Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Lingo1-202ENSMUST00000114247 2287 ntTSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Hnrnpf-203ENSMUST00000167182 2271 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Oprm1-215ENSMUST00000105607 2369 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Tnfrsf21-201ENSMUST00000024708 3626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Dnmbp-202ENSMUST00000212032 5074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Acvr1c-203ENSMUST00000112607 1266 ntTSL 5 BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Abhd11os-201ENSMUST00000136022 604 ntTSL 2 BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Haghl-206ENSMUST00000138759 1074 ntTSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Gm15747-202ENSMUST00000151096 524 ntTSL 3 BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Runx2os2-201ENSMUST00000161664 818 ntTSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Smim17-203ENSMUST00000161855 664 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Gm15917-201ENSMUST00000162771 487 ntTSL 2 BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Gm11214-201ENSMUST00000184252 552 ntAPPRIS P1 BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Gm42787-201ENSMUST00000200879 1164 ntTSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Chchd1-203ENSMUST00000224633 557 ntBASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Aif1-201ENSMUST00000025257 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Alkbh7-201ENSMUST00000002737 917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 1700019N19Rik-201ENSMUST00000028299 970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Zfp583-201ENSMUST00000062765 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 A530020G20Rik-202ENSMUST00000181070 3660 ntTSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Galnt6-201ENSMUST00000052069 3798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Lrrc29-201ENSMUST00000070508 1922 ntTSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Fbxw9-201ENSMUST00000095220 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Iffo2-202ENSMUST00000123827 2036 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Prmt2-201ENSMUST00000020452 2016 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 4931428F04Rik-203ENSMUST00000212219 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Prdm5-202ENSMUST00000031976 2155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Zbtb49-202ENSMUST00000114113 2645 ntTSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Ncaph-201ENSMUST00000110387 2695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Mir17hg-201ENSMUST00000134140 3536 ntTSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Cfap157-201ENSMUST00000102813 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Dhrs3-202ENSMUST00000105744 1226 ntTSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Mvk-202ENSMUST00000112239 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Wdr38-202ENSMUST00000112872 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Ell3-202ENSMUST00000116432 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Snx12-202ENSMUST00000120389 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 H60b-202ENSMUST00000131558 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 A930015D03Rik-201ENSMUST00000173900 1111 ntTSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Ager-209ENSMUST00000174496 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 1190007I07Rik-202ENSMUST00000176200 586 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Gm27533-201ENSMUST00000183800 152 ntBASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Ilkap-208ENSMUST00000187306 377 ntTSL 5 BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Twistnb-201ENSMUST00000020877 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Slc13a5-201ENSMUST00000021161 3329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Gm20149-201ENSMUST00000214691 1667 ntTSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Dhrs1-201ENSMUST00000002403 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Sec11a-201ENSMUST00000026818 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 1700120B22Rik-201ENSMUST00000054837 464 ntTSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Eif5a-203ENSMUST00000071026 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Gm6871-201ENSMUST00000073410 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Rhox9-201ENSMUST00000089062 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Cep170b-201ENSMUST00000092279 3817 ntTSL 5 BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 2610318N02Rik-201ENSMUST00000093336 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Tppp-201ENSMUST00000022057 5090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Nek6-203ENSMUST00000112902 3147 ntTSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Nisch-213ENSMUST00000168206 4990 ntTSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Chrdl1-203ENSMUST00000112878 4050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Gm4782-201ENSMUST00000168705 2046 ntBASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Hmga2-203ENSMUST00000159699 3810 ntTSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Syncrip-209ENSMUST00000174361 1767 ntTSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Dusp13-201ENSMUST00000075040 1745 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Map6-205ENSMUST00000207883 3431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
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Use1Q9CQ56 AC139350.1-201ENSMUST00000227064 1594 ntBASIC12.74□□□□□ -0.37
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Use1Q9CQ56 Tigd2-201ENSMUST00000062626 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Gm9920-204ENSMUST00000148544 2752 ntTSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Ccdc171-204ENSMUST00000126429 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Lcmt1-201ENSMUST00000033025 1369 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Msmp-201ENSMUST00000107884 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Ropn1l-201ENSMUST00000110408 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Ifnar2-203ENSMUST00000117836 1099 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Gm7820-201ENSMUST00000121012 1052 ntBASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Platr13-201ENSMUST00000133945 375 ntTSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 1700007J10Rik-202ENSMUST00000153431 1111 ntTSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Gm24420-201ENSMUST00000176676 59 ntBASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Ly6f-202ENSMUST00000189654 818 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 AC151286.1-201ENSMUST00000198489 145 ntBASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Fam71e1-204ENSMUST00000205422 366 ntTSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 AI463170-204ENSMUST00000220157 447 ntTSL 3 BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Tmem253-203ENSMUST00000227295 704 ntAPPRIS ALT2 BASIC12.74□□□□□ -0.37
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Use1Q9CQ56 Pcna-ps2-201ENSMUST00000088040 1257 ntAPPRIS P1 BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Wdr83-201ENSMUST00000093357 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Mbnl2-204ENSMUST00000227012 2390 ntBASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Slc5a11-201ENSMUST00000033035 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Adra1b-201ENSMUST00000067258 3331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Man1a2-201ENSMUST00000008907 7969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 AC153366.2-201ENSMUST00000219461 1984 ntBASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Kcp-203ENSMUST00000101614 4885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Jade1-204ENSMUST00000170711 2896 ntTSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Scarf1-201ENSMUST00000042808 2887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Gramd1b-201ENSMUST00000045682 7488 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Ankrd42-202ENSMUST00000118157 2782 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Snph-202ENSMUST00000094456 4607 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Col26a1-201ENSMUST00000057497 2724 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Plch2-206ENSMUST00000135665 4349 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Pdlim5-208ENSMUST00000196220 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Abhd14b-201ENSMUST00000048527 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
Use1Q9CQ56 Gzf1-201ENSMUST00000028928 4232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.2 ms