Protein–RNA interactions for Protein: Q3TIX9

Usp39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, mousemouse

Predictions only

Length 564 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp39Q3TIX9 Mindy2-202ENSMUST00000213380 2521 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Usp39Q3TIX9 Pawr-201ENSMUST00000095313 1745 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Usp39Q3TIX9 Erf-202ENSMUST00000116343 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
Usp39Q3TIX9 Gm27040-201ENSMUST00000181984 504 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
Usp39Q3TIX9 4933429H19Rik-202ENSMUST00000187361 995 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
Usp39Q3TIX9 Gm11492-201ENSMUST00000060360 1972 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
Usp39Q3TIX9 Cdkn2aipnl-201ENSMUST00000102763 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Usp39Q3TIX9 Morn4-201ENSMUST00000051772 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Usp39Q3TIX9 Gm26775-201ENSMUST00000180684 2197 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
Usp39Q3TIX9 Ppp1r12c-201ENSMUST00000013886 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Usp39Q3TIX9 Gm13042-201ENSMUST00000119244 1955 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
Usp39Q3TIX9 Hnrnpab-202ENSMUST00000101249 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Usp39Q3TIX9 Siva1-201ENSMUST00000021728 924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Usp39Q3TIX9 Cotl1-201ENSMUST00000034285 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Usp39Q3TIX9 Rnaset2b-202ENSMUST00000179728 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Usp39Q3TIX9 Psmg1-201ENSMUST00000023630 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Usp39Q3TIX9 Specc1-206ENSMUST00000201015 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
Usp39Q3TIX9 Gm9833-201ENSMUST00000061419 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Usp39Q3TIX9 Kmt2b-202ENSMUST00000108154 8454 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Usp39Q3TIX9 Tmem120b-201ENSMUST00000067505 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.91
Usp39Q3TIX9 Nsmce4a-202ENSMUST00000160289 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Ccnh-201ENSMUST00000022030 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Btbd6-201ENSMUST00000002880 2057 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Rnf111-204ENSMUST00000213647 4961 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Rell2-211ENSMUST00000176902 1835 ntTSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Tmem230-201ENSMUST00000028816 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Sike1-202ENSMUST00000119450 774 ntTSL 3 BASIC20.69■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Acss2-203ENSMUST00000103142 2145 ntTSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Grm2-203ENSMUST00000201681 2111 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Pwwp2b-202ENSMUST00000172136 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Gtpbp6-201ENSMUST00000077220 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Fbxw2-204ENSMUST00000113077 1670 ntTSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Gm27502-201ENSMUST00000183495 199 ntBASIC20.68■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Gm26711-201ENSMUST00000180866 1833 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Srsf2-206ENSMUST00000190993 1326 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Hey1-201ENSMUST00000042412 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Atn1-201ENSMUST00000088357 4433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Nudt3-203ENSMUST00000114886 996 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 AC117769.4-201ENSMUST00000225679 685 ntBASIC20.67■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Dpysl3-201ENSMUST00000025379 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Inafm2-201ENSMUST00000149978 3053 ntAPPRIS P1 BASIC20.67■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Ipmk-203ENSMUST00000121446 1492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Lypla2-201ENSMUST00000067567 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Begain-203ENSMUST00000190647 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 March2-206ENSMUST00000173329 2566 ntTSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Slc35a2-211ENSMUST00000208640 486 ntTSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Gm20458-201ENSMUST00000164863 1369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Gm10125-205ENSMUST00000161921 1463 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Nckap1-202ENSMUST00000111760 4597 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Fam91a1-201ENSMUST00000037270 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Nrbp2-208ENSMUST00000228366 1863 ntAPPRIS P1 BASIC20.66■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Ispd-204ENSMUST00000221452 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Trim27-207ENSMUST00000223065 2046 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Ttc7b-201ENSMUST00000062957 3446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Ggnbp2-202ENSMUST00000100686 2275 ntTSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Cacybp-201ENSMUST00000014370 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Tcte2-202ENSMUST00000127032 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 A830035O19Rik-201ENSMUST00000216147 1898 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 4930444P10Rik-202ENSMUST00000145070 1844 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Ptpn18-201ENSMUST00000027302 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Hscb-201ENSMUST00000056937 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Ddrgk1-201ENSMUST00000089559 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Ergic1-206ENSMUST00000167662 2754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Epb41l4b-201ENSMUST00000030142 3247 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Stub1-201ENSMUST00000044911 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Fam60a-202ENSMUST00000081956 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Maf1-204ENSMUST00000160172 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.9
Usp39Q3TIX9 Smox-207ENSMUST00000110186 2170 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Mfn1-201ENSMUST00000091257 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Tlk2-202ENSMUST00000092537 2743 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Adat3-204ENSMUST00000038411 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Fra10ac1-201ENSMUST00000067167 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Atf5-201ENSMUST00000047356 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Slc39a13-203ENSMUST00000111436 1291 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Ppp1r14a-202ENSMUST00000207714 755 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Cutc-201ENSMUST00000026199 1298 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Ppp1r35-201ENSMUST00000031739 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Bloc1s2-201ENSMUST00000079033 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 4930526A20Rik-202ENSMUST00000142461 1628 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Cnnm1-201ENSMUST00000165311 5037 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Slc35b2-205ENSMUST00000224905 1906 ntAPPRIS P1 BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 B4galt1-202ENSMUST00000108096 1413 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Gm32051-202ENSMUST00000197905 2385 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Susd3-203ENSMUST00000119721 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Pdlim4-201ENSMUST00000018755 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 AC151971.4-201ENSMUST00000214717 704 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Cacnb3-202ENSMUST00000109150 2670 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Hsd11b2-201ENSMUST00000034363 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Usp2-206ENSMUST00000176416 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Spag4-201ENSMUST00000038860 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Pbx2-201ENSMUST00000038149 3068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 A830092H15Rik-201ENSMUST00000099182 1229 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Tnks2-201ENSMUST00000025729 6481 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Gm10642-201ENSMUST00000098589 1610 ntAPPRIS P1 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Apaf1-205ENSMUST00000160788 1596 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Gm26617-201ENSMUST00000180381 4429 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Gm13256-201ENSMUST00000131297 520 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Kiss1-202ENSMUST00000178033 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Emc8-208ENSMUST00000181950 747 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp39Q3TIX9 Cox11-201ENSMUST00000020851 1224 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11.1 ms