Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Sdccag3-202ENSMUST00000077983 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Pde8b-204ENSMUST00000159608 2370 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Dusp7-201ENSMUST00000172306 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Egr4-201ENSMUST00000095759 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Tirap-205ENSMUST00000176685 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Spata5l1-202ENSMUST00000152813 1526 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 1700016H13Rik-205ENSMUST00000134926 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Gm15202-201ENSMUST00000154188 393 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Ubp1-204ENSMUST00000214095 2320 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Capns1-203ENSMUST00000126116 1429 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Gm7199-201ENSMUST00000118327 1485 ntBASIC23.89■■□□□ 1.42
Col6a1Q04857 Gm27454-201ENSMUST00000185090 204 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Gm10685-201ENSMUST00000196120 433 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Tsen34-202ENSMUST00000108627 1319 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Artn-201ENSMUST00000070816 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Gm11613-201ENSMUST00000134427 1971 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Rax-201ENSMUST00000025396 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 2210011C24Rik-204ENSMUST00000190457 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Heca-201ENSMUST00000037879 5098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Espn-207ENSMUST00000105653 1411 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Clta-206ENSMUST00000170241 1079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Ccsap-202ENSMUST00000122421 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Cox5b-204ENSMUST00000193210 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Rab24-201ENSMUST00000035242 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Tbc1d25-203ENSMUST00000143984 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Emc6-201ENSMUST00000054952 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 2610307P16Rik-205ENSMUST00000148885 1870 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Bcas2-201ENSMUST00000005830 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Ptpn18-201ENSMUST00000027302 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 D130058E05Rik-201ENSMUST00000173856 1372 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Spc24-201ENSMUST00000098942 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Pdcd5-201ENSMUST00000118501 684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Dennd5a-202ENSMUST00000106722 4862 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Eif5a-202ENSMUST00000070996 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Pex7-203ENSMUST00000166511 1047 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 1110065P20Rik-206ENSMUST00000185036 1223 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Gm45417-201ENSMUST00000209533 758 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Bag1-204ENSMUST00000215842 1068 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Bcl2l10-201ENSMUST00000034709 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Col6a1Q04857 Scamp3-202ENSMUST00000098941 1338 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Efhd2-201ENSMUST00000036854 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Ctage5-218ENSMUST00000177162 2728 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Bex1-202ENSMUST00000113118 754 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Gpx7-202ENSMUST00000184609 331 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Sh3d21-202ENSMUST00000097891 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Jund-201ENSMUST00000095267 1668 ntAPPRIS P1 BASIC23.82■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Osbpl10-207ENSMUST00000183104 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Pou4f1-201ENSMUST00000053016 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Psmg4-202ENSMUST00000147632 555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 4933406I18Rik-202ENSMUST00000163996 904 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Proca1-201ENSMUST00000060539 960 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Tsen34-204ENSMUST00000108630 1779 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 St6galnac6-203ENSMUST00000095044 2394 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Tspan33-202ENSMUST00000115250 1977 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Ube2e3-202ENSMUST00000121433 1235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 8430432A02Rik-201ENSMUST00000039080 1248 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 1700034P13Rik-201ENSMUST00000181358 1343 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Il17rd-202ENSMUST00000223942 2186 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Gng12-204ENSMUST00000114225 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 AC164433.2-201ENSMUST00000226346 1701 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Yjefn3-202ENSMUST00000152938 785 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Gclm-206ENSMUST00000178826 1002 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Gm26558-201ENSMUST00000180559 861 ntAPPRIS P1 BASIC23.79■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 2810002D19Rik-201ENSMUST00000152313 2040 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Ikbip-202ENSMUST00000020150 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Clta-204ENSMUST00000107849 1099 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Flvcr1-202ENSMUST00000191946 1216 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Gm18190-203ENSMUST00000209944 389 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Mapk1-201ENSMUST00000023462 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 1700016H13Rik-204ENSMUST00000120688 612 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Gm15908-201ENSMUST00000154345 1091 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Klf1-201ENSMUST00000067060 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Gm28536-201ENSMUST00000190971 1317 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Qk-202ENSMUST00000097414 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Col6a1Q04857 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Upf3a-201ENSMUST00000043767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Gm10382-201ENSMUST00000100700 1233 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Dctn3-203ENSMUST00000171641 885 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 2810025M15Rik-201ENSMUST00000061537 1194 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Vmac-201ENSMUST00000067931 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Cbln1-202ENSMUST00000169693 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Smim19-201ENSMUST00000033935 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Timm8a1-201ENSMUST00000054213 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Cadm1-202ENSMUST00000085909 2126 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Tmpo-203ENSMUST00000092219 1854 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 2810001G20Rik-202ENSMUST00000146333 959 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Gm8495-201ENSMUST00000188740 694 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 March5-201ENSMUST00000024078 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Gm45371-201ENSMUST00000210723 459 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Ttc39b-201ENSMUST00000030205 842 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Znrf2-201ENSMUST00000079869 5886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Col6a1Q04857 Oaz2-201ENSMUST00000046490 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 160.1 ms