Protein–RNA interactions for Protein: Q6P9L4

Usp49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, mousemouse

Predictions only

Length 685 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
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Usp49Q6P9L4 Mbtd1-201ENSMUST00000063645 2138 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
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