Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28417-201ENSMUST00000185218 785 ntTSL 3 BASIC35.8■■■■□ 3.32
Ccdc88bQ4QRL3 Gpx7-202ENSMUST00000184609 331 ntTSL 3 BASIC35.8■■■■□ 3.32
Ccdc88bQ4QRL3 Emc10-202ENSMUST00000118808 1872 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.79■■■■□ 3.32
Ccdc88bQ4QRL3 Dbp-203ENSMUST00000211357 1252 ntTSL 5 BASIC35.79■■■■□ 3.32
Ccdc88bQ4QRL3 Ostc-201ENSMUST00000043937 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.78■■■■□ 3.32
Ccdc88bQ4QRL3 Nrbp2-208ENSMUST00000228366 1863 ntAPPRIS P1 BASIC35.77■■■■□ 3.32
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18190-203ENSMUST00000209944 389 ntTSL 2 BASIC35.77■■■■□ 3.32
Ccdc88bQ4QRL3 Gm22238-201ENSMUST00000175222 88 ntBASIC35.76■■■■□ 3.32
Ccdc88bQ4QRL3 Fnta-201ENSMUST00000016138 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.32
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
Ccdc88bQ4QRL3 Bbc3-201ENSMUST00000002152 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
Ccdc88bQ4QRL3 Frmd5-201ENSMUST00000110592 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.74■■■■□ 3.31
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp513-202ENSMUST00000114590 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
Ccdc88bQ4QRL3 Ssbp1-203ENSMUST00000117411 933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7417-201ENSMUST00000192950 473 ntBASIC35.74■■■■□ 3.31
Ccdc88bQ4QRL3 Hebp2-202ENSMUST00000213153 968 ntTSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
Ccdc88bQ4QRL3 Kctd15-202ENSMUST00000108069 2407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.74■■■■□ 3.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16286-201ENSMUST00000025463 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
Ccdc88bQ4QRL3 Rgs10-205ENSMUST00000145739 564 ntTSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo4-201ENSMUST00000022791 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
Ccdc88bQ4QRL3 Shisa5-201ENSMUST00000026737 1834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
Ccdc88bQ4QRL3 G630030J09Rik-201ENSMUST00000181958 2135 ntTSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrc59-201ENSMUST00000021239 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
Ccdc88bQ4QRL3 Ost4-202ENSMUST00000132253 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
Ccdc88bQ4QRL3 Ptbp3-208ENSMUST00000172768 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.71■■■■□ 3.31
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem260-210ENSMUST00000227440 2222 ntAPPRIS ALT2 BASIC35.71■■■■□ 3.31
Ccdc88bQ4QRL3 Ttc36-201ENSMUST00000044694 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.7■■■■□ 3.31
Ccdc88bQ4QRL3 Homer3-201ENSMUST00000003669 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.7■■■■□ 3.31
Ccdc88bQ4QRL3 Clta-204ENSMUST00000107849 1099 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
Ccdc88bQ4QRL3 Gm21956-201ENSMUST00000179946 522 ntBASIC35.69■■■■□ 3.3
Ccdc88bQ4QRL3 Cep68-202ENSMUST00000109596 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
Ccdc88bQ4QRL3 Nfkbib-202ENSMUST00000085851 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9934-202ENSMUST00000191246 1713 ntTSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
Ccdc88bQ4QRL3 Hpca-209ENSMUST00000164649 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.67■■■■□ 3.3
Ccdc88bQ4QRL3 Trir-201ENSMUST00000047281 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
Ccdc88bQ4QRL3 Evl-202ENSMUST00000077735 2121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
Ccdc88bQ4QRL3 Htr6-201ENSMUST00000068036 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
Ccdc88bQ4QRL3 P2rx2-202ENSMUST00000112478 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
Ccdc88bQ4QRL3 Txnrd1-208ENSMUST00000219962 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
Ccdc88bQ4QRL3 Lgals3-201ENSMUST00000142734 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
Ccdc88bQ4QRL3 Dusp15-202ENSMUST00000109811 753 ntTSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
Ccdc88bQ4QRL3 A030005L19Rik-201ENSMUST00000220768 806 ntAPPRIS P1 BASIC35.66■■■■□ 3.3
Ccdc88bQ4QRL3 Efhd2-201ENSMUST00000036854 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
Ccdc88bQ4QRL3 Mpnd-204ENSMUST00000149441 1701 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
Ccdc88bQ4QRL3 Ssr2-201ENSMUST00000035785 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
Ccdc88bQ4QRL3 Tex30-208ENSMUST00000147571 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
Ccdc88bQ4QRL3 AC161180.2-201ENSMUST00000222567 1015 ntAPPRIS P1 BASIC35.64■■■■□ 3.3
Ccdc88bQ4QRL3 Rp2-203ENSMUST00000115391 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
