Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Repin1-201ENSMUST00000009420 3145 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 AC153938.1-201ENSMUST00000220354 1425 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Rubcn-201ENSMUST00000040986 5257 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Gm11524-201ENSMUST00000119349 807 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Hoxa7-203ENSMUST00000140316 643 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Gm16570-201ENSMUST00000161951 436 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Lsm2-207ENSMUST00000173004 870 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Mir8109-201ENSMUST00000184375 117 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Gm35409-201ENSMUST00000196412 1102 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Crip2-206ENSMUST00000200380 864 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Gm18905-201ENSMUST00000205454 928 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Wfdc1-202ENSMUST00000212901 921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 AC165254.1-201ENSMUST00000220736 599 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Olfr54-201ENSMUST00000072152 942 ntAPPRIS P1 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Olfr1375-201ENSMUST00000073543 942 ntAPPRIS P1 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Rpl10l-201ENSMUST00000081908 1023 ntAPPRIS P1 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Capn7-201ENSMUST00000022451 3648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Fbxo27-202ENSMUST00000108280 2031 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Tubgcp4-215ENSMUST00000186659 2915 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Gm39244-202ENSMUST00000210837 1857 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Adamts7-201ENSMUST00000113059 5379 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Pank4-201ENSMUST00000030931 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Sgce-205ENSMUST00000115579 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Gm29683-203ENSMUST00000209071 2488 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Lrp11-203ENSMUST00000130590 3220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Hoxd3-203ENSMUST00000111983 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Yif1a-201ENSMUST00000025811 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Lpcat2-201ENSMUST00000046290 2811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Rassf10-201ENSMUST00000182858 3496 ntAPPRIS P1 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Gpr88-201ENSMUST00000090473 3469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Emp2-201ENSMUST00000078357 3440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Col5a3-201ENSMUST00000004201 6119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Ccny-201ENSMUST00000053917 4017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 N6amt1-202ENSMUST00000118115 1951 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Unc93b1-204ENSMUST00000165711 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Meioc-201ENSMUST00000100378 4573 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Gm15444-201ENSMUST00000148335 388 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Gm12840-201ENSMUST00000156081 627 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Gm24644-201ENSMUST00000157114 139 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Gm37466-201ENSMUST00000195692 652 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Gm43094-201ENSMUST00000196549 921 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 9230114J08Rik-201ENSMUST00000200375 350 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Gm3961-201ENSMUST00000204425 994 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Svip-203ENSMUST00000209193 487 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Rabggta-202ENSMUST00000163889 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Bckdha-201ENSMUST00000071329 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Parp3-203ENSMUST00000123555 2495 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Ldlrap1-201ENSMUST00000037828 6549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Islr2-210ENSMUST00000215950 4109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Camk2b-209ENSMUST00000109813 4023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Camk2b-204ENSMUST00000090443 4004 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Gm26878-201ENSMUST00000181778 1644 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Lpcat1-208ENSMUST00000223060 2141 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Fgfr3-201ENSMUST00000067150 4218 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Slc41a1-201ENSMUST00000086559 4697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Tspan15-201ENSMUST00000047883 3638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Orc6-202ENSMUST00000170141 1466 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Chaf1b-202ENSMUST00000117099 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Ush1c-207ENSMUST00000176371 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Tmem198b-201ENSMUST00000051011 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Fbxl19-203ENSMUST00000186207 3178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 2310026I22Rik-201ENSMUST00000180941 1300 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Wfdc3-201ENSMUST00000103096 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Gm10327-201ENSMUST00000105222 1002 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Isg20-202ENSMUST00000118867 697 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Tmem219-203ENSMUST00000120007 1087 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Smco4-202ENSMUST00000178999 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Gm5276-201ENSMUST00000196683 1047 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Gm43818-201ENSMUST00000200605 466 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 AC164612.1-201ENSMUST00000216699 517 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Trib2-204ENSMUST00000221518 1192 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Rdh5-201ENSMUST00000026406 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Smco4-201ENSMUST00000045620 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Rpl10-202ENSMUST00000074085 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Haus7-202ENSMUST00000077243 1032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Rpl10-201ENSMUST00000008826 799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Col6a1Q04857 Gm15816-201ENSMUST00000141930 1688 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Pde7b-205ENSMUST00000169404 1697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Art3-208ENSMUST00000121096 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Slc35c2-204ENSMUST00000109300 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Fam131a-201ENSMUST00000056518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Rspry1-207ENSMUST00000212729 2800 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Usp42-201ENSMUST00000053287 5151 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Rara-203ENSMUST00000107474 2380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Txndc11-202ENSMUST00000118362 4248 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Prmt5-201ENSMUST00000023873 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Zfp868-202ENSMUST00000121886 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Sesn1-201ENSMUST00000041438 2600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Rusc1-202ENSMUST00000090929 3706 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Csnk1g2-202ENSMUST00000085435 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Ankhd1-214ENSMUST00000155329 8223 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Iqce-202ENSMUST00000077890 2494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Nkd2-202ENSMUST00000118096 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Kif11-201ENSMUST00000012587 4819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Kcnh4-201ENSMUST00000107361 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Med15-201ENSMUST00000012259 3383 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Adcyap1r1-208ENSMUST00000172084 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Crybg1-201ENSMUST00000020017 6608 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Sumo3-201ENSMUST00000020501 2630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Col6a1Q04857 Gm13612-201ENSMUST00000119276 390 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 55.1 ms