Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Olfr718-ps1-203ENSMUST00000215102 4913 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Slc4a1-201ENSMUST00000006749 4545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Smo-201ENSMUST00000001812 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm27177-203ENSMUST00000184034 1911 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Ralyl-206ENSMUST00000193117 2933 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Snap25-202ENSMUST00000110098 1014 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm11803-201ENSMUST00000119966 444 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Rpl3-ps1-201ENSMUST00000120557 1210 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 3110053B16Rik-204ENSMUST00000145605 575 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm17344-201ENSMUST00000171173 1159 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 1700065I16Rik-202ENSMUST00000185477 813 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Fcrl1-204ENSMUST00000191666 925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm44066-201ENSMUST00000203263 519 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Tas2r137-201ENSMUST00000064932 1073 ntAPPRIS P1 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Atp5h-202ENSMUST00000073791 659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gpr146-201ENSMUST00000051293 4157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Smpd3-202ENSMUST00000212896 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Zfp628-201ENSMUST00000116354 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm9252-201ENSMUST00000172364 1602 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Fubp1-206ENSMUST00000196739 2526 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Pelp1-201ENSMUST00000019065 3435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Abi3-201ENSMUST00000059026 4006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Tpm3-201ENSMUST00000029549 2230 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Pdk2-201ENSMUST00000038431 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Prpf31-202ENSMUST00000108636 1798 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Ccnt2-202ENSMUST00000112570 4511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Myo1c-201ENSMUST00000069057 4547 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Foxo3-203ENSMUST00000105502 6848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Dmtn-202ENSMUST00000022695 4080 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Psma3-202ENSMUST00000160027 2846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Ppp2r5b-201ENSMUST00000025695 2742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Mesd-201ENSMUST00000094215 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Pomgnt1-202ENSMUST00000106496 2613 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Psmd12-201ENSMUST00000021063 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm10457-201ENSMUST00000222619 1906 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Bet1l-201ENSMUST00000026557 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 AC159649.2-201ENSMUST00000222984 3223 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Sema6d-208ENSMUST00000103241 6157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Ttyh2-201ENSMUST00000045779 3486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Tmem39a-214ENSMUST00000171687 2667 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Raver1-202ENSMUST00000217282 4234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Plcb3-201ENSMUST00000025912 4201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm10010-201ENSMUST00000071101 2346 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm12846-201ENSMUST00000120431 1373 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm21038-201ENSMUST00000222205 1383 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Dock4-201ENSMUST00000037488 8552 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Rtkn-202ENSMUST00000087938 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Efs-201ENSMUST00000022813 2705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 1700029J07Rik-201ENSMUST00000095323 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 5730559C18Rik-201ENSMUST00000120339 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Tpt1-ps6-201ENSMUST00000121768 523 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Spdye4b-202ENSMUST00000159781 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm17180-201ENSMUST00000172211 435 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 D930030I03Rik-201ENSMUST00000180735 920 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Hmgcll1-207ENSMUST00000183979 1136 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm2164-201ENSMUST00000184062 424 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm44397-201ENSMUST00000195950 113 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm43118-201ENSMUST00000199149 775 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Vav1-201ENSMUST00000005889 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Wdr83-201ENSMUST00000093357 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Ppp1r3g-201ENSMUST00000132661 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Pim1-201ENSMUST00000024811 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Lin54-201ENSMUST00000046154 4451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Ahcy-201ENSMUST00000054607 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Sema5b-202ENSMUST00000120756 4646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Pgbd5-201ENSMUST00000052580 2824 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Gm20646-201ENSMUST00000176807 1316 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Ror2-201ENSMUST00000021918 3985 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Foxj3-201ENSMUST00000044564 4789 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Sphk1-205ENSMUST00000106387 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Grm7-201ENSMUST00000071076 3127 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Col6a1Q04857 Ttll5-203ENSMUST00000095536 4150 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 5033426O07Rik-202ENSMUST00000212635 2110 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Lims2-201ENSMUST00000025254 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Rnf180-203ENSMUST00000224662 2734 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Nt5c2-203ENSMUST00000172239 3148 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Rab1a-202ENSMUST00000109601 1200 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Litaf-202ENSMUST00000117360 763 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Gm15808-201ENSMUST00000119046 604 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Gm13834-201ENSMUST00000123757 137 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 2010106C02Rik-201ENSMUST00000191222 660 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Tmem205-203ENSMUST00000213698 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 4930447A16Rik-201ENSMUST00000022897 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Ndufb3-201ENSMUST00000027193 763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Mrps22-201ENSMUST00000035034 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Ptk2-202ENSMUST00000170939 3598 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Ppp1r1b-206ENSMUST00000150762 1801 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Ap4b1-207ENSMUST00000200377 1823 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Pls1-201ENSMUST00000093800 3704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Smarce1-201ENSMUST00000103133 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Zfp57-202ENSMUST00000089968 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Fam187a-201ENSMUST00000100369 1563 ntAPPRIS P1 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Eef2kmt-201ENSMUST00000064635 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Doc2b-201ENSMUST00000021209 4361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Pex12-202ENSMUST00000108146 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Kctd18-202ENSMUST00000114410 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Eif4g1-204ENSMUST00000115460 5638 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Tgfbr3-201ENSMUST00000031224 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 Chrna3-202ENSMUST00000214204 2414 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col6a1Q04857 AC140354.1-201ENSMUST00000219499 2425 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 38.9 ms