Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 3830417A13Rik-201ENSMUST00000033522 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Col6a1Q04857 Ubtf-209ENSMUST00000173870 2936 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Col6a1Q04857 Crem-201ENSMUST00000025069 2931 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Col6a1Q04857 Cant1-202ENSMUST00000092378 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Col6a1Q04857 Ddx4-202ENSMUST00000099166 3012 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Col6a1Q04857 Itga8-201ENSMUST00000028106 5812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Col6a1Q04857 4933435G04Rik-201ENSMUST00000205892 2108 ntBASIC15.05■□□□□ 0
Col6a1Q04857 Nr2f1-205ENSMUST00000150498 2588 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Col6a1Q04857 Gata4-201ENSMUST00000067417 3400 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Spg20-201ENSMUST00000044116 3770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Gpr153-202ENSMUST00000105650 3838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Ufc1-202ENSMUST00000111302 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Arpc3-203ENSMUST00000111713 708 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Gm12485-201ENSMUST00000119641 291 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Gm5678-201ENSMUST00000120115 939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Gm10156-201ENSMUST00000122364 462 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Zfp629-204ENSMUST00000128731 823 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 4930412M03Rik-201ENSMUST00000130746 1111 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Gm24420-201ENSMUST00000176676 59 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Dcdc2b-203ENSMUST00000179209 864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Gm27682-201ENSMUST00000183930 110 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Gm5069-202ENSMUST00000192714 1011 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 1700045I11Rik-201ENSMUST00000194752 493 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Gm45881-201ENSMUST00000210659 517 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Ormdl2-204ENSMUST00000219524 724 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 CR974585.1-201ENSMUST00000221790 1263 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Cts7-204ENSMUST00000225321 1257 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 AC134335.2-201ENSMUST00000227660 440 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Ppia-206ENSMUST00000213200 1450 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Fundc1-201ENSMUST00000026016 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Hadhb-201ENSMUST00000026841 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Paf1-201ENSMUST00000003529 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Thumpd1-201ENSMUST00000033236 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Fbln7-201ENSMUST00000028864 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Slc8a3-201ENSMUST00000064594 4379 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Rnf34-201ENSMUST00000031434 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Atp2a3-201ENSMUST00000021142 4593 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Rrp1b-201ENSMUST00000081339 4874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Eaf1-201ENSMUST00000022446 4918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Vopp1-204ENSMUST00000145608 4590 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Hoxb8-201ENSMUST00000052650 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Fam57b-203ENSMUST00000205324 1915 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Atpaf2-201ENSMUST00000108721 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Dao-203ENSMUST00000161610 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Kif7-203ENSMUST00000183846 4577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Mtrr-209ENSMUST00000223398 3861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Gm8213-201ENSMUST00000118191 441 ntBASIC15.04■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Cdkn1a-202ENSMUST00000119901 748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Gm1335-201ENSMUST00000121653 386 ntBASIC15.04■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Gm26728-201ENSMUST00000185268 595 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Rpl7a-ps10-201ENSMUST00000190579 798 ntBASIC15.04■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Cryaa-201ENSMUST00000019192 1176 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Gm37259-201ENSMUST00000193903 849 ntBASIC15.04■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Dnd1-ps-201ENSMUST00000196992 964 ntBASIC15.04■□□□□ -0
Col6a1Q04857 4933424G06Rik-204ENSMUST00000208994 1120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Gm18027-201ENSMUST00000218947 619 ntBASIC15.04■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Mien1-201ENSMUST00000002655 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Rpl7a-ps3-201ENSMUST00000090170 796 ntBASIC15.04■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Rpl7a-ps5-201ENSMUST00000095218 807 ntAPPRIS P1 BASIC15.04■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Ankrd33b-204ENSMUST00000123325 7466 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Ddhd1-203ENSMUST00000111828 9802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Insr-201ENSMUST00000091291 9355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Zfp318-204ENSMUST00000138127 3936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Espn-220ENSMUST00000207676 4618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Klhl21-201ENSMUST00000097773 3986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Atp2b3-201ENSMUST00000033744 3894 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Asb18-201ENSMUST00000086882 3862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Hsph1-211ENSMUST00000202361 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Gm37015-201ENSMUST00000192763 1521 ntBASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Fbxl4-201ENSMUST00000039234 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Mettl17-206ENSMUST00000164902 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Mto1-201ENSMUST00000034896 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Spg20-204ENSMUST00000118118 3981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Ewsr1-201ENSMUST00000063232 1320 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Gm16087-201ENSMUST00000124395 964 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Gm11723-201ENSMUST00000155505 466 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Gm9176-201ENSMUST00000219955 1120 ntBASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 5430427M07Rik-202ENSMUST00000221524 1023 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 AC140406.1-201ENSMUST00000226481 465 ntBASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Wdr73-201ENSMUST00000026816 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Gng8-201ENSMUST00000078182 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Dimt1-201ENSMUST00000022203 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Pak1-205ENSMUST00000206984 2794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Ftcd-201ENSMUST00000001183 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 St6gal2-202ENSMUST00000086878 2606 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Opn5-201ENSMUST00000068355 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Safb2-201ENSMUST00000075510 3277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Os9-201ENSMUST00000080975 2458 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Cyp2u1-201ENSMUST00000106337 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Ulk1-211ENSMUST00000200299 3581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Gdap1l1-201ENSMUST00000018087 2220 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Col6a1Q04857 9330182L06Rik-201ENSMUST00000069538 4688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Hcn3-201ENSMUST00000029686 4002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Neurog3-201ENSMUST00000050103 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Sgce-202ENSMUST00000090686 1547 ntTSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Aldh16a1-201ENSMUST00000107815 2685 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Fgfr3-210ENSMUST00000169212 4245 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Gm28182-201ENSMUST00000188354 2477 ntBASIC15.02■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Hdac8-201ENSMUST00000087916 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Col6a1Q04857 Art3-204ENSMUST00000119587 1310 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 120.2 ms