Protein–RNA interactions for Protein: P18828

Sdc1, Syndecan-1, mousemouse

Predictions only

Length 311 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc1P18828 Nelfcd-202ENSMUST00000109075 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Ap3m2-201ENSMUST00000163739 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Pcid2-201ENSMUST00000164416 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Chrnb2-201ENSMUST00000029562 6399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Actr8-204ENSMUST00000224797 2328 ntAPPRIS P1 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Wwtr1-201ENSMUST00000029380 4697 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Irf6-201ENSMUST00000076521 4113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Rasl12-201ENSMUST00000085453 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Rabepk-207ENSMUST00000145903 2968 ntTSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Rbm20-204ENSMUST00000164202 6592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Coro2b-201ENSMUST00000048043 3610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Cnppd1-201ENSMUST00000041213 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Trim15-201ENSMUST00000025329 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Fhl4-202ENSMUST00000216889 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Sarnp-201ENSMUST00000105230 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Tmem60-201ENSMUST00000115259 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Fgf20-202ENSMUST00000118639 587 ntTSL 3 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Slc2a8-204ENSMUST00000153484 1168 ntTSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 1700080E11Rik-202ENSMUST00000190661 682 ntTSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Gm29518-201ENSMUST00000190858 372 ntBASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 2900092O11Rik-201ENSMUST00000191770 755 ntBASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Gm7787-201ENSMUST00000216858 688 ntBASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 AC151828.1-201ENSMUST00000219552 661 ntTSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Rab33a-201ENSMUST00000033430 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Gnptg-201ENSMUST00000038973 1234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Prss40-201ENSMUST00000047840 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Limd2-202ENSMUST00000064545 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Kmt2e-201ENSMUST00000094962 7252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Trim23-201ENSMUST00000022225 3416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Ibsp-201ENSMUST00000031246 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Sidt1-201ENSMUST00000047446 4279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Rab11fip3-203ENSMUST00000122103 5015 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Sh3bp2-201ENSMUST00000067638 2885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Cyth1-201ENSMUST00000017276 3135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Rbm14-201ENSMUST00000006625 3165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Cep295nl-202ENSMUST00000168100 1602 ntAPPRIS P1 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Nisch-213ENSMUST00000168206 4990 ntTSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Btnl2-202ENSMUST00000178562 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Btnl2-201ENSMUST00000025198 2564 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Mpl-203ENSMUST00000106375 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Fgd2-201ENSMUST00000024810 2612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Ebf3-203ENSMUST00000168203 3724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 G3bp2-209ENSMUST00000202258 1884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Brwd1-202ENSMUST00000099502 8547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Parp3-202ENSMUST00000112479 2030 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 H2-Q6-202ENSMUST00000174699 2085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Fam13c-202ENSMUST00000105436 3380 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Jmjd8-205ENSMUST00000133595 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Fgd5-201ENSMUST00000089334 6095 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Mfap3l-202ENSMUST00000160719 6335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Rps27a-202ENSMUST00000102845 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Gm15556-201ENSMUST00000122904 663 ntTSL 5 BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Gm11780-201ENSMUST00000136880 516 ntBASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 1110046J04Rik-201ENSMUST00000147622 397 ntTSL 3 BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Srgn-205ENSMUST00000162161 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 4930556N13Rik-201ENSMUST00000173677 1034 ntTSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Rpp40-202ENSMUST00000174230 1053 ntTSL 5 BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Hint2-201ENSMUST00000030192 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Gm10190-201ENSMUST00000086549 324 ntAPPRIS P1 BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Hlf-201ENSMUST00000004051 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Gm8258-201ENSMUST00000055593 1449 ntBASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Astn1-202ENSMUST00000170718 2927 ntTSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Matn2-203ENSMUST00000226766 3252 ntBASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Zbtb25-204ENSMUST00000176278 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Lrrc30-201ENSMUST00000097290 1759 ntAPPRIS P1 BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Map3k11-201ENSMUST00000004156 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 I730028E13Rik-201ENSMUST00000216012 1959 ntTSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Irak1-203ENSMUST00000101458 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Uggt2-212ENSMUST00000156203 6456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Tjap1-201ENSMUST00000012440 2426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Ppp6r3-202ENSMUST00000113997 4952 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.23□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Cpt1c-206ENSMUST00000212836 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Gpd2-201ENSMUST00000028167 5620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Tor1aip2-207ENSMUST00000128941 2925 ntTSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Lmna-201ENSMUST00000029699 3156 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Baiap2l1-201ENSMUST00000055190 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Kif13a-201ENSMUST00000056978 6866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Map7-202ENSMUST00000116259 3831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Car4-201ENSMUST00000103194 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 AI597479-201ENSMUST00000010434 3458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Zfp354c-202ENSMUST00000109135 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Gm12669-201ENSMUST00000122162 1009 ntBASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Mpv17-201ENSMUST00000154241 1724 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Renbp-209ENSMUST00000155597 1310 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Cabp2-205ENSMUST00000162908 911 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Mocs2-208ENSMUST00000166176 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Gm26788-201ENSMUST00000181692 1750 ntTSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Gm43134-201ENSMUST00000199434 1886 ntBASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Gm42477-201ENSMUST00000202427 469 ntTSL 3 BASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Gm43332-201ENSMUST00000202511 1044 ntBASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Ahsa1-201ENSMUST00000021425 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Derl3-202ENSMUST00000217811 1316 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Trib2-204ENSMUST00000221518 1192 ntTSL 5 BASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Dcaf6-201ENSMUST00000027856 4110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Akirin2-201ENSMUST00000084299 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Htr2c-207ENSMUST00000156697 4654 ntTSL 5 BASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Gfra1-203ENSMUST00000129100 4415 ntTSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Hdac5-201ENSMUST00000008999 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Gm20687-203ENSMUST00000185121 4242 ntTSL 2 BASIC11.22□□□□□ -0.61
Sdc1P18828 Chpf2-202ENSMUST00000121863 3715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.22□□□□□ -0.61
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.5 ms