Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
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Rnf40Q3U319 Gm6376-201ENSMUST00000209407 580 ntBASIC13.7□□□□□ -0.22
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Rnf40Q3U319 BC055324-202ENSMUST00000097493 3217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Kif2c-201ENSMUST00000065896 2842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
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Rnf40Q3U319 Pbxip1-201ENSMUST00000038942 4479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
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Rnf40Q3U319 Tmem104-201ENSMUST00000061450 4564 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
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Rnf40Q3U319 Ercc4-201ENSMUST00000023206 3480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Gtf2ird1-202ENSMUST00000074114 3330 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
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Rnf40Q3U319 Tsku-202ENSMUST00000164726 2620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Pkp1-201ENSMUST00000027667 4669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Cpped1-201ENSMUST00000073371 1922 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Fen1-201ENSMUST00000025651 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Dyx1c1-202ENSMUST00000098567 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Cldn11-201ENSMUST00000046174 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Usp24-204ENSMUST00000165709 10594 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.67□□□□□ -0.22
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Rnf40Q3U319 Gm13016-201ENSMUST00000126252 1720 ntTSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Pdlim5-201ENSMUST00000029941 5016 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Nemp1-203ENSMUST00000118728 2362 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
Rnf40Q3U319 Gse1-201ENSMUST00000034279 7127 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
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