Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Pde4dip-205ENSMUST00000168438 8264 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Palm2-202ENSMUST00000102905 3271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Pcdh10-201ENSMUST00000166126 7081 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Galnt17-201ENSMUST00000086023 8040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Vax2os-201ENSMUST00000123402 1435 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Dlgap4-201ENSMUST00000000094 1411 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm37133-201ENSMUST00000192705 1922 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Coq4-201ENSMUST00000028137 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Atp2a3-203ENSMUST00000108485 4520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Lmx1b-201ENSMUST00000041730 4790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Cct3-ps1-201ENSMUST00000118023 1647 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Leo1-201ENSMUST00000048937 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Stau2-215ENSMUST00000162435 2735 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Nbeal2-210ENSMUST00000167320 8803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Prrt3-202ENSMUST00000204134 3424 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Mcm6-201ENSMUST00000027601 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm9947-201ENSMUST00000067599 2920 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 March8-213ENSMUST00000203193 4245 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Atg16l1-202ENSMUST00000113186 3004 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm15684-201ENSMUST00000160605 1814 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Chd1-202ENSMUST00000024627 7916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Zfp157-202ENSMUST00000100524 869 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Ppih-203ENSMUST00000106318 800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm14350-201ENSMUST00000116642 640 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm5187-201ENSMUST00000117317 991 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm2231-201ENSMUST00000125661 612 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Pyy-204ENSMUST00000177304 551 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Dcdc2b-203ENSMUST00000179209 864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Entpd2-201ENSMUST00000028328 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Islr2-201ENSMUST00000114144 3880 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Morc4-202ENSMUST00000087401 3862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Serpinb2-201ENSMUST00000009356 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Dok7-203ENSMUST00000114270 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm38094-201ENSMUST00000195864 2978 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Tfap2c-202ENSMUST00000099058 2985 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 AC154262.2-201ENSMUST00000224310 2293 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Tbx3-201ENSMUST00000018748 4856 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Nup88-201ENSMUST00000035283 2450 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Slamf8-201ENSMUST00000065679 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Inpp4a-209ENSMUST00000140264 3676 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Xlr-202ENSMUST00000067782 1860 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Top1mt-201ENSMUST00000000958 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Samd11-202ENSMUST00000217934 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gdap1l1-202ENSMUST00000109420 2475 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Bhmt-201ENSMUST00000099309 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Ypel3-202ENSMUST00000106356 785 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Timm10-202ENSMUST00000111631 564 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Spata3-202ENSMUST00000113344 1047 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Mrpl2-203ENSMUST00000113430 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm13562-201ENSMUST00000125198 797 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Pde4b-210ENSMUST00000172616 823 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm26871-201ENSMUST00000180593 700 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm43691-201ENSMUST00000196625 697 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 C030018K13Rik-202ENSMUST00000196829 712 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Cyct-201ENSMUST00000028430 655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm10268-201ENSMUST00000085340 555 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Unc45bos-201ENSMUST00000156395 1306 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gtf3c5-201ENSMUST00000028157 2739 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Ildr2-201ENSMUST00000111416 8251 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Slc6a4-202ENSMUST00000108402 2796 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm45338-207ENSMUST00000211499 1405 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Clec16a-205ENSMUST00000115827 2949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Sostdc1-201ENSMUST00000041407 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Srrm1-203ENSMUST00000105861 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Il11ra1-203ENSMUST00000108041 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm13305-201ENSMUST00000098121 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Alas1-201ENSMUST00000074082 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Tmem215-202ENSMUST00000179526 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gtf3c5-202ENSMUST00000113889 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Map7d1-202ENSMUST00000106132 3195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Zfp367-201ENSMUST00000059817 3532 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Atp13a2-203ENSMUST00000127833 3882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 G3bp2-203ENSMUST00000167918 4232 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 D430041D05Rik-201ENSMUST00000089726 10124 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Pla2g5-204ENSMUST00000102513 2289 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Ube2j2-204ENSMUST00000105582 1394 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Wfdc9-202ENSMUST00000109335 547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Mapkapk5-205ENSMUST00000111786 975 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Scrn3-202ENSMUST00000112050 1897 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Chodl-203ENSMUST00000114216 1550 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Fsd1-201ENSMUST00000011733 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm13369-201ENSMUST00000119442 987 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm15966-201ENSMUST00000136853 480 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Rims3-204ENSMUST00000171363 977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm27682-201ENSMUST00000183930 110 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm12057-202ENSMUST00000189990 882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Prss8-202ENSMUST00000206124 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Gm6007-201ENSMUST00000208170 823 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Pnoc-202ENSMUST00000224594 1388 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Mal-201ENSMUST00000028853 486 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Sit1-201ENSMUST00000030180 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Mrto4-201ENSMUST00000030513 930 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Slc25a37-201ENSMUST00000037064 4174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Xpot-201ENSMUST00000039810 5992 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Adgrg3-201ENSMUST00000051259 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Lypd6-201ENSMUST00000053208 3620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Slc34a1-201ENSMUST00000057167 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Mogat2-201ENSMUST00000064231 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Mfap4-202ENSMUST00000064783 1722 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Traf1P39428 Lrrc29-201ENSMUST00000070508 1922 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 41.3 ms