Ccdc88bQ4QRL3 Fam220a-206ENSMUST00000196487 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxw4-201ENSMUST00000046869 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.3
Ccdc88bQ4QRL3 H1f0-201ENSMUST00000180086 2287 ntAPPRIS P1 BASIC35.63■■■■□ 3.29
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem41a-201ENSMUST00000023562 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
Ccdc88bQ4QRL3 Ssbp4-201ENSMUST00000049908 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
Ccdc88bQ4QRL3 D030056L22Rik-202ENSMUST00000062753 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
Ccdc88bQ4QRL3 Nkx6-2-202ENSMUST00000106095 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10399-202ENSMUST00000202768 748 ntBASIC35.62■■■■□ 3.29
Ccdc88bQ4QRL3 Vps37b-201ENSMUST00000040967 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
Ccdc88bQ4QRL3 Dleu2-201ENSMUST00000180377 1165 ntTSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
Ccdc88bQ4QRL3 Dleu2-209ENSMUST00000182957 352 ntTSL 2 BASIC35.61■■■■□ 3.29
Ccdc88bQ4QRL3 Eif5a-210ENSMUST00000108613 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
Ccdc88bQ4QRL3 Atp6v1f-201ENSMUST00000004396 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
Ccdc88bQ4QRL3 Fam89b-201ENSMUST00000099955 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
Ccdc88bQ4QRL3 2610307P16Rik-205ENSMUST00000148885 1870 ntTSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
Ccdc88bQ4QRL3 Lsr-201ENSMUST00000001279 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
Ccdc88bQ4QRL3 Ntsr2-201ENSMUST00000111064 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
Ccdc88bQ4QRL3 Tcte2-210ENSMUST00000148430 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10685-201ENSMUST00000196120 433 ntTSL 3 BASIC35.59■■■■□ 3.29
Ccdc88bQ4QRL3 Eva1b-201ENSMUST00000052876 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm960-204ENSMUST00000225896 2202 ntAPPRIS ALT2 BASIC35.58■■■■□ 3.29
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem196-202ENSMUST00000183694 845 ntTSL 3 BASIC35.58■■■■□ 3.29
Ccdc88bQ4QRL3 Emc10-201ENSMUST00000118515 1662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
Ccdc88bQ4QRL3 Srsf2-201ENSMUST00000092404 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.29
Ccdc88bQ4QRL3 Ubl3-204ENSMUST00000201595 2064 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.57■■■■□ 3.28
Ccdc88bQ4QRL3 Svbp-201ENSMUST00000030395 733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
Ccdc88bQ4QRL3 Dusp5-201ENSMUST00000038287 2473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.56■■■■□ 3.28
Ccdc88bQ4QRL3 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxd3os1-204ENSMUST00000156342 796 ntTSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
Ccdc88bQ4QRL3 Nkain1-201ENSMUST00000105993 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
Ccdc88bQ4QRL3 Chst14-201ENSMUST00000099546 2090 ntAPPRIS P1 BASIC35.54■■■■□ 3.28
Ccdc88bQ4QRL3 Maz-201ENSMUST00000032916 2347 ntTSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
Ccdc88bQ4QRL3 Foxn3-209ENSMUST00000177451 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
Ccdc88bQ4QRL3 Mettl9-201ENSMUST00000033163 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
Ccdc88bQ4QRL3 Srm-201ENSMUST00000006611 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
Ccdc88bQ4QRL3 Mecp2-201ENSMUST00000033770 1739 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gprc5b-204ENSMUST00000208394 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
Ccdc88bQ4QRL3 Pon2-201ENSMUST00000057792 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
Ccdc88bQ4QRL3 Snrpb-201ENSMUST00000103199 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
Ccdc88bQ4QRL3 Atp5a1-202ENSMUST00000114748 2674 ntTSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxb9-201ENSMUST00000000010 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.28
Ccdc88bQ4QRL3 Pdcd4-201ENSMUST00000025931 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.28
Ccdc88bQ4QRL3 Morn4-201ENSMUST00000051772 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.28
Ccdc88bQ4QRL3 Rfx5-204ENSMUST00000107255 2350 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.51■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Cept1-203ENSMUST00000121231 2121 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC35.51■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp513-201ENSMUST00000031562 2213 ntTSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Kti12-201ENSMUST00000102738 1629 ntAPPRIS P1 BASIC35.51■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Lipt2-201ENSMUST00000032967 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Rell2-201ENSMUST00000070709 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Atf5-201ENSMUST00000047356 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.8 ms