Protein–RNA interactions for Protein: Q6P9L4

Usp49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, mousemouse

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Length 685 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp49Q6P9L4 Shank3-201ENSMUST00000039074 7131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Ltbp4-204ENSMUST00000118961 3444 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Myocd-202ENSMUST00000102635 4935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 4732471J01Rik-203ENSMUST00000206300 1887 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Glis3-202ENSMUST00000112612 3016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Ccdc69-202ENSMUST00000108880 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
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Usp49Q6P9L4 Gm12070-201ENSMUST00000119551 1002 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
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Usp49Q6P9L4 Gm13292-201ENSMUST00000120014 1000 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Snap47-202ENSMUST00000120940 1192 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
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Usp49Q6P9L4 Sec22b-203ENSMUST00000130620 640 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
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Usp49Q6P9L4 Gm19265-201ENSMUST00000201818 894 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Gm11149-204ENSMUST00000216483 1275 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 AI463170-203ENSMUST00000219353 430 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
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Usp49Q6P9L4 Myoz3-201ENSMUST00000056533 870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Fgfr1-202ENSMUST00000117179 4046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Gm43650-201ENSMUST00000197337 1382 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Gm30214-201ENSMUST00000199271 1383 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Acsf3-203ENSMUST00000212790 2171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Creb3l3-201ENSMUST00000117422 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Prg4-207ENSMUST00000162367 1480 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Cyp2ab1-205ENSMUST00000182741 1497 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
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Usp49Q6P9L4 Nrf1-210ENSMUST00000115211 3295 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Bpifa6-201ENSMUST00000109753 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Arhgef2-208ENSMUST00000175911 2030 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Naa30-201ENSMUST00000037362 4464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Dnmt3l-208ENSMUST00000151242 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
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Usp49Q6P9L4 Krt35-201ENSMUST00000103127 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Men1-208ENSMUST00000113504 2663 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Hnrnpf-210ENSMUST00000180341 1922 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Casc4-202ENSMUST00000089912 3602 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Lcn5-202ENSMUST00000100312 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
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Usp49Q6P9L4 Prcd-202ENSMUST00000116318 799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
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Usp49Q6P9L4 1700061E18Rik-201ENSMUST00000154159 588 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
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Usp49Q6P9L4 Nup93-201ENSMUST00000079961 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Chrdl1-203ENSMUST00000112878 4050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Pam-201ENSMUST00000058762 4095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Bri3bp-201ENSMUST00000049040 6473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Ccne2-201ENSMUST00000029866 3006 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Cenpl-202ENSMUST00000111618 1996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
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Usp49Q6P9L4 Sh2d5-202ENSMUST00000105824 3512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Ddx31-201ENSMUST00000113853 3271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Gcfc2-201ENSMUST00000043195 4192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Adsl-206ENSMUST00000168756 1439 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Rnf224-202ENSMUST00000205192 1707 ntAPPRIS P1 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Gm44891-201ENSMUST00000208817 2223 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Mslnl-201ENSMUST00000047098 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Gm9754-201ENSMUST00000031305 3004 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Chfr-201ENSMUST00000014812 3146 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Gnas-204ENSMUST00000087877 3947 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Hdac7-202ENSMUST00000088402 4223 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Nek7-202ENSMUST00000186017 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Hps3-202ENSMUST00000108321 3385 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Gm38094-201ENSMUST00000195864 2978 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Arid4b-201ENSMUST00000039538 5844 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Usp18-201ENSMUST00000032198 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Usp49Q6P9L4 Smarcb1-201ENSMUST00000000925 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
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Usp49Q6P9L4 Gm31326-201ENSMUST00000191856 1048 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 47.8 ms