Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Cdc42ep5-201ENSMUST00000076831 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Trim28Q62318 4930527J03Rik-201ENSMUST00000094270 543 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
Trim28Q62318 Rfx5-204ENSMUST00000107255 2350 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
Trim28Q62318 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Trim28Q62318 Tmem74b-202ENSMUST00000109872 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Trim28Q62318 D030056L22Rik-202ENSMUST00000062753 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Trim28Q62318 Traf3ip1-203ENSMUST00000189341 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
Trim28Q62318 Arpp19-206ENSMUST00000168301 599 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Trim28Q62318 Gm35065-201ENSMUST00000199206 428 ntTSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Trim28Q62318 Bbc3-201ENSMUST00000002152 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Trim28Q62318 Slc25a1-201ENSMUST00000003622 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Trim28Q62318 Smox-205ENSMUST00000110182 985 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Trim28Q62318 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Trim28Q62318 Hccs-201ENSMUST00000033717 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Trim28Q62318 Homer3-203ENSMUST00000110124 2445 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Atf5-201ENSMUST00000047356 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Foxj3-206ENSMUST00000138845 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Zfp513-201ENSMUST00000031562 2213 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Krt10-201ENSMUST00000103131 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Nnat-207ENSMUST00000173041 760 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 1700018A14Rik-201ENSMUST00000195587 711 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Ccnh-201ENSMUST00000022030 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 2210011C24Rik-204ENSMUST00000190457 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Smox-206ENSMUST00000110183 1159 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Gm18190-203ENSMUST00000209944 389 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Tmem230-201ENSMUST00000028816 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Taf11-202ENSMUST00000114848 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Ube2e3-202ENSMUST00000121433 1235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Acbd6-203ENSMUST00000097529 1255 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Mpnd-204ENSMUST00000149441 1701 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Rp9-203ENSMUST00000215715 1499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Rell2-201ENSMUST00000070709 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Clec3b-201ENSMUST00000026890 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Fbxo4-201ENSMUST00000022791 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Hnrnpab-202ENSMUST00000101249 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 4930526A20Rik-202ENSMUST00000142461 1628 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Lrrc14-201ENSMUST00000036423 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Adora2b-201ENSMUST00000018644 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Smurf1-202ENSMUST00000100461 2725 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Pde6d-203ENSMUST00000146220 879 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Bri3-201ENSMUST00000056578 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Rcc1l-201ENSMUST00000076228 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Rps2-ps6-201ENSMUST00000095471 855 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
Trim28Q62318 Hpca-209ENSMUST00000164649 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Wnt2-201ENSMUST00000010941 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Gm2415-203ENSMUST00000149952 435 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Gm40881-201ENSMUST00000223397 166 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Socs1-201ENSMUST00000038099 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Ntsr2-201ENSMUST00000111064 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Ncoa7-206ENSMUST00000215725 1445 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 P4htm-201ENSMUST00000006853 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Sumf1-203ENSMUST00000167338 1044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Tex30-208ENSMUST00000147571 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Mnx1-202ENSMUST00000165512 2245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Mapk12-201ENSMUST00000088827 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Lipt2-201ENSMUST00000032967 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Mecp2-201ENSMUST00000033770 1739 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Tcte2-202ENSMUST00000127032 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Spc24-201ENSMUST00000098942 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Fbxw2-204ENSMUST00000113077 1670 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 B4galt1-202ENSMUST00000108096 1413 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Specc1-206ENSMUST00000201015 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Syce3-201ENSMUST00000109314 448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Prr3-201ENSMUST00000055454 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Tmem41a-201ENSMUST00000023562 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Sdccag3-201ENSMUST00000028293 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Eri3-201ENSMUST00000037127 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Cept1-203ENSMUST00000121231 2121 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Gm11837-201ENSMUST00000136992 876 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 H3f3a-207ENSMUST00000162814 724 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Ptms-201ENSMUST00000032216 1149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Xpa-202ENSMUST00000058232 1241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Spsb3-202ENSMUST00000068508 2004 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Sdccag3-203ENSMUST00000114100 2099 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Tmem120b-202ENSMUST00000111619 1256 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Gm7417-201ENSMUST00000192950 473 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Gm10399-202ENSMUST00000202768 748 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Cdkn2aipnl-201ENSMUST00000102763 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Trim28Q62318 Map1lc3a-201ENSMUST00000029128 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Trir-201ENSMUST00000047281 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Gpx7-202ENSMUST00000184609 331 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Zfand2b-201ENSMUST00000027394 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Hmg20b-202ENSMUST00000105323 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Pkp2-203ENSMUST00000162150 1959 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Espn-207ENSMUST00000105653 1411 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Dleu2-201ENSMUST00000180377 1165 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Dleu2-209ENSMUST00000182957 352 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Gm28417-201ENSMUST00000185218 785 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Smco4-203ENSMUST00000215907 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Zfp768-202ENSMUST00000205266 2513 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Wtap-203ENSMUST00000159551 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Purg-202ENSMUST00000078058 1795 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Ctage5-218ENSMUST00000177162 2728 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Auh-204ENSMUST00000120535 1647 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Gm10642-201ENSMUST00000098589 1610 ntAPPRIS P1 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Snrnp40-201ENSMUST00000105994 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim28Q62318 Kras-202ENSMUST00000111710 1194 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.9 ms