Protein–RNA interactions for Protein: P97436

Nkx3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, mousemouse

Predictions only

Length 237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nkx3-1P97436 Kctd15-202ENSMUST00000108069 2407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Nkx3-1P97436 Tmem74b-201ENSMUST00000060196 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Nkx3-1P97436 Rp2-203ENSMUST00000115391 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Nkx3-1P97436 Gpx7-202ENSMUST00000184609 331 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Nkx3-1P97436 Wwc1-201ENSMUST00000018993 4531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Nkx3-1P97436 Gm5784-202ENSMUST00000220896 2016 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Nkx3-1P97436 Fam168b-203ENSMUST00000167518 5058 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Nkx3-1P97436 2610307P16Rik-205ENSMUST00000148885 1870 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Nkx3-1P97436 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Nkx3-1P97436 Nkain1-201ENSMUST00000105993 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Nkx3-1P97436 Gm22238-201ENSMUST00000175222 88 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
Nkx3-1P97436 Prrt2-206ENSMUST00000202045 429 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Nkx3-1P97436 Fam89b-201ENSMUST00000099955 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Nkx3-1P97436 Syndig1l-201ENSMUST00000095550 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Nkx3-1P97436 Csnk1a1-201ENSMUST00000115246 1484 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
Nkx3-1P97436 Fam212b-202ENSMUST00000098273 1868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
Nkx3-1P97436 Egr4-201ENSMUST00000095759 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
Nkx3-1P97436 Zfp335os-201ENSMUST00000129364 1127 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Gm46212-201ENSMUST00000220256 1003 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Ostc-201ENSMUST00000043937 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Xpa-202ENSMUST00000058232 1241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Gm13241-201ENSMUST00000094493 780 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Espn-207ENSMUST00000105653 1411 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Srcap-210ENSMUST00000188124 2048 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Gm11613-201ENSMUST00000134427 1971 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Eif5a-210ENSMUST00000108613 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Gabbr1-209ENSMUST00000174456 1595 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Tspan17-201ENSMUST00000026993 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Gm27253-201ENSMUST00000183670 367 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Ptf1a-201ENSMUST00000028068 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Tfeb-202ENSMUST00000086932 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Dynll1-201ENSMUST00000009157 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Tmem74b-202ENSMUST00000109872 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Dnajb2-207ENSMUST00000188290 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Tmem41a-201ENSMUST00000023562 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Spc24-201ENSMUST00000098942 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Rab3ip-203ENSMUST00000219109 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Tbc1d24-201ENSMUST00000024931 4894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Rab21-201ENSMUST00000020343 4602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Gtf2h2-202ENSMUST00000066984 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Dennd5a-201ENSMUST00000080437 5004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Rell2-211ENSMUST00000176902 1835 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Ctdspl-201ENSMUST00000073109 4589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Qk-201ENSMUST00000042296 6718 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Aktip-205ENSMUST00000125257 2079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Ube2e3-202ENSMUST00000121433 1235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 AC161180.2-201ENSMUST00000222567 1015 ntAPPRIS P1 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Gm9847-201ENSMUST00000052528 599 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Gm28731-201ENSMUST00000185564 1569 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Gm43034-201ENSMUST00000198678 1364 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Wnt2-201ENSMUST00000010941 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Pura-201ENSMUST00000051301 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Ramp1-202ENSMUST00000165855 852 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Gm10399-202ENSMUST00000202768 748 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Clec3b-201ENSMUST00000026890 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Dcbld2-201ENSMUST00000046663 6561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Gm8093-201ENSMUST00000128935 1892 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Micu2-201ENSMUST00000022543 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Lpcat4-201ENSMUST00000028554 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Tifa-202ENSMUST00000163775 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Nkx6-2-202ENSMUST00000106095 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Ssbp1-203ENSMUST00000117411 933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Ankra2-205ENSMUST00000150916 1028 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Ctsz-201ENSMUST00000016400 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Pawr-202ENSMUST00000218332 870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Rtca-201ENSMUST00000000348 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Htr6-201ENSMUST00000068036 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Ccsap-201ENSMUST00000034452 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Bcas2-201ENSMUST00000005830 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Gpn2-202ENSMUST00000105899 996 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Gm10685-201ENSMUST00000196120 433 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Atp6v1f-201ENSMUST00000004396 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Foxn3-209ENSMUST00000177451 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Cbln2-203ENSMUST00000122464 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Nkx3-1P97436 Cys1-208ENSMUST00000189849 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Nkx3-1P97436 Opn3-201ENSMUST00000027809 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Nkx3-1P97436 Tmem196-202ENSMUST00000183694 845 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Nkx3-1P97436 Hoxb7-201ENSMUST00000049352 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Nkx3-1P97436 Nfkbib-202ENSMUST00000085851 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Nkx3-1P97436 Abhd17c-201ENSMUST00000117085 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Nkx3-1P97436 4930500M09Rik-202ENSMUST00000194988 1563 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
Nkx3-1P97436 Ppp3cc-201ENSMUST00000078434 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Nkx3-1P97436 Ost4-202ENSMUST00000132253 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Nkx3-1P97436 Ube2g2-204ENSMUST00000174510 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Nkx3-1P97436 Rp9-203ENSMUST00000215715 1499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Nkx3-1P97436 Fbxo4-201ENSMUST00000022791 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Nkx3-1P97436 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Nkx3-1P97436 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Nkx3-1P97436 Cdr2-201ENSMUST00000033169 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Nkx3-1P97436 E330009J07Rik-201ENSMUST00000039008 1949 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Nkx3-1P97436 Htra1-201ENSMUST00000006367 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Nkx3-1P97436 Dusp15-202ENSMUST00000109811 753 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Nkx3-1P97436 Dleu2-201ENSMUST00000180377 1165 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Nkx3-1P97436 Ssbp4-201ENSMUST00000049908 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Nkx3-1P97436 Fam204a-201ENSMUST00000065286 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Nkx3-1P97436 2410022M11Rik-201ENSMUST00000186474 1911 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
Nkx3-1P97436 Shisa5-201ENSMUST00000026737 1834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Nkx3-1P97436 Lgals3-201ENSMUST00000142734 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 53.7 ms