Protein–RNA interactions for Protein: Q9ERP3

Trim54, Tripartite motif-containing protein 54, mousemouse

Predictions only

Length 366 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim54Q9ERP3 Irf5-201ENSMUST00000004392 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Trim54Q9ERP3 Rab40b-201ENSMUST00000106107 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Trim54Q9ERP3 D130058E05Rik-201ENSMUST00000173856 1372 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Trim54Q9ERP3 Gm11613-201ENSMUST00000134427 1971 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Trim54Q9ERP3 Syt6-204ENSMUST00000118563 1843 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Trim54Q9ERP3 Gm27253-201ENSMUST00000183670 367 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Trim54Q9ERP3 Gpx7-202ENSMUST00000184609 331 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Trim54Q9ERP3 Prrt2-206ENSMUST00000202045 429 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Trim54Q9ERP3 AC122379.1-201ENSMUST00000220658 355 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Trim54Q9ERP3 Hmg20b-202ENSMUST00000105323 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Trim54Q9ERP3 Sorcs2-202ENSMUST00000070720 2089 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Trim54Q9ERP3 Fance-203ENSMUST00000114803 1980 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Trim54Q9ERP3 4933440N22Rik-202ENSMUST00000204444 1952 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
Trim54Q9ERP3 Hook1-201ENSMUST00000030306 5517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Trim54Q9ERP3 Mta3-204ENSMUST00000112352 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Kras-202ENSMUST00000111710 1194 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Hoxd3os1-204ENSMUST00000156342 796 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Dynlt1f-201ENSMUST00000179554 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 1700020G03Rik-201ENSMUST00000211264 889 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Gm40881-201ENSMUST00000223397 166 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Gabbr1-209ENSMUST00000174456 1595 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Emc10-201ENSMUST00000118515 1662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Slc22a17-210ENSMUST00000228495 2340 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Hsd11b2-201ENSMUST00000034363 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Gm13429-202ENSMUST00000128242 692 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Xpa-202ENSMUST00000058232 1241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 4930500M09Rik-202ENSMUST00000194988 1563 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Rtca-201ENSMUST00000000348 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Gm8093-201ENSMUST00000128935 1892 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Tmem74b-202ENSMUST00000109872 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Ctsz-201ENSMUST00000016400 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Capza2-201ENSMUST00000015877 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Map1lc3a-201ENSMUST00000029128 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Snrpb-201ENSMUST00000103199 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Rab3il1-202ENSMUST00000117641 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Gm3558-201ENSMUST00000163790 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 A030005L19Rik-201ENSMUST00000220768 806 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Svbp-201ENSMUST00000030395 733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Rp2-203ENSMUST00000115391 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Spc24-201ENSMUST00000098942 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Espn-207ENSMUST00000105653 1411 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Cic-202ENSMUST00000163320 6096 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Cic-201ENSMUST00000005578 6099 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Usp12-201ENSMUST00000085614 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Mrpl48-207ENSMUST00000146003 1625 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Siah1b-202ENSMUST00000071667 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Txnrd2-214ENSMUST00000205679 1866 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Trim54Q9ERP3 Ube2e3-202ENSMUST00000121433 1235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Gm46212-201ENSMUST00000220256 1003 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Clec3b-201ENSMUST00000026890 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Cadps-203ENSMUST00000112658 5458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Podxl2-210ENSMUST00000145944 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Shisa5-201ENSMUST00000026737 1834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Stmn4-204ENSMUST00000121955 1361 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Hebp2-202ENSMUST00000213153 968 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Polr1d-201ENSMUST00000050970 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Bend7-202ENSMUST00000115022 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Gm22238-201ENSMUST00000175222 88 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Fam89b-201ENSMUST00000099955 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Lrrc3b-201ENSMUST00000055211 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Deaf1-201ENSMUST00000080553 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Fbxo4-201ENSMUST00000022791 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Fam220a-204ENSMUST00000119488 2202 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Fam220a-209ENSMUST00000200267 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Smarcc1-201ENSMUST00000088716 5717 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Tmem41a-201ENSMUST00000023562 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Anp32b-201ENSMUST00000102926 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Gm9934-202ENSMUST00000191246 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Gm26776-201ENSMUST00000180479 1872 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Rp9-203ENSMUST00000215715 1499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Lgals3-201ENSMUST00000142734 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Htr6-201ENSMUST00000068036 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Gpn2-202ENSMUST00000105899 996 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Nrbp2-208ENSMUST00000228366 1863 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Flot2-201ENSMUST00000072289 2621 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Slc36a1-201ENSMUST00000020499 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Gm10399-202ENSMUST00000202768 748 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Ostc-201ENSMUST00000043937 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Bbc3-201ENSMUST00000002152 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 H2afy-201ENSMUST00000016081 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 Sugct-201ENSMUST00000068545 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
Trim54Q9ERP3 AC161180.2-201ENSMUST00000222567 1015 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.29
Trim54Q9ERP3 Nfkbib-202ENSMUST00000085851 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Trim54Q9ERP3 Rhbdl1-201ENSMUST00000026831 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Trim54Q9ERP3 Bean1-205ENSMUST00000212979 2131 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trim54Q9ERP3 Nkain1-201ENSMUST00000105993 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trim54Q9ERP3 Gm10685-201ENSMUST00000196120 433 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trim54Q9ERP3 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trim54Q9ERP3 Hpca-209ENSMUST00000164649 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trim54Q9ERP3 Mrfap1-201ENSMUST00000068795 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trim54Q9ERP3 Eif5a-210ENSMUST00000108613 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trim54Q9ERP3 Ccdc85c-201ENSMUST00000136175 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trim54Q9ERP3 Btbd6-201ENSMUST00000002880 2057 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trim54Q9ERP3 Fnta-201ENSMUST00000016138 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 83.2 ms