Protein–RNA interactions for Protein: Q99K46

Usp11, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 11, mousemouse

Predictions only

Length 921 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp11Q99K46 Rcan1-201ENSMUST00000023672 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Vdac2-209ENSMUST00000173456 956 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Gm25948-201ENSMUST00000175334 112 ntBASIC14.69□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Gm29541-201ENSMUST00000191351 678 ntBASIC14.69□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Tmem38a-203ENSMUST00000212763 882 ntTSL 3 BASIC14.69□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Il31-201ENSMUST00000031389 806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Smim14-205ENSMUST00000139122 4560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Prrt3-202ENSMUST00000204134 3424 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Slc39a3-201ENSMUST00000059551 3680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Erg-206ENSMUST00000122199 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Zfp367-201ENSMUST00000059817 3532 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Gata2-202ENSMUST00000170089 3135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Gpat2-201ENSMUST00000062211 2628 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 G2e3-201ENSMUST00000054308 6803 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Zfp57-211ENSMUST00000174524 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Dusp13-201ENSMUST00000075040 1745 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 9930104L06Rik-201ENSMUST00000094769 2911 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Tmem204-201ENSMUST00000024984 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Fam3a-205ENSMUST00000114142 1586 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Nfkbia-201ENSMUST00000021413 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Rhbdl1-202ENSMUST00000183929 1349 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Fgf17-202ENSMUST00000227123 1336 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Gm17619-201ENSMUST00000180625 1449 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Gm42928-201ENSMUST00000197338 3339 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Hmgcl-201ENSMUST00000030432 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Dis3l-203ENSMUST00000120760 3661 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 9330020H09Rik-201ENSMUST00000163781 2147 ntTSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 2010300F17Rik-202ENSMUST00000181758 2493 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Erfe-201ENSMUST00000086861 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Trim26-201ENSMUST00000053434 3198 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Atxn2l-201ENSMUST00000040202 3853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Acr-201ENSMUST00000023295 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Nxpe5-202ENSMUST00000159798 2568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Dyx1c1-202ENSMUST00000098567 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Wdr38-202ENSMUST00000112872 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Atf7ip2-203ENSMUST00000117220 1230 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 1700021F05Rik-202ENSMUST00000147196 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 1700003M07Rik-202ENSMUST00000147634 564 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 1700025J12Rik-201ENSMUST00000205586 630 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Ifnl2-201ENSMUST00000081684 702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Pdlim4-202ENSMUST00000093109 962 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Gm6471-201ENSMUST00000097935 805 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Gm16029-201ENSMUST00000161643 2427 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Slc25a25-203ENSMUST00000113307 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Slc16a13-201ENSMUST00000060010 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Bace1-201ENSMUST00000034591 6058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Rab3a-202ENSMUST00000110090 1375 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 AI467606-201ENSMUST00000056288 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Edem3-203ENSMUST00000188145 3262 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Ppp1r16b-201ENSMUST00000045503 6408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Rims1-205ENSMUST00000097811 6446 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Smc6-208ENSMUST00000218866 3373 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Cep131-201ENSMUST00000106227 3578 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Cep131-202ENSMUST00000106229 3581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Cep131-207ENSMUST00000180242 3581 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Lpcat1-201ENSMUST00000022099 3675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Ccdc85a-204ENSMUST00000109502 5220 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Prrt3-201ENSMUST00000101059 3304 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Phyhd1-204ENSMUST00000113645 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Sema6c-203ENSMUST00000107217 3595 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Pip5k1c-201ENSMUST00000045469 4323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Ydjc-202ENSMUST00000115702 1713 ntTSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Zfp566-201ENSMUST00000088785 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Lipe-202ENSMUST00000054301 2661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Celf5-203ENSMUST00000120508 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Pax6-201ENSMUST00000090391 2869 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Gm7336-201ENSMUST00000107041 1232 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Mmab-202ENSMUST00000112245 644 ntTSL 3 BASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Ppil3-203ENSMUST00000114348 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Gm15693-201ENSMUST00000120470 637 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Gm13616-201ENSMUST00000120600 222 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Gm12264-201ENSMUST00000123949 500 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Zfp715-201ENSMUST00000012796 907 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Abhd11os-201ENSMUST00000136022 604 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Cd209f-202ENSMUST00000138439 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Cd209f-203ENSMUST00000145007 1186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 4930593A02Rik-202ENSMUST00000203879 938 ntTSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Tmem86b-204ENSMUST00000206610 522 ntTSL 3 BASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Cd3eap-201ENSMUST00000047036 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Gpc2-201ENSMUST00000014089 2514 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Slc25a19-212ENSMUST00000178003 2614 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Iqcj-201ENSMUST00000063263 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Klhdc4-210ENSMUST00000174717 1662 ntTSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Zfp219-201ENSMUST00000067549 2933 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Hnrnpm-202ENSMUST00000114385 2550 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Ncan-201ENSMUST00000002412 7195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Tmem176b-203ENSMUST00000166247 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Catsper4-204ENSMUST00000169381 1506 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Arxes2-201ENSMUST00000058119 1532 ntAPPRIS P1 BASIC14.66□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Gm9252-201ENSMUST00000172364 1602 ntBASIC14.66□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Myl12a-206ENSMUST00000148960 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Polr2a-202ENSMUST00000071213 5799 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Brd4-201ENSMUST00000003726 5955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Gm26847-201ENSMUST00000180407 2109 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Dhrs3-206ENSMUST00000154208 2337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Zfhx2os-202ENSMUST00000183750 4375 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Pgr-201ENSMUST00000070463 3068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Pgr-202ENSMUST00000098986 3068 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Tmem38b-201ENSMUST00000030127 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
Usp11Q99K46 Ntng2-201ENSMUST00000048455 1770 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 37.8 ms