Rnf180Q3U827 Ensa-202ENSMUST00000058230 1130 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Rnf180Q3U827 Asl-202ENSMUST00000159619 2088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Rnf180Q3U827 Gm16754-201ENSMUST00000181222 2077 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Rnf180Q3U827 Mex3c-201ENSMUST00000091852 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 112.2 ms